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- PDB-7kbf: H1.8 bound nucleosome isolated from metaphase chromosome in Xenop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kbf
タイトルH1.8 bound nucleosome isolated from metaphase chromosome in Xenopus egg extract (oligo fraction)
要素
  • (DNA (184-MER)) x 2
  • Histone H2AヒストンH2A
  • Histone H2B 1.1
  • Histone H3.2
  • Histone H4ヒストンH4
  • Protein B4
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / nucleosome (ヌクレオソーム) / M phase (細胞周期) / cell cycle (細胞周期) / chromatin (クロマチン) / Xenopus egg extract / H1 / Chromatosome / Linker histone
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated transcription, initiation / nucleosome assembly / ヌクレオソーム / multicellular organism development / protein heterodimerization activity / DNA binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
linker histone H1 and H5 family / Domain in histone families 1 and 5 / Linker histone H1/H5 globular (H15) domain profile. / Linker histone H1/H5, domain H15 / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A signature. / Histone H2A conserved site / C-terminus of histone H2A ...linker histone H1 and H5 family / Domain in histone families 1 and 5 / Linker histone H1/H5 globular (H15) domain profile. / Linker histone H1/H5, domain H15 / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A signature. / Histone H2A conserved site / C-terminus of histone H2A / Histone H2A, C-terminal domain / Histone 2A / ヒストンH2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / ヒストンH4 / ヒストンH4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone H2A/H2B/H3 / Histone-fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA (> 100) / DNA (> 10) / デオキシリボ核酸 / Histone H2B 1.1 / Protein B4 / ヒストンH4 / Histone H3.2 / ヒストンH2A
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.42 Å
データ登録者Arimura, Y. / Funabiki, H.
資金援助 米国, 日本, 2件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM132111 米国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JSPS Overseas Research Fellowships 日本
引用ジャーナル: Mol Cell / : 2021
タイトル: Structural features of nucleosomes in interphase and metaphase chromosomes.
著者: Yasuhiro Arimura / Rochelle M Shih / Ruby Froom / Hironori Funabiki /
要旨: Structural heterogeneity of nucleosomes in functional chromosomes is unknown. Here, we devise the template-, reference- and selection-free (TRSF) cryo-EM pipeline to simultaneously reconstruct cryo- ...Structural heterogeneity of nucleosomes in functional chromosomes is unknown. Here, we devise the template-, reference- and selection-free (TRSF) cryo-EM pipeline to simultaneously reconstruct cryo-EM structures of protein complexes from interphase or metaphase chromosomes. The reconstructed interphase and metaphase nucleosome structures are on average indistinguishable from canonical nucleosome structures, despite DNA sequence heterogeneity, cell-cycle-specific posttranslational modifications, and interacting proteins. Nucleosome structures determined by a decoy-classifying method and structure variability analyses reveal the nucleosome structural variations in linker DNA, histone tails, and nucleosome core particle configurations, suggesting that the opening of linker DNA, which is correlated with H2A C-terminal tail positioning, is suppressed in chromosomes. High-resolution (3.4-3.5 Å) nucleosome structures indicate DNA-sequence-independent stabilization of superhelical locations ±0-1 and ±3.5-4.5. The linker histone H1.8 preferentially binds to metaphase chromatin, from which chromatosome cryo-EM structures with H1.8 at the on-dyad position are reconstituted. This study presents the structural characteristics of nucleosomes in chromosomes.
履歴
登録2020年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22792
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3.2
B: Histone H4
C: Histone H2A
D: Histone H2B 1.1
E: Histone H3.2
F: Histone H4
G: Histone H2A
H: Histone H2B 1.1
I: DNA (184-MER)
J: DNA (184-MER)
K: Protein B4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,91411
ポリマ-246,91411
非ポリマー00
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area55660 Å2
ΔGint-383 kcal/mol
Surface area88360 Å2

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要素

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タンパク質 , 5種, 9分子 AEBFCGDHK

#1: タンパク質 Histone H3.2 / Histone H3


分子量: 15421.101 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: P84233
#2: タンパク質 Histone H4 / ヒストンH4


分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: P62799
#3: タンパク質 Histone H2A / ヒストンH2A


分子量: 14883.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: Q6DKE3
#4: タンパク質 Histone H2B 1.1 / H2B1.1


分子量: 13965.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: P02281
#7: タンパク質 Protein B4 / Histone H1-like protein / Linker histone B4


分子量: 29387.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
参照: UniProt: P15308

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DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#5: DNA鎖 DNA (184-MER)


分子量: 53114.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
#6: DNA鎖 DNA (184-MER)


分子量: 53083.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: H1.8 bound nucleosome isolated from metaphase chromosome in Xenopus egg extract (oligo fraction)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
110 mMHEPES-KOH1
230 mMKClKCl1
31 mMEGTAEGTA1
40.3 microg/mlLeupeptinロイペプチン1
50.3 microg/mlPepstatin1
60.3 microg/mlChymostatin1
71 mMSodium Butyrate1
81 mMbeta-glycerophosphate1
91 %trehaloseトレハロース1
100.1 %1,6,-hexanediol1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)検出モードフィルム・検出器のモデル
1138.34SUPER-RESOLUTIONGATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
2135.27SUPER-RESOLUTIONGATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7PHENIXモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
11cryoSPARC2.14最終オイラー角割当
12cryoSPARC2.14分類
13cryoSPARC2.143次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27383 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
16DZT1
25NL01

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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