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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kbd | |||||||||
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タイトル | Nucleosome in interphase chromosome formed in Xenopus egg extract (oligo fraction) | |||||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN/DNA / nucleosome / interphase / cell cycle / chromatin / DNA BINDING PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.38 Å | |||||||||
データ登録者 | Arimura, Y. / Funabiki, H. | |||||||||
資金援助 | 米国, 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021 タイトル: Structural features of nucleosomes in interphase and metaphase chromosomes. 著者: Yasuhiro Arimura / Rochelle M Shih / Ruby Froom / Hironori Funabiki / 要旨: Structural heterogeneity of nucleosomes in functional chromosomes is unknown. Here, we devise the template-, reference- and selection-free (TRSF) cryo-EM pipeline to simultaneously reconstruct cryo- ...Structural heterogeneity of nucleosomes in functional chromosomes is unknown. Here, we devise the template-, reference- and selection-free (TRSF) cryo-EM pipeline to simultaneously reconstruct cryo-EM structures of protein complexes from interphase or metaphase chromosomes. The reconstructed interphase and metaphase nucleosome structures are on average indistinguishable from canonical nucleosome structures, despite DNA sequence heterogeneity, cell-cycle-specific posttranslational modifications, and interacting proteins. Nucleosome structures determined by a decoy-classifying method and structure variability analyses reveal the nucleosome structural variations in linker DNA, histone tails, and nucleosome core particle configurations, suggesting that the opening of linker DNA, which is correlated with H2A C-terminal tail positioning, is suppressed in chromosomes. High-resolution (3.4-3.5 Å) nucleosome structures indicate DNA-sequence-independent stabilization of superhelical locations ±0-1 and ±3.5-4.5. The linker histone H1.8 preferentially binds to metaphase chromatin, from which chromatosome cryo-EM structures with H1.8 at the on-dyad position are reconstituted. This study presents the structural characteristics of nucleosomes in chromosomes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kbd.cif.gz | 287.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kbd.ent.gz | 215.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kbd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7kbd_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7kbd_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7kbd_validation.xml.gz | 37.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7kbd_validation.cif.gz | 58.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/7kbd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/7kbd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 22790MC 7kbeC 7kbfC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10692 (タイトル: Oligo nucleosome fraction from interphase chromosome in Xenopus egg extract lot 1 Data size: 634.3 Data #1: oligo nucleosome fraction from the interphase chromosome in Xenopus egg extract lot1 [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#1: タンパク質 | 分子量: 15421.101 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: P84233 #2: タンパク質 | 分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: P62799 #3: タンパク質 | 分子量: 14883.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: Q6DKE3 #4: タンパク質 | 分子量: 13965.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 参照: UniProt: P02281 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 46847.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 46355.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Nucleosome in interphase chromosome formed in Xenopus egg extract (oligo fraction) タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 20W / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 33.11 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 89191 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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