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万見
- PDB-7kmt: Structure of the yeast TRAPPIII-Ypt1(Rab1) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kmt
タイトルStructure of the yeast TRAPPIII-Ypt1(Rab1) complex
要素
  • (Trafficking protein particle complex subunit ...) x 6
  • GTP-binding protein YPT1
  • Trafficking protein particle complex III-specific subunit 85
キーワードPROTEIN TRANSPORT / GTPase (GTPアーゼ) / GEF / ER / Golgi / Autophagy (オートファジー)
機能・相同性
機能・相同性情報


pre-mRNA catabolic process / autophagy of peroxisome / Cvt vesicle assembly / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Golgi vesicle docking / regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / Golgi vesicle budding / RAB geranylgeranylation / TRAPPI protein complex / SNARE complex disassembly ...pre-mRNA catabolic process / autophagy of peroxisome / Cvt vesicle assembly / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Golgi vesicle docking / regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / Golgi vesicle budding / RAB geranylgeranylation / TRAPPI protein complex / SNARE complex disassembly / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / early endosome to Golgi transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPII-coated vesicle budding / COPII-mediated vesicle transport / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / intra-Golgi vesicle-mediated transport / protein localization to phagophore assembly site / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site membrane / ゴルジ体 / cis-Golgi network / protein-containing complex localization / endocytic recycling / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / phagophore assembly site / reticulophagy / retrograde transport, endosome to Golgi / cis-Golgi network membrane / SNARE complex assembly / sporulation resulting in formation of a cellular spore / autophagosome assembly / positive regulation of macroautophagy / chromosome organization / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / 細胞内膜系 / Neutrophil degranulation / SNARE binding / meiotic cell cycle / オートファジー / intracellular protein transport / ゴルジ体 / cytoplasmic vesicle / protein-containing complex assembly / ゴルジ体 / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / ゴルジ体 / 小胞体 / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
TRAPP III complex, Trs85 / ER-Golgi trafficking TRAPP I complex 85 kDa subunit / Trafficking protein particle complex subunit 2 / Sedlin, N-terminal conserved region / Trafficking protein particle complex subunit / Sybindin-like family / Sybindin-like family / TRAPP I complex, subunit 5 / TRAPP complex, Trs33 subunit / Bet3 family ...TRAPP III complex, Trs85 / ER-Golgi trafficking TRAPP I complex 85 kDa subunit / Trafficking protein particle complex subunit 2 / Sedlin, N-terminal conserved region / Trafficking protein particle complex subunit / Sybindin-like family / Sybindin-like family / TRAPP I complex, subunit 5 / TRAPP complex, Trs33 subunit / Bet3 family / Transport protein particle (TRAPP) component / Transport protein particle (TRAPP) component / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Longin-like domain superfamily / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
パルミチン酸 / GTP-binding protein YPT1 / Trafficking protein particle complex subunit BET3 / Trafficking protein particle complex subunit 20 / Trafficking protein particle complex III-specific subunit 85 / Trafficking protein particle complex subunit 31 / Trafficking protein particle complex subunit BET5 / Trafficking protein particle complex subunit 23 / Trafficking protein particle complex subunit 33
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Joiner, A.M.N. / Phillips, B.P. / Miller, E.A. / Fromme, J.C.
資金援助 米国, 英国, 10件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM116942 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM136258 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM097272 米国
National Institutes of Health/National Institute on Minority Health and Health Disparities (NIH/NIMHD)R01HD095296 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM124559 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM124559 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1661380 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1719875 米国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MRC_UP_1201/10 英国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1650441 米国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2021
タイトル: Structural basis of TRAPPIII-mediated Rab1 activation.
著者: Aaron Mn Joiner / Ben P Phillips / Kumar Yugandhar / Ethan J Sanford / Marcus B Smolka / Haiyuan Yu / Elizabeth A Miller / J Christopher Fromme /
要旨: The GTPase Rab1 is a master regulator of the early secretory pathway and is critical for autophagy. Rab1 activation is controlled by its guanine nucleotide exchange factor, the multisubunit TRAPPIII ...The GTPase Rab1 is a master regulator of the early secretory pathway and is critical for autophagy. Rab1 activation is controlled by its guanine nucleotide exchange factor, the multisubunit TRAPPIII complex. Here, we report the 3.7 Å cryo-EM structure of the Saccharomyces cerevisiae TRAPPIII complex bound to its substrate Rab1/Ypt1. The structure reveals the binding site for the Rab1/Ypt1 hypervariable domain, leading to a model for how the complex interacts with membranes during the activation reaction. We determined that stable membrane binding by the TRAPPIII complex is required for robust activation of Rab1/Ypt1 in vitro and in vivo, and is mediated by a conserved amphipathic α-helix within the regulatory Trs85 subunit. Our results show that the Trs85 subunit serves as a membrane anchor, via its amphipathic helix, for the entire TRAPPIII complex. These findings provide a structural understanding of Rab activation on organelle and vesicle membranes.
履歴
登録2020年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22928
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Trafficking protein particle complex subunit 23
J: Trafficking protein particle complex subunit 31
G: Trafficking protein particle complex subunit BET5
I: Trafficking protein particle complex subunit BET3
F: Trafficking protein particle complex subunit BET3
E: Trafficking protein particle complex subunit 33
K: Trafficking protein particle complex subunit 20
A: GTP-binding protein YPT1
B: Trafficking protein particle complex III-specific subunit 85
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,51411
ポリマ－276,0019
非ポリマー5132
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, This is a well-established complex.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area31460 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area75060 Å2

