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- PDB-7emf: Human Mediator (deletion of MED1-IDR) in a Tail-extended conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7emf
タイトルHuman Mediator (deletion of MED1-IDR) in a Tail-extended conformation
要素
  • (Isoform 2 of Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ...) x 2
  • (Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ...) x 24
  • Unknown Chain (poly A)
キーワードTRANSCRIPTION / Mediator complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mediator complex assembly / positive regulation of T cell extravasation / negative regulation of smooth muscle cell differentiation / enucleate erythrocyte development / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / regulation of RNA biosynthetic process / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / retinal pigment epithelium development / mammary gland branching involved in thelarche ...positive regulation of mediator complex assembly / positive regulation of T cell extravasation / negative regulation of smooth muscle cell differentiation / enucleate erythrocyte development / positive regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / regulation of RNA biosynthetic process / androgen biosynthetic process / positive regulation of G0 to G1 transition / retinal pigment epithelium development / mammary gland branching involved in thelarche / G0 to G1 transition / thyroid hormone receptor signaling pathway / core mediator complex / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / LBD domain binding / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / thyroid hormone generation / mediator complex / nuclear retinoic acid receptor binding / positive regulation of keratinocyte differentiation / Generic Transcription Pathway / embryonic heart tube development / cellular response to thyroid hormone stimulus / monocyte differentiation / positive regulation of hepatocyte proliferation / embryonic hindlimb morphogenesis / peroxisome proliferator activated receptor binding / nuclear vitamin D receptor binding / positive regulation of chromatin binding / limb development / lens development in camera-type eye / nuclear thyroid hormone receptor binding / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / embryonic hemopoiesis / embryonic placenta development / megakaryocyte development / cellular response to steroid hormone stimulus / histone acetyltransferase binding / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / termination of RNA polymerase II transcription / cortical actin cytoskeleton / RSV-host interactions / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / fat cell differentiation / skeletal muscle cell differentiation / mammary gland branching involved in pregnancy / somatic stem cell population maintenance / nuclear retinoid X receptor binding / blastocyst development / general transcription initiation factor binding / cellular response to epidermal growth factor stimulus / negative regulation of neuron differentiation / hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of keratinocyte proliferation / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / animal organ regeneration / erythrocyte development / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / ubiquitin ligase complex / negative regulation of fibroblast proliferation / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / keratinocyte differentiation / transcription coregulator activity / RORA activates gene expression / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / positive regulation of erythrocyte differentiation / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / liver development / nuclear receptor coactivator activity / mRNA transcription by RNA polymerase II / nuclear receptor binding / promoter-specific chromatin binding / nuclear estrogen receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / PPARA activates gene expression / Heme signaling / Nuclear Receptor transcription pathway / brain development / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / cell morphogenesis / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Cytoprotection by HMOX1 / chromatin DNA binding / transcription coactivator binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / protein import into nucleus / transcription corepressor activity / ubiquitin protein ligase activity / Circadian Clock / actin binding / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / angiogenesis / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
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類似検索 - ドメイン・相同性
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類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Yin, X. / Li, J. / Wu, Z. / Liu, W. / Xu, Y.
引用ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Structures of the human Mediator and Mediator-bound preinitiation complex.
著者: Xizi Chen / Xiaotong Yin / Jiabei Li / Zihan Wu / Yilun Qi / Xinxin Wang / Weida Liu / Yanhui Xu /
要旨: The 1.3-megadalton transcription factor IID (TFIID) is required for preinitiation complex (PIC) assembly and RNA polymerase II (Pol II)-mediated transcription initiation on almost all genes. The 26- ...The 1.3-megadalton transcription factor IID (TFIID) is required for preinitiation complex (PIC) assembly and RNA polymerase II (Pol II)-mediated transcription initiation on almost all genes. The 26-subunit Mediator stimulates transcription and cyclin-dependent kinase 7 (CDK7)-mediated phosphorylation of the Pol II C-terminal domain (CTD). We determined the structures of human Mediator in the Tail module-extended (at near-atomic resolution) and Tail-bent conformations and structures of TFIID-based PIC-Mediator (76 polypeptides, ~4.1 megadaltons) in four distinct conformations. PIC-Mediator assembly induces concerted reorganization (Head-tilting and Middle-down) of Mediator and creates a Head-Middle sandwich, which stabilizes two CTD segments and brings CTD to CDK7 for phosphorylation; this suggests a CTD-gating mechanism favorable for phosphorylation. The TFIID-based PIC architecture modulates Mediator organization and TFIIH stabilization, underscoring the importance of TFIID in orchestrating PIC-Mediator assembly.
履歴
登録2021年4月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
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  • マップデータ: EMDB-31191
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1
B: Unknown Chain (poly A)
D: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4
F: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
G: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7
H: Isoform 2 of Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8
I: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9
J: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10
K: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
N: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14
O: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15
P: Isoform 2 of Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16
Q: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17
R: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
S: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 19
T: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20
U: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21
V: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22
W: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23
X: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 24
Y: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25
Z: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 26
0: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 27
1: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 28
2: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 29
3: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 30
4: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,378,10029
ポリマ－1,377,96927
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area144720 Å2
ΔGint-1011 kcal/mol
Surface area328260 Å2

-
要素

+
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ... , 24種, 24分子 ADFGIJKNOQRSTUVWXYZ01234

#1: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 1


分子量: 168697.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED1 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15648
#3: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 4


分子量: 29781.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPJ6
#4: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6


分子量: 28464.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75586
#5: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 7


分子量: 27285.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43513
#7: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 9


分子量: 16422.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED9 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NWA0
#8: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 10


分子量: 15710.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED10 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BTT4
#9: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11


分子量: 13145.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED11 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P086
#10: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14


分子量: 160787.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED14 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60244
#11: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15


分子量: 86830.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED15 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96RN5
#13: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17


分子量: 72984.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED17 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NVC6
#14: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18


分子量: 23693.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED18 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BUE0
#15: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 19


分子量: 26321.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED19 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0JLT2
#16: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20


分子量: 23243.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED20 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H944
#17: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 21


分子量: 15575.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED21 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13503
#18: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22


分子量: 22243.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED22 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15528
#19: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23


分子量: 156652.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED23 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9ULK4
#20: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 24


分子量: 110430.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED24 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75448
#21: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25


分子量: 78230.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED25 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q71SY5
#22: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 26


分子量: 65544.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED26 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95402
#23: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 27


分子量: 35478.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED27 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P2C8
#24: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 28


分子量: 19540.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED28 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H204
#25: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 29


分子量: 21089.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED29 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NX70
#26: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 30


分子量: 20301.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED30 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96HR3
#27: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 31


分子量: 15826.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED31 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3C7

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Isoform 2 of Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ... , 2種, 2分子 HP

#6: タンパク質 Isoform 2 of Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8


分子量: 29112.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED8 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96G25
#12: タンパク質 Isoform 2 of Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16


分子量: 93136.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED16 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2X0

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 3分子 B

#28: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#2: タンパク質・ペプチド Unknown Chain (poly A)


分子量: 1439.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of the human Mediator complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#27 / 由来: RECOMBINANT
分子量単位: KILODALTONS/NANOMETER / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Expi293
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 32

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 95433 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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