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- PDB-6owu: THE PRP8 INTEIN OF CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS in complex with Zn2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6owu
タイトルTHE PRP8 INTEIN OF CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS in complex with Zn2+
要素PRP8 protein
キーワードHYDROLASE / Prp8 Intein
機能・相同性protein splicing / Hom-end-associated Hint / Hom_end-associated Hint / Hint domain superfamily / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / PRP8 protein
機能・相同性情報
生物種Cryptococcus neoformans var. grubii (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Li, Z. / Li, H.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI140726 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI141178 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM39422 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM44844 米国
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2019
タイトル: Spliceosomal Prp8 intein at the crossroads of protein and RNA splicing.
著者: Green, C.M. / Li, Z. / Smith, A.D. / Novikova, O. / Bacot-Davis, V.R. / Gao, F. / Hu, S. / Banavali, N.K. / Thiele, D.J. / Li, H. / Belfort, M.
履歴
登録2019年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRP8 protein
B: PRP8 protein
C: PRP8 protein
D: PRP8 protein
E: PRP8 protein
F: PRP8 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,57015
ポリマ－126,9826
非ポリマー5899
水10,124562
1
A: PRP8 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2292
ポリマ－21,1641
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PRP8 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2943
ポリマ－21,1641
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PRP8 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2292
ポリマ－21,1641
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: PRP8 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2943
ポリマ－21,1641
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: PRP8 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2292
ポリマ－21,1641
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: PRP8 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2943
ポリマ－21,1641
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.093, 63.039, 78.636
Angle α, β, γ (deg.)94.86, 103.13, 117.44
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
PRP8 protein


分子量: 21163.627 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii (菌類)
遺伝子: PRP8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6TER0
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 562 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 28% PEG4,000, 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.2, 0.2 M AMMONIUM ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC HF-4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→40.09 Å / Num. obs: 71327 / % possible obs: 80.43 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.0844 / Rpim(I) all: 0.0639 / Rrim(I) all: 0.1065 / Rsym value: 0.0844 / Net I/σ(I): 9.38
反射 シェル解像度: 1.84→1.91 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 6013 / CC1/2: 0.654 / Rpim(I) all: 0.374 / Rrim(I) all: 0.606 / Rsym value: 0.473 / % possible all: 67.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.84→40.089 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2427 2011 2.82 %
Rwork0.1988 --
obs0.2 71311 80.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→40.089 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7020 0 9 562 7591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067177
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8939677
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.3856112
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051087
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051262
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8396-1.88560.2938980.2763755X-RAY DIFFRACTION61
1.8856-1.93660.3061480.26195170X-RAY DIFFRACTION84
1.9366-1.99360.26841630.23715285X-RAY DIFFRACTION86
1.9936-2.0580.31021410.2265216X-RAY DIFFRACTION85
2.058-2.13150.26281520.20874965X-RAY DIFFRACTION81
2.1315-2.21680.25741440.19875167X-RAY DIFFRACTION84
2.2168-2.31770.24541560.19575054X-RAY DIFFRACTION82
2.3177-2.43990.24581320.19384599X-RAY DIFFRACTION75
2.4399-2.59280.24611410.18614705X-RAY DIFFRACTION77
2.5928-2.79290.27061420.19555411X-RAY DIFFRACTION88
2.7929-3.07390.23791560.19514989X-RAY DIFFRACTION81
3.0739-3.51840.2011500.18255251X-RAY DIFFRACTION85
3.5184-4.43190.19661330.16924606X-RAY DIFFRACTION75
4.4319-40.09820.25681550.21065127X-RAY DIFFRACTION83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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