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- PDB-6zqb: Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cere... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 6zqb
タイトルCryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state B2
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 16
  • (Nucleolar complex protein ...) x 2
  • (Nucleolar protein ...核小体) x 2
  • (Ribosomal RNA-processing protein ...) x 2
  • (Ribosome biogenesis protein ...リボソーム生合成) x 3
  • (U3 small nucleolar RNA-associated protein ...) x 17
  • (U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein ...) x 3
  • (rRNA-processing protein ...) x 2
  • 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
  • 18S rRNA18S ribosomal RNA
  • 5ETS RNA
  • Bud site selection protein 21
  • Essential nuclear protein 1
  • KRR1 small subunit processome component
  • NET1-associated nuclear protein 1
  • Periodic tryptophan protein 2
  • Pre-rRNA-processing protein PNO1
  • Protein BFR2
  • Protein FAF1
  • Protein SOF1
  • RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
  • RNA cytidine acetyltransferase
  • Regulator of rDNA transcription protein 14
  • Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1リボソームRNA
  • Rps5p
  • Something about silencing protein 10
  • U3 snoRNA
  • rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / 90S pre-ribosome / 40S pre-ribosome / A1 cleavage / Dhr1
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / Noc4p-Nop14p complex / rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / CURI complex / t-UTP complex / tRNA acetylation / UTP-C complex / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / sno(s)RNA processing / RNA fragment catabolic process ...rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / Noc4p-Nop14p complex / rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / CURI complex / t-UTP complex / tRNA acetylation / UTP-C complex / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / sno(s)RNA processing / RNA fragment catabolic process / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / mRNA modification / histone-glutamine methyltransferase activity / box C/D RNA 3'-end processing / Mpp10 complex / rRNA methyltransferase activity / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA 2'-O-methylation / septum digestion after cytokinesis / rRNA modification / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of transcription by RNA polymerase I / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of RNA binding / nuclear microtubule / rDNA heterochromatin / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / box C/D RNP complex / rRNA primary transcript binding / snRNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / rRNA base methylation / single-stranded telomeric DNA binding / protein localization to nucleolus / small nuclear ribonucleoprotein complex / histone glutamine methylation / U4 snRNA binding / U3 snoRNA binding / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / poly(A)+ mRNA export from nucleus / rRNA export from nucleus / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / tRNA export from nucleus / precatalytic spliceosome / 90S preribosome / preribosome, small subunit precursor / O-methyltransferase activity / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / rRNA methylation / snoRNA binding / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / regulation of translational fidelity / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / small-subunit processome / ribosomal small subunit biogenesis / proteasome assembly / nuclear periphery / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / maturation of LSU-rRNA / カハール体 / establishment of cell polarity / endoribonuclease activity / vesicle-mediated transport / positive regulation of translational fidelity / maintenance of translational fidelity / enzyme activator activity / ribosomal small subunit assembly / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / mRNA 5'-UTR binding / small ribosomal subunit rRNA binding / rRNA processing / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic translation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / protein transport / リボソーム生合成 / unfolded protein binding / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit / tRNA binding / リボソーム / rRNA binding / structural constituent of ribosome / 細胞周期 / 翻訳 (生物学) / ATPアーゼ / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / 核小体 / ミトコンドリア / RNA binding / 核質 / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
Ribosomal protein L1p/L10e family / Helix hairpin bin domain superfamily / Regulator of rDNA transcription 14 / Bms1/Tsr1-type G domain / 50S ribosomal protein L30e-like / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase / PIN-like domain superfamily / Alpha/beta knot methyltransferases / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Ribosomal protein S28e conserved site ...Ribosomal protein L1p/L10e family / Helix hairpin bin domain superfamily / Regulator of rDNA transcription 14 / Bms1/Tsr1-type G domain / 50S ribosomal protein L30e-like / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase / PIN-like domain superfamily / Alpha/beta knot methyltransferases / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Ribosomal protein S28e conserved site / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Possible tRNA binding domain / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Nucleolar complex protein 4 / Periodic tryptophan protein 2 / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / TmcA/NAT10/Kre33 / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain superfamily / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosome biogenesis protein Bms1, N-terminal / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain superfamily / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S11 superfamily / Ribosomal protein S7 domain superfamily / K Homology domain, type 1 superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / RNA cytidine acetyltransferase NAT10 / Nop domain superfamily / Ribosomal protein S8 superfamily / Nrap protein, domain 6 / Nrap protein, domain 5 / Nrap protein, domain 4 / Nrap protein, domain 3 / Nrap protein, domain 2 / Nrap protein domain 1 / AATF leucine zipper-containing domain / Ribosomal RNA-processing protein 7, C-terminal domain / Ribosomal RNA-processing protein Rrp9-like / RNA 3'-terminal phosphate cyclase type 2 / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S4, conserved site / WD40-repeat-containing domain / Armadillo-type fold / Ribosomal protein S8e, conserved site / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Fcf2 pre-rRNA processing, C-terminal / Ribosomal protein L2, domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S6, eukaryotic / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / Small-subunit processome, Utp13 / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S6e, conserved site / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Ribosomal RNA assembly KRR1 / HEAT, type 2 / Ribosomal protein S7 domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein S15P / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10, N-terminal / Fibrillarin, conserved site / U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / Ribosomal protein S17, conserved site / WD40 repeat, conserved site / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15, C-terminal / Sas10 C-terminal domain / Protein AATF/Bfr2 / Ribosome biogenesis protein Bms1/Tsr1 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Bystin / Dip2/Utp12 Family / Regular of rDNA transcription protein 14 / Sof1-like domain / Fcf2 pre-rRNA processing / Apoptosis antagonizing transcription factor / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / Krr1 KH1 domain / EMG1/NEP1 methyltransferase / Sas10 C-terminal domain / Sas10/Utp3/C1D family / NUC153 domain / Possible tRNA binding domain / GNAT acetyltransferase 2 / Domain of unknown function (DUF1726)
40S ribosomal protein S16-A / Periodic tryptophan protein 2 / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / 40S ribosomal protein S9-A / 40S ribosomal protein S13 / 40S ribosomal protein S7-A / 40S ribosomal protein S5 / 40S ribosomal protein S14-A / 40S ribosomal protein S22-A / Ribosomal RNA-processing protein 7 ...40S ribosomal protein S16-A / Periodic tryptophan protein 2 / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / 40S ribosomal protein S9-A / 40S ribosomal protein S13 / 40S ribosomal protein S7-A / 40S ribosomal protein S5 / 40S ribosomal protein S14-A / 40S ribosomal protein S22-A / Ribosomal RNA-processing protein 7 / KRR1 small subunit processome component / 40S ribosomal protein S11-A / 40S ribosomal protein S23-A / 40S ribosomal protein S24-A / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / 40S ribosomal protein S4-A / 40S ribosomal protein S6-A / 40S ribosomal protein S8-A / U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / 40S ribosomal protein S18-A / 40S ribosomal protein S1-A / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20 / Nucleolar protein 56 / rRNA-processing protein FCF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / Pre-rRNA-processing protein PNO1 / Nucleolar complex protein 14 / 40S ribosomal protein S28-A / Nucleolar protein 58 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 12 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 / Something about silencing protein 10 / rRNA-processing protein FCF2 / Ribosome biogenesis protein BMS1 / Bud site selection protein 21 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 / Protein BFR2 / Nucleolar complex protein 4 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 5 / 40S ribosomal protein S27-A / Regulator of rDNA transcription protein 14 / Ribosomal RNA-processing protein 9 / Ribosome biogenesis protein UTP30 / Essential nuclear protein 1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 9 / 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 7 / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein LCP5 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / Protein FAF1 / NET1-associated nuclear protein 1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10 / Ribosome biogenesis protein ENP2 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 22 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / RNA cytidine acetyltransferase / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / Protein SOF1
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Cheng, J. / Lau, B. / Venuta, G.L. / Berninghausen, O. / Hurt, E. / Beckmann, R.
引用ジャーナル: Science / : 2020
タイトル: 90 pre-ribosome transformation into the primordial 40 subunit.
著者: Jingdong Cheng / Benjamin Lau / Giuseppe La Venuta / Michael Ameismeier / Otto Berninghausen / Ed Hurt / Roland Beckmann /
要旨: Production of small ribosomal subunits initially requires the formation of a 90 precursor followed by an enigmatic process of restructuring into the primordial pre-40 subunit. We elucidate this ...Production of small ribosomal subunits initially requires the formation of a 90 precursor followed by an enigmatic process of restructuring into the primordial pre-40 subunit. We elucidate this process by biochemical and cryo-electron microscopy analysis of intermediates along this pathway in yeast. First, the remodeling RNA helicase Dhr1 engages the 90 pre-ribosome, followed by Utp24 endonuclease-driven RNA cleavage at site A, thereby separating the 5'-external transcribed spacer (ETS) from 18 ribosomal RNA. Next, the 5'-ETS and 90 assembly factors become dislodged, but this occurs sequentially, not en bloc. Eventually, the primordial pre-40 emerges, still retaining some 90 factors including Dhr1, now ready to unwind the final small nucleolar U3-18 RNA hybrid. Our data shed light on the elusive 90 to pre-40 transition and clarify the principles of assembly and remodeling of large ribonucleoproteins.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2020年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