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要素

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Trafficking protein particle complex subunit ... , 6種, 7分子 HJGIFEK

#1: タンパク質 Trafficking protein particle complex subunit 23 / TRAPP subunit 23 / Transport protein particle 23 kDa subunit


分子量: 24889.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TRS23, YDR246W, YD8419.13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03784
#2: タンパク質 Trafficking protein particle complex subunit 31 / TRAPP subunit 31 / Transport protein particle 31 kDa subunit


分子量: 31755.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TRS31, YDR472W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03337
#3: タンパク質 Trafficking protein particle complex subunit BET5 / TRAPP subunit BET5 / Transport protein particle 18 kDa subunit


分子量: 18453.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: BET5, YML077W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03630
#4: タンパク質 Trafficking protein particle complex subunit BET3 / TRAPP subunit BET3 / Transport protein particle 22 kDa subunit


分子量: 22152.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: BET3, YKR068C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36149
#5: タンパク質 Trafficking protein particle complex subunit 33 / TRAPP subunit 33 / Transport protein particle 33 kDa subunit


分子量: 30786.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TRS33, YOR115C, O3251, YOR3251C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99394
#6: タンパク質 Trafficking protein particle complex subunit 20 / TRAPP subunit 20 / Transport protein particle 20 kDa subunit


分子量: 19721.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TRS20, YBR254C, YBR1722 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38334

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#7: タンパク質 GTP-binding protein YPT1 / Protein YP2 / Rab GTPase YPT1 / Transport GTPase YPT1


分子量: 23240.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YPT1, YP2, YFL038C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01123
#8: タンパク質 Trafficking protein particle complex III-specific subunit 85 / TRAPP III-specific subunit 85 / Muddled meiosis protein 1 / Sporulation protein GSG1 / Transport ...TRAPP III-specific subunit 85 / Muddled meiosis protein 1 / Sporulation protein GSG1 / Transport protein particle 85 kDa subunit


分子量: 82850.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TRS85, GSG1, MUM1, YDR108W, YD9727.04 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46944

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非ポリマー , 1種, 2分子

#9: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TRAPPIII-Ypt1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
110 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
2350 mMsodium chloride塩化ナトリウム1
31 mMDTT1
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: Either 0.02% Tween-20 or 0.025% amphipol A8-35 was added before application of the sample to the grid.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company /
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
EM imaging
ID加速電圧 (kV)電子線源照射モードモデルモードSpecimen-ID
1200FIELD EMISSION GUNFLOOD BEAMFEI TALOS ARCTICABRIGHT FIELDBright-field microscopy1
2300FIELD EMISSION GUNFLOOD BEAMFEI TITAN KRIOSBRIGHT FIELDBright-field microscopy1
3300FIELD EMISSION GUNFLOOD BEAMFEI TITAN KRIOSBRIGHT FIELDBright-field microscopy1
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル検出モード
1150GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
2220FEI FALCON III (4k x 4k)COUNTING
3350GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)SUPER-RESOLUTION
電子光学装置
エネルギーフィルター名称IDImaging-IDエネルギーフィルタースリット幅 (eV)
GIF Bioquantum1120
22
GIF Quantum LS3320

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリImaging-ID
1RELION3.1粒子像選択
2SerialEM画像取得1
4RELION3.1CTF補正
7Cootモデルフィッティング
8ISOLDEモデルフィッティング
9UCSF Chimeraモデルフィッティング
11EPU画像取得2
12SerialEM画像取得3
13RELION3.1初期オイラー角割当
14RELION3.1最終オイラー角割当
15RELION3.1分類
16RELION3.1３次元再構成
17PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 69315 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
13CUE

3cue

1
22C0J

2c0j

1
32J3W

2j3w

1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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