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- PDB-1mv8: 1.55 A crystal structure of a ternary complex of GDP-mannose dehy... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1mv8 | |||||||||
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Title | 1.55 A crystal structure of a ternary complex of GDP-mannose dehydrogenase from Psuedomonas aeruginosa | |||||||||
![]() | GDP-mannose 6-dehydrogenase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / domain-swapped dimer / enzyme complex with cofactor and product | |||||||||
Function / homology | ![]() GDP-mannose 6-dehydrogenase / GDP-mannose 6-dehydrogenase activity / alginic acid biosynthetic process / single-species biofilm formation / response to osmotic stress / cellular response to cell envelope stress / NAD binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Snook, C.F. / Tipton, P.A. / Beamer, L.J. | |||||||||
![]() | ![]() Title: The crystal structure of GDP-mannose dehydrogenase: A key enzyme in alginate biosynthesis of P. aeruginosa Authors: Snook, C.F. / Tipton, P.A. / Beamer, L.J. #1: ![]() Title: Allosterism and cooperativity in Pseudomonas aeruginosa GDP-mannose dehydrogenase Authors: Naught, L.E. / Gilbert, S. / Imhoff, R. / Snook, C. / Beamer, L. / Tipton, P. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 369.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 295.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3.7 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 3.7 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 76.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 111.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1mfzC ![]() 1muuSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein / Sugars , 2 types, 6 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 47656.422 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Polysaccharide | |
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-Non-polymers , 5 types, 1387 molecules ![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/GDX.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GDX.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-NAD / #4: Chemical | ChemComp-GDX / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MPD / ( | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.76 Å3/Da / Density % sol: 55.49 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 8%v/v methyl propane diol, 0.1M Na Acetate, 1mM DTT, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: SBC-2 / Detector: CCD / Date: Feb 8, 2001 / Details: Rosenbaum-Rock monochromator |
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.55→40 Å / Num. obs: 294277 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 9.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.55→1.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.391 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 28757 / % possible all: 97 |
Reflection | *PLUS Num. measured all: 1557003 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 97 % |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 1MUU Resolution: 1.55→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.847 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.072 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 9.287 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.55→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.55→1.591 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Software | *PLUS Version: 5 / Classification: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS Highest resolution: 1.55 Å / Lowest resolution: 40 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.175 / Rfactor Rfree: 0.194 / Rfactor Rwork: 0.174 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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