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Structure paper

タイトルCryo-EM structure of the calcium release-activated calcium channel Orai in an open conformation.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 9, Year 2020
掲載日2020年11月30日
著者Xiaowei Hou / Ian R Outhwaite / Leanne Pedi / Stephen Barstow Long /
PubMed 要旨The calcium release-activated calcium channel Orai regulates Ca entry into non-excitable cells and is required for proper immune function. While the channel typically opens following Ca release from ...The calcium release-activated calcium channel Orai regulates Ca entry into non-excitable cells and is required for proper immune function. While the channel typically opens following Ca release from the endoplasmic reticulum, certain pathologic mutations render the channel constitutively open. Previously, using one such mutation (H206A), we obtained low (6.7 Å) resolution X-ray structural information on Orai in an open conformation (Hou et al., 2018). Here we present a structure of this open conformation at 3.3 Å resolution using fiducial-assisted cryo-electron microscopy. The improved structure reveals the conformations of amino acids in the open pore, which dilates by outward movements of subunits. A ring of phenylalanine residues repositions to expose previously shielded glycine residues to the pore without significant rotational movement of the associated helices. Together with other hydrophobic amino acids, the phenylalanines act as the channel's gate. Structured M1-M2 turrets, not evident previously, form the channel's extracellular entrance.
リンクElife / PubMed:33252040 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 Å
構造データ

23002

7kr5

EMDB-23002, PDB-7kr5:
Cryo-EM structure of the CRAC channel Orai in an open conformation; H206A gain-of-function mutation in complex with an antibody
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry

由来
  • drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / ion channel / calcium / SOCE / CRAC / eukaryotic / open structure / MEMBRANE PROTEIN / amphiboles / cryo-EM / TRANSPORT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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