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- PDB-7a23: Plant mitochondrial respiratory complex I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a23
タイトルPlant mitochondrial respiratory complex I
要素
  • 13kDa
  • 15kDa
  • 18kDa
  • 20.9kDa
  • 24kDa
  • 39kDa
  • 51kDa
  • 75kDa
  • ACPM1
  • ACPM2
  • AGGG
  • B12-1
  • B13
  • B14
  • B14.5a
  • B14.5b
  • B15
  • B16.6
  • B17.2
  • B18
  • B22
  • B8
  • B9
  • CA1
  • CAL1
  • ESSS
  • MWFE
  • Nad1m
  • Nad2m
  • Nad3m
  • Nad4Lm
  • Nad4m
  • Nad5m
  • Nad6m
  • Nad7m
  • Nad9m
  • P1
  • P2
  • PDSW
  • PGIV
  • PSST
  • TYKY
  • Unk1
  • Unk2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Respiration / Complex I / mitochondria / plant
機能・相同性
機能・相同性情報


cold acclimation / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / : / photorespiration / embryo development ending in seed dormancy / NADH dehydrogenase complex / plant-type vacuole / cobalt ion binding / response to osmotic stress / plastid ...cold acclimation / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / : / photorespiration / embryo development ending in seed dormancy / NADH dehydrogenase complex / plant-type vacuole / cobalt ion binding / response to osmotic stress / plastid / protein homotrimerization / ubiquinone binding / acyl carrier activity / electron transport coupled proton transport / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / proton transmembrane transport / aerobic respiration / chloroplast / respiratory electron transport chain / carbonate dehydratase activity / electron transport chain / mitochondrial membrane / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / fatty acid biosynthetic process / peroxisome / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / carbohydrate metabolic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / copper ion binding / nucleolus / mitochondrion / extracellular region / zinc ion binding / metal ion binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, plant/fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11 kDa subunit / At2g27730-like / NAD(P)H-binding / : / : / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, plant/fungi / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11kDa subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase 11 kDa subunit / At2g27730-like / NAD(P)H-binding / : / : / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / Helix Hairpins - #3510 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / SLBB domain / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / : / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase MWFE subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase NDSU1/NuoG-like, 4Fe-4S domain / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NADH dehydrogenase subunit 5, C-terminal / NADH dehydrogenase subunit 5 C-terminus / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B12 subunit family / NADH:ubiquinone oxidoreductase, NDUFS5-15kDa / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7, NDUB7 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit (NDUFB7) / GRIM-19 / GRIM-19 protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NDUFB9, LYR domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, iron-sulphur subunit 5 / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / Trimeric LpxA-like superfamily / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / : / SLBB domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 8 / : / : / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3, ferredoxin-like domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / Complex 1 protein (LYR family) / NADH:ubiquinone oxidoreductase / : / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, TM / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-NDP / Chem-PEV / IRON/SULFUR CLUSTER / Phosphatidylinositol / UBIQUINONE-10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 ...BICARBONATE ION / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-NDP / Chem-PEV / IRON/SULFUR CLUSTER / Phosphatidylinositol / UBIQUINONE-10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / Acyl carrier protein 2, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / Acyl carrier protein 1, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / At4g16450 / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (Complex I) protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8-B / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-A / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / Excitatory amino acid transporter / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5, mitochondrial / Gamma carbonic anhydrase-like 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8-B, mitochondrial / At1g67350 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5-B / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10-A / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Probable NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3-B / Furry / At2g31490 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / At2g46540/F11C10.23 / Uncharacterized protein At2g27730, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Brassica oleracea (キャベツ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Soufari, H. / Waltz, F. / Hashem, Y.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-16-CE11-0024-02 フランス
European Research Council (ERC)759120
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Specific features and assembly of the plant mitochondrial complex I revealed by cryo-EM.
著者: Heddy Soufari / Camila Parrot / Lauriane Kuhn / Florent Waltz / Yaser Hashem /
要旨: Mitochondria are the powerhouses of eukaryotic cells and the site of essential metabolic reactions. Complex I or NADH:ubiquinone oxidoreductase is the main entry site for electrons into the ...Mitochondria are the powerhouses of eukaryotic cells and the site of essential metabolic reactions. Complex I or NADH:ubiquinone oxidoreductase is the main entry site for electrons into the mitochondrial respiratory chain and constitutes the largest of the respiratory complexes. Its structure and composition vary across eukaryote species. However, high resolution structures are available only for one group of eukaryotes, opisthokonts. In plants, only biochemical studies were carried out, already hinting at the peculiar composition of complex I in the green lineage. Here, we report several cryo-electron microscopy structures of the plant mitochondrial complex I. We describe the structure and composition of the plant respiratory complex I, including the ancestral mitochondrial domain composed of the carbonic anhydrase. We show that the carbonic anhydrase is a heterotrimeric complex with only one conserved active site. This domain is crucial for the overall stability of complex I as well as a peculiar lipid complex composed of cardiolipin and phosphatidylinositols. Moreover, we also describe the structure of one of the plant-specific complex I assembly intermediates, lacking the whole P module, in presence of the maturation factor GLDH. GLDH prevents the binding of the plant specific P1 protein, responsible for the linkage of the P to the P module.
履歴
登録2020年8月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11614
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 51kDa
I: Nad2m
J: Nad3m
N: Nad6m
H: Nad1m
K: Nad4Lm
Y: PGIV
Z: B16.6
V: MWFE
W: B9
S: B14.5a
i: B14.5b
j: 15kDa
G: Nad7m
C: 75kDa
T: 39kDa
F: Nad9m
B: 24kDa
O: 18kDa
P: 13kDa
R: B13
U: B17.2
E: PSST
D: TYKY
X: B14
c: 20.9kDa
Q: B8
k: ACPM1
r: Unk1
n: P2
o: CAL1
q: CA1
p: CA1
M: Nad4m
f: PDSW
g: ESSS
d: B22
a: Nad5m
b: B18
h: AGGG
e: ACPM2
l: B15
s: Unk2
m: P1
t: B12-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,005,12765
ポリマ－993,52245
非ポリマー11,60520
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 42種, 43分子 AIJNHKYZVWSijGCTFBOPRUEDXcQkno...

