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- PDB-6zqg: Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cere... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zqg
タイトルCryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state Dis-C
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 18
  • (U3 small nucleolar RNA-associated protein ...) x 2
  • 18S rRNA18S ribosomal RNA
  • Dimethyladenosine transferase
  • Essential nuclear protein 1
  • Noc4,Nucleolar complex protein 4,Noc4
  • Nucleolar complex protein 14
  • Poly-U RNA
  • Pre-rRNA-processing protein PNO1
  • Probable ATP-dependent RNA helicase DHR1
  • RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
  • Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1リボソームRNA
  • Ribosome biogenesis protein BMS1リボソーム生合成
  • Rps5p
  • Something about silencing protein 10
  • U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4
  • U3 snoRNA
  • rRNA-processing protein FCF1
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / 90S pre-ribosome / 40S pre-ribosome / A1 cleavage / Dhr1
機能・相同性
機能・相同性情報


18S rRNA (adenine1779-N6/adenine1780-N6)-dimethyltransferase / 18S rRNA (adenine(1779)-N(6)/adenine(1780)-N(6))-dimethyltransferase activity / Noc4p-Nop14p complex / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / nuclear microtubule / Mpp10 complex / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / regulation of rRNA processing / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...18S rRNA (adenine1779-N6/adenine1780-N6)-dimethyltransferase / 18S rRNA (adenine(1779)-N(6)/adenine(1780)-N(6))-dimethyltransferase activity / Noc4p-Nop14p complex / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / nuclear microtubule / Mpp10 complex / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / regulation of rRNA processing / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA modification / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA base methylation / single-stranded telomeric DNA binding / rRNA primary transcript binding / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / mTORC1-mediated signalling / ヒドロキシル化 / rRNA methylation / : / U3 snoRNA binding / poly(A)+ mRNA export from nucleus / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / snoRNA binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 90S preribosome / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / enzyme activator activity / proteasome assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of translational fidelity / maturation of SSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / RNA endonuclease activity / nuclear periphery / small-subunit processome / helicase activity / maintenance of translational fidelity / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / rRNA processing / cytosolic small ribosomal subunit / unfolded protein binding / リボソーム生合成 / cytoplasmic translation / small ribosomal subunit / RNA helicase activity / rRNA binding / ヘリカーゼ / リボソーム / structural constituent of ribosome / 細胞周期 / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / 核小体 / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / RNA binding / 核質 / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Nucleolar protein 14 / Nop14-like family / rRNA-processing protein Fcf1, PIN domain / rRNA-processing protein Fcf1/Utp23 / Fcf1 / Small-subunit processome, Utp14 / Utp14 protein / Sas10 C-terminal domain / Sas10 C-terminal domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like, conserved site ...Nucleolar protein 14 / Nop14-like family / rRNA-processing protein Fcf1, PIN domain / rRNA-processing protein Fcf1/Utp23 / Fcf1 / Small-subunit processome, Utp14 / Utp14 protein / Sas10 C-terminal domain / Sas10 C-terminal domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like, conserved site / Ribosome biogenesis protein Bms1, N-terminal / RNA 3'-terminal phosphate cyclase signature. / Sas10/Utp3/C1D / U3 small nucleolar ribonucleoprotein complex, subunit Mpp10 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase type 2 / Sas10/Utp3/C1D family / Mpp10 protein / Ribosomal biogenesis, methyltransferase, EMG1/NEP1 / EMG1/NEP1 methyltransferase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase (RTC), insert domain / Ribosomal RNA adenine dimethylase / Krr1, KH1 domain / Krr1 KH1 domain / Bystin / Bystin / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, conserved site / Ribosomal RNA adenine methylase transferase, N-terminal / Ribosomal RNA adenine dimethylases signature. / Ribosomal RNA adenine dimethylases / Ribosomal RNA adenine methyltransferase KsgA/Erm / Ribosomal RNA adenine dimethylase / rRNA adenine N(6)-methyltransferase family profile. / U3 snoRNP protein/Ribosome production factor 1 / Large family of predicted nucleotide-binding domains / Ribosome biogenesis protein