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- PDB-3qph: The three-dimensional structure of TrmB, a global transcriptional... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qph
タイトルThe three-dimensional structure of TrmB, a global transcriptional regulator of the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus in complex with sucrose
要素TrmB, a global transcription regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


SH3 type barrels. - #690 / : / Transcription regulator TrmB, C-terminal / : / Archaeal transcriptional regulator TrmB / Transcription regulator TrmB, N-terminal / Sugar-specific transcriptional regulator TrmB / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...SH3 type barrels. - #690 / : / Transcription regulator TrmB, C-terminal / : / Archaeal transcriptional regulator TrmB / Transcription regulator TrmB, N-terminal / Sugar-specific transcriptional regulator TrmB / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / SH3 type barrels. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / ACETATE ION / HTH-type sugar sensing transcriptional regulator TrmB
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.992 Å
データ登録者Krug, M. / Lee, S.-J. / Boos, W. / Welte, W. / Diederichs, K.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: The three-dimensional structure of TrmB, a transcriptional regulator of dual function in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus in complex with sucrose.
著者: Krug, M. / Lee, S.J. / Boos, W. / Diederichs, K. / Welte, W.
履歴
登録2011年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月21日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TrmB, a global transcription regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,63113
ポリマ－39,3421
非ポリマー1,28912
水905
1
A: TrmB, a global transcription regulator
ヘテロ分子

A: TrmB, a global transcription regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,26326
ポリマ－78,6842
非ポリマー2,57824
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area12440 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area32710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.522, 158.522, 79.153
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 TrmB, a global transcription regulator


分子量: 39342.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: PF1743 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HGZ9
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 8.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 85.61 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1 M BICINE, pH 9.0, 0.65 M NH4SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.016 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年5月16日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.016 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 28297 / Num. obs: 28240 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1.1 / Observed criterion σ(I): 1.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.992→43.396 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2609 1997 8.6 %
Rwork0.2261 --
obs0.2292 23214 99.21 %
all-25977 -
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 102.684 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.1651 Å2-0 Å2-0 Å2
2--12.1651 Å2-0 Å2
3----24.3301 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.992→43.396 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2719 0 85 5 2809
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012851
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3853832
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7181070
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082428
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005475
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9922-3.06710.4051360.37141410X-RAY DIFFRACTION93
3.0671-3.150.33341450.32111508X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.24260.31771360.27181499X-RAY DIFFRACTION100
3.2426-3.34720.27391460.2591499X-RAY DIFFRACTION99
3.3472-3.46680.41031430.31791473X-RAY DIFFRACTION99
3.4668-3.60560.27261420.24191535X-RAY DIFFRACTION100
3.6056-3.76960.29451390.24381528X-RAY DIFFRACTION100
3.7696-3.96820.32771350.25961490X-RAY DIFFRACTION99
3.9682-4.21660.23431480.21481522X-RAY DIFFRACTION100
4.2166-4.54190.21661430.1861530X-RAY DIFFRACTION100
4.5419-4.99830.20231480.17641508X-RAY DIFFRACTION100
4.9983-5.72020.23841420.21351556X-RAY DIFFRACTION100
5.7202-7.20150.31681490.25451555X-RAY DIFFRACTION100
7.2015-43.40070.23211450.20781604X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.448-2.3109-2.4481.46820.6473.93281.5124-0.5399-1.0358-0.1586-1.81550.63711.5858-0.8547-0.46040.9861-0.12640.19770.2794-0.28360.776547.182-103.694720.6616
20.7956-0.09040.54110.35960.24521.6056-0.13760.3059-1.1251-0.0562-0.3408-0.93160.48590.11010.39911.20790.00270.34970.71130.14891.77343.1028-109.705232.4015
32.17032.4813-0.04814.0393-1.83250.7438-0.047-0.3775-0.4650.26250.0154-0.18-0.1015-0.09730.02171.11170.00490.17861.2634-0.00551.39752.3695-91.576334.1436
42.71840.50730.6145.22370.81371.6783-0.1214-0.2718-0.29430.1282-0.19190.56490.0579-0.49410.2120.12660.02290.07190.438-0.00170.271955.6444-64.073716.7917
54.68351.62421.33426.17965.57358.1648-0.4527-0.66641.1687-0.5687-0.69380.35180.446-0.66610.83882.3204-0.35020.08062.1889-0.58761.805550.0677-75.87133.7005
63.97132.33130.10532.021-0.31841.7941-0.190.06490.3144-0.23730.04690.2179-0.614-0.13730.2240.48490.0832-0.02190.38450.02370.128570.7362-51.537115.7341
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 8:21)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 22:51)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 52:107)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 108:203)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 204:214)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 215:342)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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