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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7c7s | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the CGP54626-bound human GABA(B) receptor in inactive state. | |||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / GABAB / Cryo-EM / GPCR | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / GABA B receptor activation / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / G protein-coupled GABA receptor complex / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of epinephrine secretion / negative regulation of dopamine secretion ...G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / GABA B receptor activation / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / G protein-coupled GABA receptor complex / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of epinephrine secretion / negative regulation of dopamine secretion / positive regulation of growth hormone secretion / extracellular matrix protein binding / GABA receptor complex / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / positive regulation of glutamate secretion / negative regulation of synaptic transmission / axolemma / GABA-ergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / dendritic shaft / response to nicotine / Schaffer collateral - CA1 synapse / mitochondrial membrane / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / transmembrane signaling receptor activity / osteoblast differentiation / synaptic vesicle / presynaptic membrane / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / response to ethanol / dendritic spine / neuron projection / protein heterodimerization activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum membrane / extracellular space / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Mao, C. / Shen, C. / Li, C. / Shen, D. / Xu, C. / Zhang, S. / Zhou, R. / Shen, Q. / Chen, L. / Jiang, Z. ...Mao, C. / Shen, C. / Li, C. / Shen, D. / Xu, C. / Zhang, S. / Zhou, R. / Shen, Q. / Chen, L. / Jiang, Z. / Liu, J. / Zhang, Y. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structures of inactive and active GABA receptor. 著者: Chunyou Mao / Cangsong Shen / Chuntao Li / Dan-Dan Shen / Chanjuan Xu / Shenglan Zhang / Rui Zhou / Qingya Shen / Li-Nan Chen / Zhinong Jiang / Jianfeng Liu / Yan Zhang / 要旨: Metabotropic GABA G protein-coupled receptor functions as a mandatory heterodimer of GB1 and GB2 subunits and mediates inhibitory neurotransmission in the central nervous system. Each subunit is ...Metabotropic GABA G protein-coupled receptor functions as a mandatory heterodimer of GB1 and GB2 subunits and mediates inhibitory neurotransmission in the central nervous system. Each subunit is composed of the extracellular Venus flytrap (VFT) domain and transmembrane (TM) domain. Here we present cryo-EM structures of full-length human heterodimeric GABA receptor in the antagonist-bound inactive state and in the active state complexed with an agonist and a positive allosteric modulator in the presence of G protein at a resolution range of 2.8-3.0 Å. Our structures reveal that agonist binding stabilizes the closure of GB1 VFT, which in turn triggers a rearrangement of TM interfaces between the two subunits from TM3-TM5/TM3-TM5 in the inactive state to TM6/TM6 in the active state and finally induces the opening of intracellular loop 3 and synergistic shifting of TM3, 4 and 5 helices in GB2 TM domain to accommodate the α5-helix of G. We also observed that the positive allosteric modulator anchors at the dimeric interface of TM domains. These results provide a structural framework for understanding class C GPCR activation and a rational template for allosteric modulator design targeting the dimeric interface of GABA receptor. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7c7s.cif.gz | 256.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7c7s.ent.gz | 202.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7c7s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7c7s_validation.pdf.gz | 777.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7c7s_full_validation.pdf.gz | 792.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7c7s_validation.xml.gz | 42.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7c7s_validation.cif.gz | 63.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/7c7s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/7c7s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 105976.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABBR1, GPRC3A / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBS5 | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 91359.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABBR2, GPR51, GPRC3B / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75899 | ||||
#3: 糖 | ChemComp-NAG / #4: 化合物 | ChemComp-2BV / ( | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: The CGP54626-bound GABAB heterodimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK 293F | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 29000 X / 倍率(補正後): 49310 X / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 64 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 4740 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2969413 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 374589 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4MR7 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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