BMS1/TSR1, C-terminal / AARP2CN / Bms1/Tsr1-type G domain / Ribosome biogenesis protein Bms1/Tsr1 / 40S ribosome biogenesis protein Tsr1 and BMS1 C-terminal / AARP2CN (NUC121) domain / Bms1-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / AARP2CN (NUC121) domain / Protein of unknown function (DUF663) / PIN domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / Brix domain / Brix domain / Brix domain profile. / Brix / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / K Homology domain, type 1 superfamily / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / PIN-like domain superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S25 / : / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S8e, conserved site / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S28e / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
グアノシン三リン酸 / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein uS8A ...グアノシン三リン酸 / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS13A / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS7A / Small ribosomal subunit protein eS1A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Essential nuclear protein 1 / Dimethyladenosine transferase / U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10 / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / Probable ATP-dependent RNA helicase DHR1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 / rRNA-processing protein FCF1 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein / Ribosome biogenesis protein BMS1 / Something about silencing protein 10 / Small ribosomal subunit protein eS25A / Small ribosomal subunit protein eS28A / Nucleolar complex protein 14 / Pre-rRNA-processing protein PNO1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Cheng, J. / Lau, B. / Venuta, G.L. / Berninghausen, O. / Hurt, E. / Beckmann, R.
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: 90 pre-ribosome transformation into the primordial 40 subunit.
著者: Jingdong Cheng / Benjamin Lau / Giuseppe La Venuta / Michael Ameismeier / Otto Berninghausen / Ed Hurt / Roland Beckmann /
要旨: Production of small ribosomal subunits initially requires the formation of a 90 precursor followed by an enigmatic process of restructuring into the primordial pre-40 subunit. We elucidate this ...Production of small ribosomal subunits initially requires the formation of a 90 precursor followed by an enigmatic process of restructuring into the primordial pre-40 subunit. We elucidate this process by biochemical and cryo-electron microscopy analysis of intermediates along this pathway in yeast. First, the remodeling RNA helicase Dhr1 engages the 90 pre-ribosome, followed by Utp24 endonuclease-driven RNA cleavage at site A, thereby separating the 5'-external transcribed spacer (ETS) from 18 ribosomal RNA. Next, the 5'-ETS and 90 assembly factors become dislodged, but this occurs sequentially, not en bloc. Eventually, the primordial pre-40 emerges, still retaining some 90 factors including Dhr1, now ready to unwind the final small nucleolar U3-18 RNA hybrid. Our data shed light on the elusive 90 to pre-40 transition and clarify the principles of assembly and remodeling of large ribonucleoproteins.
履歴
登録2020年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11363
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
UB: Nucleolar complex protein 14
UC: Something about silencing protein 10
US: Noc4,Nucleolar complex protein 4,Noc4
UX: rRNA-processing protein FCF1
CJ: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4
CK: U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10
CL: Ribosome biogenesis protein BMS1
CM: RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
JF: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
JG: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
JH: Essential nuclear protein 1
JL: Dimethyladenosine transferase
JJ: Pre-rRNA-processing protein PNO1
DF: Rps5p
DQ: 40S ribosomal protein S16-A
DS: 40S ribosomal protein S18-A,40S ribosomal protein S18-A,Rps18
DT: 40S ribosomal protein S19-A
Dc: 40S ribosomal protein S28-A
D3: 18S rRNA
DA: 40S ribosomal protein S1-A
DE: 40S ribosomal protein S4-A
DG: 40S ribosomal protein S6-A
DH: 40S ribosomal protein S7-A
DI: 40S ribosomal protein S8-A
DJ: 40S ribosomal protein S9-A
DL: 40S ribosomal protein S11-A
DN: 40S ribosomal protein S13
DO: 40S ribosomal protein S14-A
DZ: 40S ribosomal protein S25-A
DW: 40S ribosomal protein S22-A
DX: 40S ribosomal protein S23-A
DY: 40S ribosomal protein S24-A
Db: 40S ribosomal protein S27-A
UN: U3 small nucleolar RNA-associated protein 14
JD: Probable ATP-dependent RNA helicase DHR1
D4: U3 snoRNA
D5: Poly-U RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,879,63678
ポリマ－1,878,10037
非ポリマー1,53641
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 13種, 14分子 UBUCUSUXCJCLCMJFJGJHJLJJDFJD

