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- PDB-3hrv: Crystal structure of TcpA, a Type IV pilin from Vibrio cholerae E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hrv
タイトルCrystal structure of TcpA, a Type IV pilin from Vibrio cholerae El Tor biotype
要素Toxin coregulated pilin
キーワードCELL ADHESION / Type IV pili / pilin / Vibrio cholerae / toxin-coregulated pilus / microcolonies / colonization / virulence factor
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular organelle / protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / pilus / membrane
類似検索 - 分子機能
TcpA-like pilin / TcpA-like pilin / Toxin-coregulated pilus subunit TcpA / Toxin-coregulated pilus subunit TcpA / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxin coregulated pilin
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Craig, L. / Arvai, A.S. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2010
タイトル: Vibrio cholerae El Tor TcpA crystal structure and mechanism for pilus-mediated microcolony formation.
著者: Lim, M.S. / Ng, D. / Zong, Z. / Arvai, A.S. / Taylor, R.K. / Tainer, J.A. / Craig, L.
履歴
登録2009年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin coregulated pilin
B: Toxin coregulated pilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0498
ポリマ－39,4842
非ポリマー5646
水8,323462
1
A: Toxin coregulated pilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0224
ポリマ－19,7421
非ポリマー2803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Toxin coregulated pilin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0264
ポリマ－19,7421
非ポリマー2843
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.767, 94.752, 128.422
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-832-

HOH

21A-861-

HOH

31B-431-

HOH

41B-651-

HOH

51B-661-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Toxin coregulated pilin / TcpA / Toxin-coregulated pilus subunit


分子量: 19742.086 Da / 分子数: 2 / 断片: globular domain, residues 29-199 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: El Tor H1 / 遺伝子: tcpA / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B / 参照: UniProt: Q60153
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Na-HEPES, 1.5 M LiSO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月7日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (ho rizontal focusing)
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
ReflectionAv σ(I) over netI: 23.75 / 数: 420254 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.02 / D res high: 1.5 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 61281 / % possible obs: 99.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
3.232096.210.0640.994
2.563.2398.710.0590.853
2.242.5699.410.0670.943
2.042.2499.610.0680.895
1.892.0499.810.0830.986
1.781.8999.910.1171.136
1.691.7899.910.1681.133
1.621.6999.910.2271.126
1.551.6299.910.3061.131
1.51.5510010.4131.078
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 61737 / Num. obs: 61281 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 23.746
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 4.95 / Num. unique all: 6084 / Rsym value: 0.413 / Χ2: 1.078 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1OQV

1oqv


解像度: 1.5→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.78 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 5963 9.7 %random
Rwork0.219 52667 --
obs-58630 95.3 %-
溶媒の処理Bsol: 54.087 Å2
原子変位パラメータBiso max: 80.36 Å2 / Biso mean: 25.47 Å2 / Biso min: 10.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.187 Å20 Å20 Å2
2---6.819 Å20 Å2
3---4.632 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.227 Å0.216 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.217 Å0.202 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2458 0 33 462 2953
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1741.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9392
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.6832
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5242.5
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.5-1.550.33310.3095X-RAY DIFFRACTION6084100
1.55-1.620.29290.2852X-RAY DIFFRACTION610799.9
1.62-1.690.26690.2634X-RAY DIFFRACTION611999.9
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water.param
X-RAY DIFFRACTION3so4.param
X-RAY DIFFRACTION4gol.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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