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- PDB-7bqu: Cereblon in complex with SALL4 and (S)-thalidomide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bqu
タイトルCereblon in complex with SALL4 and (S)-thalidomide
要素
  • Protein cereblon
  • Sal-like protein 4
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / ZINC FINGER (ジンクフィンガー) / E3 UBIQUITIN LIGASE (ユビキチンリガーゼ) / COMPLEX / THALIDOMIDE (サリドマイド)
機能・相同性
機能・相同性情報


POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / embryonic limb morphogenesis / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / inner cell mass cell proliferation / ventricular septum development / locomotory exploration behavior / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of Wnt signaling pathway ...POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / embryonic limb morphogenesis / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / inner cell mass cell proliferation / ventricular septum development / locomotory exploration behavior / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / ヘテロクロマチン / Regulation of PTEN gene transcription / neural tube closure / positive regulation of protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Potential therapeutics for SARS / transmembrane transporter binding / protein ubiquitination / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon protease, N-terminal domain superfamily / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / PUA-like superfamily ...Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon protease, N-terminal domain superfamily / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / PUA-like superfamily / Zinc finger, C2H2 type / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
S-Thalidomide / Protein cereblon / Sal-like protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Furihata, H. / Miyauchi, Y. / Asano, A. / Tanokura, M. / Miyakawa, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101077 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural bases of IMiD selectivity that emerges by 5-hydroxythalidomide.
著者: Furihata, H. / Yamanaka, S. / Honda, T. / Miyauchi, Y. / Asano, A. / Shibata, N. / Tanokura, M. / Sawasaki, T. / Miyakawa, T.
履歴
登録2020年3月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein cereblon
B: Sal-like protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1345
ポリマ－15,7452
非ポリマー3893
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.962, 92.718, 43.986
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-642-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein cereblon


分子量: 12614.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRBN, AD-006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96SW2
#2: タンパク質・ペプチド Sal-like protein 4 / Zinc finger protein 797 / Zinc finger protein SALL4


分子量: 3130.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SALL4, ZNF797 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJQ4
#3: 化合物 ChemComp-EF2 / S-Thalidomide / (S)-サリドマイド / サリドマイド


分子量: 258.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H10N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 27% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate (pH 5.5), 0.1 M magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→43.99 Å / Num. obs: 11808 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 24.39 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 12.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 746 / CC1/2: 0.826 / Rpim(I) all: 0.363 / Rrim(I) all: 1.31 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXVer 1.15.1_3469精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASERVer 1.15.1_3469位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TZ4, 5YJ0

4tz4

5yj0


解像度: 1.9→34.674 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2358 561 4.76 %
Rwork0.1908 --
obs0.1929 11790 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.674 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1050 0 21 48 1119
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3751497
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.452635
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046163
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011182
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9001-2.09130.22831300.22032782X-RAY DIFFRACTION100
2.0913-2.39380.23851380.20992748X-RAY DIFFRACTION100
2.3938-3.01570.25531490.21342780X-RAY DIFFRACTION100
3.0157-34.6740.22691440.16972919X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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