#1: タンパク質 Nucleolar complex protein 14 / U three protein 2 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 2 / U3 snoRNA-associated protein 2


分子量: 94463.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q99207
#2: タンパク質 Something about silencing protein 10 / U three protein 3 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 3 / U3 snoRNA-associated protein 11


分子量: 70364.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12136
#3: タンパク質 Noc4,Nucleolar complex protein 4,Noc4


分子量: 63707.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
#4: タンパク質 rRNA-processing protein FCF1 / FAF1-copurifying factor 1


分子量: 21650.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05498
#5: タンパク質 U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / U3 snoRNP protein IMP4 / Interacting with MPP10 protein 4


分子量: 33536.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53941
#7: タンパク質 Ribosome biogenesis protein BMS1 / リボソーム生合成


分子量: 135792.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08965
#8: タンパク質 RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein


分子量: 40220.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08096
#9: タンパク質 Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / リボソームRNA / 18S rRNA (pseudouridine(1189)-N1)-methyltransferase / 18S rRNA Psi1189 methyltransferase / ...18S rRNA (pseudouridine(1189)-N1)-methyltransferase / 18S rRNA Psi1189 methyltransferase / Essential for mitotic growth protein 1 / Nucleolar essential protein 1


分子量: 27936.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: Q06287, rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1
#10: タンパク質 Essential nuclear protein 1


分子量: 55207.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38333
#11: タンパク質 Dimethyladenosine transferase / 18S rRNA (adenine(1779)-N(6)/adenine(1780)-N(6))-dimethyltransferase / 18S rRNA dimethylase / S- ...18S rRNA (adenine(1779)-N(6)/adenine(1780)-N(6))-dimethyltransferase / 18S rRNA dimethylase / S-adenosylmethionine-6-N' / N'-adenosyl(rRNA) dimethyltransferase


分子量: 36003.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: P41819, 18S rRNA (adenine1779-N6/adenine1780-N6)-dimethyltransferase
#12: タンパク質 Pre-rRNA-processing protein PNO1 / Partner of NOB1 / Ribosomal RNA-processing protein 20


分子量: 30380.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q99216
#13: タンパク質 Rps5p


分子量: 25072.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26783
#34: タンパク質 Probable ATP-dependent RNA helicase DHR1 / DEAH box RNA helicase DHR1 / Extracellular mutant protein 16


分子量: 145171.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04217, ヘリカーゼ

-
U3 small nucleolar RNA-associated protein ... , 2種, 2分子 CKUN

#6: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10 / U3 snoRNA-associated protein MPP10 / M phase phosphoprotein 10


分子量: 67042.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P47083
#33: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 / U3 snoRNA-associated protein 14 / U three protein 14


分子量: 103189.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04500

-
40S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 DQDSDTDcDADEDGDHDIDJDLDNDODZDWDXDYDb

#14: タンパク質 40S ribosomal protein S16-A / リボソーム / RP61R / Small ribosomal subunit protein uS9-A


分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX51
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S18-A,40S ribosomal protein S18-A,Rps18 / リボソーム / Small ribosomal subunit protein uS13-A


分子量: 16303.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX55
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S19-A / リボソーム / RP55A / S16a / Small ribosomal subunit protein eS19-A / YP45 / YS16A


分子量: 15942.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P07280
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S28-A / リボソーム / S33 / Small ribosomal subunit protein eS28-A / YS27


分子量: 7605.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q3E7X9
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S1-A / リボソーム / RP10A / Small ribosomal subunit protein eS1-A


分子量: 28798.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33442
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S4-A / リボソーム / RP5 / S7 / Small ribosomal subunit protein eS4-A / YS6


分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX35
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S6-A / リボソーム / RP9 / S10 / Small ribosomal subunit protein eS6-A / YS4


分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX37
#22: タンパク質 40S ribosomal protein S7-A / リボソーム / RP30 / RP40 / Small ribosomal subunit protein eS7-A


分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26786
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S8-A / リボソーム / RP19 / S14 / Small ribosomal subunit protein eS8-A / YS9


分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX39
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S9-A / リボソーム / RP21 / S13 / Small ribosomal subunit protein uS4-A / YP28 / YS11


分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: O13516
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S11-A / リボソーム / RP41 / S18 / Small ribosomal subunit protein uS17-A / YS12


分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX47
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / / S27a / Small ribosomal subunit protein uS15 / YS15


分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05756
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S14-A / リボソーム / RP59A / Small ribosomal subunit protein uS11-A


分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P06367
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S25-A / リボソーム / RP45 / S31 / Small ribosomal subunit protein eS25-A / YS23


分子量: 12067.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q3E792
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S22-A / リボソーム / RP50 / S24 / Small ribosomal subunit protein uS8-A / YP58 / YS22


分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C0W1
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S23-A / リボソーム / RP37 / S28 / Small ribosomal subunit protein uS12-A / YS14


分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX29
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S24-A / リボソーム / RP50 / Small ribosomal subunit protein eS24-A


分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX31
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S27-A / リボソーム / RP61 / Small ribosomal subunit protein eS27-A / YS20


分子量: 8893.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P35997

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RNA鎖 , 3種, 3分子 D3D4D5

#18: RNA鎖 18S rRNA / 18S ribosomal RNA


分子量: 566062.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
#35: RNA鎖 U3 snoRNA


分子量: 7459.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
#36: RNA鎖 Poly-U RNA


分子量: 2710.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

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非ポリマー , 3種, 41分子

#37: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#38: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#39: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 90S pre-ribbosome state Dis-C / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#36 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 44 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 102097 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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