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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kit | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa PBP3 in complex with WCK 4234 | ||||||
要素 | Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI | ||||||
キーワード | HYDROLASE/Inhibitor/Antibiotic / Inhibitor / cell wall (細胞壁) / antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) / HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE-Inhibitor-Antibiotic complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / タンパク質分解 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.089 Å | ||||||
データ登録者 | van den Akker, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mbio / 年: 2021 タイトル: Structural Characterization of Diazabicyclooctane beta-Lactam "Enhancers" in Complex with Penicillin-Binding Proteins PBP2 and PBP3 of Pseudomonas aeruginosa. 著者: Rajavel, M. / Kumar, V. / Nguyen, H. / Wyatt, J. / Marshall, S.H. / Papp-Wallace, K.M. / Deshpande, P. / Bhavsar, S. / Yeole, R. / Bhagwat, S. / Patel, M. / Bonomo, R.A. / van den Akker, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kit.cif.gz | 108.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kit.ent.gz | 79.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kit.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/7kit ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/7kit | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62933.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: ftsI, pbpB, PA4418 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: G3XD46, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-C8Y / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 30% polyethylene glycol 4000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X17B1 / 波長: 0.97928 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97928 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.089→29.25 Å / Num. obs: 27862 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.089→2.14 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 1915 / CC1/2: 0.658 / % possible all: 94.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3PBQ 解像度: 2.089→29.249 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.14 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 90.37 Å2 / Biso mean: 37.8607 Å2 / Biso min: 18.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.089→29.249 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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