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  • マップデータ: EMDB-11358
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MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
UA: Periodic tryptophan protein 2
UB: Nucleolar complex protein 14
UC: Something about silencing protein 10
UD: U3 small nucleolar RNA-associated protein 4
UE: U3 small nucleolar RNA-associated protein 5
UF: U3 small nucleolar RNA-associated protein 6
UG: U3 small nucleolar RNA-associated protein 7
UH: U3 small nucleolar RNA-associated protein 8
UI: U3 small nucleolar RNA-associated protein 9
UJ: U3 small nucleolar RNA-associated protein 10
UK: U3 small nucleolar RNA-associated protein 11
UL: U3 small nucleolar RNA-associated protein 12
UM: U3 small nucleolar RNA-associated protein 13
UN: U3 small nucleolar RNA-associated protein 14,U3 small nucleolar RNA-associated protein 14
UO: U3 small nucleolar RNA-associated protein 15
UP: Bud site selection protein 21
UQ: NET1-associated nuclear protein 1
UR: U3 small nucleolar RNA-associated protein 18
US: Nucleolar complex protein 4
UT: U3 small nucleolar RNA-associated protein 20
UU: U3 small nucleolar RNA-associated protein 21
UV: U3 small nucleolar RNA-associated protein 22
UX: rRNA-processing protein FCF1
UZ: Ribosome biogenesis protein UTP30
CA: rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
CB: rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
CD: Nucleolar protein 56
CE: Nucleolar protein 58
CF: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
CG: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
CH: Ribosomal RNA-processing protein 9
CI: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3
CJ: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4
CK: U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10
CL: Ribosome biogenesis protein BMS1
CM: RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
CN: Ribosomal RNA-processing protein 7
JA: RNA cytidine acetyltransferase
JB: RNA cytidine acetyltransferase
JC: Ribosome biogenesis protein ENP2
JE: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein LCP5
JF: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
JG: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
JH: Essential nuclear protein 1
JJ: Pre-rRNA-processing protein PNO1
JK: Protein BFR2
JM: rRNA-processing protein FCF2
JN: Protein FAF1
JO: KRR1 small subunit processome component
JP: Protein SOF1
JQ: Regulator of rDNA transcription protein 14
DA: 40S ribosomal protein S1-A
DE: 40S ribosomal protein S4-A
DF: Rps5p
DG: 40S ribosomal protein S6-A
DH: 40S ribosomal protein S7-A
DI: 40S ribosomal protein S8-A
DJ: 40S ribosomal protein S9-A
DL: 40S ribosomal protein S11-A
DN: 40S ribosomal protein S13
DO: 40S ribosomal protein S14-A
DQ: 40S ribosomal protein S16-A
DS: 40S ribosomal protein S18-A,40S ribosomal protein S18-A,Rps18
DW: 40S ribosomal protein S22-A
DX: 40S ribosomal protein S23-A
DY: 40S ribosomal protein S24-A
Db: 40S ribosomal protein S27-A
Dc: 40S ribosomal protein S28-A
D2: 5ETS RNA
D3: 18S rRNA
D4: U3 snoRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,576,42874
ポリマ-4,575,77471
非ポリマー6543
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 17種, 21分子 UAUCUPUQCACBCFCGCMJAJBJFJGJHJJJKJNJOJPJQDF

