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- PDB-7a24: Assembly intermediate of the plant mitochondrial complex I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a24
タイトルAssembly intermediate of the plant mitochondrial complex I
要素
  • 13kDa
  • 15kDa
  • 18kDa
  • 24kDa
  • 39kDa
  • 51kDa
  • 75kDa
  • ACPM1
  • B13
  • B14
  • B14.5a
  • B14.5b
  • B16.6
  • B17.2
  • B8
  • B9
  • CA1
  • CAL1
  • GLDH
  • MNLL
  • MWFE
  • Nad1m
  • Nad2m
  • Nad3m
  • Nad4Lm
  • Nad6m
  • Nad7m
  • Nad9m
  • P2
  • PGIV
  • PSST
  • TYKY
  • Unk1
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Respiration / Complex I (NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)) / mitochondria (ミトコンドリア) / plant (植物)
機能・相同性
機能・相同性情報


L-galactonolactone dehydrogenase / galactonolactone dehydrogenase activity / L-gulono-1,4-lactone dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase complex / L-ascorbic acid biosynthetic process / D-arabinono-1,4-lactone oxidase activity / cold acclimation / ubiquinone-6 biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 ...L-galactonolactone dehydrogenase / galactonolactone dehydrogenase activity / L-gulono-1,4-lactone dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase complex / L-ascorbic acid biosynthetic process / D-arabinono-1,4-lactone oxidase activity / cold acclimation / ubiquinone-6 biosynthetic process / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / embryo development ending in seed dormancy / 光呼吸 / NADH dehydrogenase activity / NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / mitochondrial respiratory chain complex I / acyl binding / electron transport coupled proton transport / acyl carrier activity / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / ATP synthesis coupled electron transport / 色素体 / 電子伝達系 / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / 液胞 / vacuolar membrane / cobalt ion binding / quinone binding / protein homotrimerization / aerobic respiration / response to osmotic stress / respirasome / respiratory electron transport chain / ミトコンドリア / 葉緑体 / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / ミトコンドリア / carbonate dehydratase activity / ペルオキシソーム / fatty acid biosynthetic process / NAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / FMN binding / ミトコンドリア内膜 / copper ion binding / response to oxidative stress / go:0055114: / ミトコンドリアマトリックス / electron transfer activity / 核小体 / ミトコンドリア / zinc ion binding / integral component of membrane / extracellular region / 細胞膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / D-アラビノノ-1,4-ラクトンオキシダーゼ / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / GRIM-19 / Galactonolactone dehydrogenase / L-gulonolactone/D-arabinono-1,4-lactone oxidase / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial ...Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / D-アラビノノ-1,4-ラクトンオキシダーゼ / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / GRIM-19 / Galactonolactone dehydrogenase / L-gulonolactone/D-arabinono-1,4-lactone oxidase / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / CHCH / Trimeric LpxA-like superfamily / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NAD(P)-binding domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / FAD linked oxidase, N-terminal / Acyl carrier protein (ACP) / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / Molybdopterin oxidoreductase / Hexapeptide repeat / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / FAD-binding domain, PCMH-type / Phosphopantetheine attachment site / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Thioredoxin-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / ACP-like superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D superfamily / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NuoE domain / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / Zinc finger, CHCC-type / Soluble ligand binding domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit
Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mitochondrial / Gamma carbonic anhydrase-like 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8-B, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5-B / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 ...Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mitochondrial / Gamma carbonic anhydrase-like 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8-B, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5-B / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / Furry / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / L-galactono-1,4-lactone dehydrogenase, mitochondrial / At2g46540/F11C10.23 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3 / Excitatory amino acid transporter / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B / At4g16450 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / Acyl carrier protein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / Uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial
生物種Brassica oleracea (キャベツ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Soufari, H. / Waltz, F. / Hashem, Y.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-16-CE11-0024-02 フランス
European Research Council (ERC)759120
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Specific features and assembly of the plant mitochondrial complex I revealed by cryo-EM.
著者: Heddy Soufari / Camila Parrot / Lauriane Kuhn / Florent Waltz / Yaser Hashem /
要旨: Mitochondria are the powerhouses of eukaryotic cells and the site of essential metabolic reactions. Complex I or NADH:ubiquinone oxidoreductase is the main entry site for electrons into the ...Mitochondria are the powerhouses of eukaryotic cells and the site of essential metabolic reactions. Complex I or NADH:ubiquinone oxidoreductase is the main entry site for electrons into the mitochondrial respiratory chain and constitutes the largest of the respiratory complexes. Its structure and composition vary across eukaryote species. However, high resolution structures are available only for one group of eukaryotes, opisthokonts. In plants, only biochemical studies were carried out, already hinting at the peculiar composition of complex I in the green lineage. Here, we report several cryo-electron microscopy structures of the plant mitochondrial complex I. We describe the structure and composition of the plant respiratory complex I, including the ancestral mitochondrial domain composed of the carbonic anhydrase. We show that the carbonic anhydrase is a heterotrimeric complex with only one conserved active site. This domain is crucial for the overall stability of complex I as well as a peculiar lipid complex composed of cardiolipin and phosphatidylinositols. Moreover, we also describe the structure of one of the plant-specific complex I assembly intermediates, lacking the whole P module, in presence of the maturation factor GLDH. GLDH prevents the binding of the plant specific P1 protein, responsible for the linkage of the P to the P module.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2020年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11615
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 51kDa
I: Nad2m
J: Nad3m
N: Nad6m
H: Nad1m
K: Nad4Lm
Y: PGIV
Z: B16.6
V: MWFE
W: B9
S: B14.5a
i: B14.5b
j: 15kDa
G: Nad7m
C: 75kDa
T: 39kDa
F: Nad9m
B: 24kDa
O: 18kDa
P: 13kDa
R: B13
U: B17.2
E: PSST
D: TYKY
X: B14
c: MNLL
Q: B8
k: ACPM1
r: Unk1
n: P2
o: CAL1
q: CA1
p: CA1
z: GLDH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)837,56551
ポリマ－829,75234
非ポリマー7,81317
水0
1


タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 32種, 33分子 AIJNHKYZVWSijGCTFBOPRUEDXcQkno...

#1: タンパク質 51kDa


分子量: 53522.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9FNN5*PLUS
#2: タンパク質 Nad2m


分子量: 55486.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: O05000*PLUS
#3: タンパク質 Nad3m


分子量: 13941.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: P92533*PLUS
#4: タンパク質 Nad6m


分子量: 23700.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: P60497*PLUS
#5: タンパク質 Nad1m


分子量: 36049.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: P92558*PLUS
#6: タンパク質 Nad4Lm


分子量: 11139.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q04614*PLUS
#7: タンパク質 PGIV


分子量: 11985.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q8LGE7*PLUS
#8: タンパク質 B16.6


分子量: 16145.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q8RWA7*PLUS
#9: タンパク質 MWFE


分子量: 7349.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9C9Z5*PLUS
#10: タンパク質 B9


分子量: 6810.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9ZPY5*PLUS
#11: タンパク質 B14.5a


分子量: 15060.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9SD78*PLUS
#12: タンパク質 B14.5b


分子量: 9220.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q94AL6*PLUS
#13: タンパク質 15kDa


分子量: 9914.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9LZI6*PLUS
#14: タンパク質 Nad7m


分子量: 45020.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: P93306*PLUS
#15: タンパク質 75kDa


分子量: 81619.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9FGI6*PLUS
#16: タンパク質 39kDa


分子量: 43988.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9SK66*PLUS
#17: タンパク質 Nad9m


分子量: 22910.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q95748*PLUS
#18: タンパク質 24kDa


分子量: 28423.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: O22769*PLUS
#19: タンパク質 18kDa


分子量: 17160.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9FJW4*PLUS
#20: タンパク質 13kDa


分子量: 12251.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9M9M6*PLUS
#21: タンパク質 B13


分子量: 19201.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9FLX7*PLUS
#22: タンパク質 B17.2


分子量: 18346.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9M9M9*PLUS
#23: タンパク質 PSST


分子量: 24071.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q42577*PLUS
#24: タンパク質 TYKY


分子量: 25410.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9FX83*PLUS
#25: タンパク質 B14


分子量: 15102.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9LHI0*PLUS
#26: タンパク質 MNLL


分子量: 11355.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q84W12*PLUS
#27: タンパク質 B8


分子量: 10865.765 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9FIJ2*PLUS
#28: タンパク質 ACPM1


分子量: 13735.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: P53665*PLUS
#30: タンパク質 P2


分子量: 11965.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9ZUX4*PLUS
#31: タンパク質 CAL1


分子量: 27599.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9FMV1*PLUS
#32: タンパク質 CA1


分子量: 30010.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9FWR5*PLUS
#33: タンパク質 GLDH


分子量: 68652.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9SU56*PLUS

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 r

#29: タンパク質・ペプチド Unk1


分子量: 1723.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ)

-
非ポリマー , 9種, 17分子

#34: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#35: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#36: 化合物 ChemComp-T7X / Phosphatidylinositol / ホスファチジルイノシトール


分子量: 887.128 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H83O13P
#37: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL / Cardiolipin


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#38: 化合物 ChemComp-PEV / (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1-PALMITOYL-2-OLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / ホスファチジルエタノールアミン


分子量: 720.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H78NO8P / コメント: POPE, リン脂質*YM
#39: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#40: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#41: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION / 亜鉛


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#42: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸 / 炭酸水素塩


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Plant mitochondrial respiratory complex I assembly intermediate in presence of GLDH
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#33 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea (キャベツ) / 器官: Flower / Organelle: Mitochondria
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
13RELION3.0.8３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36513 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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