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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a24 | |||||||||
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タイトル | Assembly intermediate of the plant mitochondrial complex I | |||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Respiration / Complex I (NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型)) / mitochondria (ミトコンドリア) / plant (植物) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-galactonolactone dehydrogenase / galactonolactone dehydrogenase activity / L-gulono-1,4-lactone dehydrogenase activity / D-arabinono-1,4-lactone oxidase activity / cold acclimation / NADH dehydrogenase complex / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / 光呼吸 / embryo development ending in seed dormancy / plant-type vacuole ...L-galactonolactone dehydrogenase / galactonolactone dehydrogenase activity / L-gulono-1,4-lactone dehydrogenase activity / D-arabinono-1,4-lactone oxidase activity / cold acclimation / NADH dehydrogenase complex / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / 光呼吸 / embryo development ending in seed dormancy / plant-type vacuole / L-ascorbic acid biosynthetic process / respiratory chain complex I / cobalt ion binding / response to osmotic stress / 色素体 / acyl carrier activity / NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / mitochondrial respiratory chain complex I / protein homotrimerization / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / respirasome / 細胞呼吸 / respiratory electron transport chain / 葉緑体 / FAD binding / ミトコンドリア / carbonate dehydratase activity / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / ペルオキシソーム / fatty acid biosynthetic process / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ミトコンドリア内膜 / membrane => GO:0016020 / ミトコンドリアマトリックス / copper ion binding / 核小体 / ミトコンドリア / zinc ion binding / extracellular region / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Brassica oleracea (キャベツ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Soufari, H. / Waltz, F. / Hashem, Y. | |||||||||
資金援助 | フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Specific features and assembly of the plant mitochondrial complex I revealed by cryo-EM. 著者: Heddy Soufari / Camila Parrot / Lauriane Kuhn / Florent Waltz / Yaser Hashem / 要旨: Mitochondria are the powerhouses of eukaryotic cells and the site of essential metabolic reactions. Complex I or NADH:ubiquinone oxidoreductase is the main entry site for electrons into the ...Mitochondria are the powerhouses of eukaryotic cells and the site of essential metabolic reactions. Complex I or NADH:ubiquinone oxidoreductase is the main entry site for electrons into the mitochondrial respiratory chain and constitutes the largest of the respiratory complexes. Its structure and composition vary across eukaryote species. However, high resolution structures are available only for one group of eukaryotes, opisthokonts. In plants, only biochemical studies were carried out, already hinting at the peculiar composition of complex I in the green lineage. Here, we report several cryo-electron microscopy structures of the plant mitochondrial complex I. We describe the structure and composition of the plant respiratory complex I, including the ancestral mitochondrial domain composed of the carbonic anhydrase. We show that the carbonic anhydrase is a heterotrimeric complex with only one conserved active site. This domain is crucial for the overall stability of complex I as well as a peculiar lipid complex composed of cardiolipin and phosphatidylinositols. Moreover, we also describe the structure of one of the plant-specific complex I assembly intermediates, lacking the whole P module, in presence of the maturation factor GLDH. GLDH prevents the binding of the plant specific P1 protein, responsible for the linkage of the P to the P module. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7a24.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7a24.ent.gz | 913.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7a24.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/7a24 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/7a24 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+タンパク質 , 32種, 33分子 AIJNHKYZVWSijGCTFBOPRUEDXcQkno...
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 r
#29: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1723.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) |
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-非ポリマー , 9種, 17分子
#34: 化合物 | ChemComp-SF4 / #35: 化合物 | ChemComp-FMN / | #36: 化合物 | #37: 化合物 | ChemComp-CDL / | #38: 化合物 | ChemComp-PEV / ( | #39: 化合物 | #40: 化合物 | ChemComp-NDP / | #41: 化合物 | #42: 化合物 | ChemComp-BCT / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Plant mitochondrial respiratory complex I assembly intermediate in presence of GLDH タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#33 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Brassica oleracea (キャベツ) / 器官: Flower / Organelle: Mitochondria |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36513 / 対称性のタイプ: POINT |