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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kr5 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the CRAC channel Orai in an open conformation; H206A gain-of-function mutation in complex with an antibody | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / ion channel (イオンチャネル) / calcium (カルシウム) / SOCE / CRAC / eukaryotic (真核生物) / open structure / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / amphiboles / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / TRANSPORT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 store-operated calcium entry / store-operated calcium channel activity / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of calcium ion transport / calcium channel regulator activity / calcium channel complex / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / nervous system development / 生体膜 ...store-operated calcium entry / store-operated calcium channel activity / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of calcium ion transport / calcium channel regulator activity / calcium channel complex / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / nervous system development / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Long, S.B. / Hou, X. / Outhwaite, I.R. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structure of the calcium release-activated calcium channel Orai in an open conformation. 著者: Xiaowei Hou / Ian R Outhwaite / Leanne Pedi / Stephen Barstow Long / 要旨: The calcium release-activated calcium channel Orai regulates Ca entry into non-excitable cells and is required for proper immune function. While the channel typically opens following Ca release from ...The calcium release-activated calcium channel Orai regulates Ca entry into non-excitable cells and is required for proper immune function. While the channel typically opens following Ca release from the endoplasmic reticulum, certain pathologic mutations render the channel constitutively open. Previously, using one such mutation (H206A), we obtained low (6.7 Å) resolution X-ray structural information on Orai in an open conformation (Hou et al., 2018). Here we present a structure of this open conformation at 3.3 Å resolution using fiducial-assisted cryo-electron microscopy. The improved structure reveals the conformations of amino acids in the open pore, which dilates by outward movements of subunits. A ring of phenylalanine residues repositions to expose previously shielded glycine residues to the pore without significant rotational movement of the associated helices. Together with other hydrophobic amino acids, the phenylalanines act as the channel's gate. Structured M1-M2 turrets, not evident previously, form the channel's extracellular entrance. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kr5.cif.gz | 254.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kr5.ent.gz | 201.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kr5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/7kr5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/7kr5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24160.168 Da / 分子数: 6 / 変異: H206A, C224S, C283T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Orai, CRACM1, olf186-F, CG11430 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9U6B8 #2: 抗体 | 分子量: 26886.477 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) #3: 抗体 | 分子量: 25587.295 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) #4: 化合物 | ChemComp-CA / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 76 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 236132 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 85614 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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