#1: タンパク質 51kDa


分子量: 53522.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9FNN5*PLUS
#2: タンパク質 Nad2m


分子量: 55486.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: O05000*PLUS
#3: タンパク質 Nad3m


分子量: 13941.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: P92533*PLUS
#4: タンパク質 Nad6m


分子量: 23700.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: P60497*PLUS
#5: タンパク質 Nad1m


分子量: 36049.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: P92558*PLUS
#6: タンパク質 Nad4Lm


分子量: 11139.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q04614*PLUS
#7: タンパク質 PGIV


分子量: 11985.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q8LGE7*PLUS
#8: タンパク質 B16.6


分子量: 16145.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q8RWA7*PLUS
#9: タンパク質 MWFE


分子量: 7349.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9C9Z5*PLUS
#10: タンパク質 B9


分子量: 6810.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9ZPY5*PLUS
#11: タンパク質 B14.5a


分子量: 15060.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9SD78*PLUS
#12: タンパク質 B14.5b


分子量: 9220.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q94AL6*PLUS
#13: タンパク質 15kDa


分子量: 9914.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9LZI6*PLUS
#14: タンパク質 Nad7m


分子量: 45020.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: P93306*PLUS
#15: タンパク質 75kDa


分子量: 81619.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9FGI6*PLUS
#16: タンパク質 39kDa


分子量: 43988.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9SK66*PLUS
#17: タンパク質 Nad9m


分子量: 22910.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q95748*PLUS
#18: タンパク質 24kDa


分子量: 28423.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: O22769*PLUS
#19: タンパク質 18kDa


分子量: 17160.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9FJW4*PLUS
#20: タンパク質 13kDa


分子量: 12251.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9M9M6*PLUS
#21: タンパク質 B13


分子量: 19201.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9FLX7*PLUS
#22: タンパク質 B17.2


分子量: 18346.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9M9M9*PLUS
#23: タンパク質 PSST


分子量: 24071.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: P42027*PLUS
#24: タンパク質 TYKY


分子量: 25410.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9FX83*PLUS
#25: タンパク質 B14


分子量: 15102.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9LHI0*PLUS
#26: タンパク質 20.9kDa


分子量: 11355.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q84W12*PLUS
#27: タンパク質 B8


分子量: 10865.765 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9FIJ2*PLUS
#28: タンパク質 ACPM1


分子量: 13735.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: P53665*PLUS
#30: タンパク質 P2


分子量: 11965.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9ZUX4*PLUS
#31: タンパク質 CAL1


分子量: 27599.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9FMV1*PLUS
#32: タンパク質 CA1


分子量: 30010.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9FWR5*PLUS
#33: タンパク質 Nad4m


分子量: 55869.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: P93313*PLUS
#34: タンパク質 PDSW


分子量: 12555.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9M9B4*PLUS
#35: タンパク質 ESSS


分子量: 12680.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q8L3S7*PLUS
#36: タンパク質 B22


分子量: 13638.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q945M1*PLUS
#37: タンパク質 Nad5m


分子量: 74361.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: P29388*PLUS
#38: タンパク質 B18


分子量: 11757.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9SKC9*PLUS
#39: タンパク質 AGGG


分子量: 7582.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q8LDK3*PLUS
#40: タンパク質 ACPM2


分子量: 14183.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: O80800*PLUS
#41: タンパク質 B15


分子量: 8305.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9SIQ8*PLUS
#43: タンパク質 P1


分子量: 11808.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9FYF8*PLUS
#44: タンパク質 B12-1


分子量: 8239.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ) / 参照: UniProt: Q9M9R9*PLUS

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 rs

#29: タンパク質・ペプチド Unk1


分子量: 1723.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ)
#42: タンパク質・ペプチド Unk2


分子量: 1439.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brassica oleracea (キャベツ)

-
非ポリマー , 10種, 20分子

#45: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#46: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#47: 化合物 ChemComp-T7X / Phosphatidylinositol


分子量: 887.128 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H83O13P
#48: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#49: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#50: 化合物 ChemComp-PEV / (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1-PALMITOYL-2-OLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 720.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H78NO8P / コメント: POPE, リン脂質*YM
#51: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#52: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#53: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#54: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mitochondrial respiratory complex I / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#44 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Brassica oleracea (キャベツ) / 器官: Flower / Organelle: Mitochondria
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
13RELION3.0.8３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 65018 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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