#1: タンパク質 Periodic tryptophan protein 2 / U three protein 1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 1 / U3 snoRNA-associated protein 1


分子量: 104097.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25635
#3: タンパク質 Something about silencing protein 10 / U three protein 3 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 3 / U3 snoRNA-associated protein 11


分子量: 70364.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12136
#16: タンパク質 Bud site selection protein 21 / U three protein 16 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 16 / U3 snoRNA-associated protein 16


分子量: 24431.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08492
#17: タンパク質 NET1-associated nuclear protein 1 / U three protein 17 / t-17 / U3 protein 17 required for transcription / U3 small nucleolar RNA- ...U three protein 17 / t-17 / U3 protein 17 required for transcription / U3 small nucleolar RNA-associated protein 17 / U3 snoRNA-associated protein 17


分子量: 101341.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02931
#25: タンパク質 rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / Histone-glutamine methyltransferase / U3 small nucleolar RNA-associated protein NOP1 / U3 snoRNA- ...Histone-glutamine methyltransferase / U3 small nucleolar RNA-associated protein NOP1 / U3 snoRNA-associated protein NOP1


分子量: 34525.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: P15646, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#28: タンパク質 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein 1


分子量: 13582.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39990
#34: タンパク質 RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein


分子量: 40220.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08096
#36: タンパク質 RNA cytidine acetyltransferase / 18S rRNA cytosine acetyltransferase / Killer toxin-resistance protein 33 / Ribosomal RNA cytidine ...18S rRNA cytosine acetyltransferase / Killer toxin-resistance protein 33 / Ribosomal RNA cytidine acetyltransferase 1


分子量: 119509.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: P53914, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#39: タンパク質 Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / リボソームRNA / 18S rRNA (pseudouridine(1189)-N1)-methyltransferase / 18S rRNA Psi1189 methyltransferase / ...18S rRNA (pseudouridine(1189)-N1)-methyltransferase / 18S rRNA Psi1189 methyltransferase / Essential for mitotic growth protein 1 / Nucleolar essential protein 1


分子量: 27936.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: Q06287, rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1
#40: タンパク質 Essential nuclear protein 1


分子量: 55207.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38333
#41: タンパク質 Pre-rRNA-processing protein PNO1 / Partner of NOB1 / Ribosomal RNA-processing protein 20


分子量: 30380.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q99216
#42: タンパク質 Protein BFR2 / Brefeldin A resistance protein 2


分子量: 61285.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06631
#44: タンパク質 Protein FAF1 / Forty S assembly factor


分子量: 38961.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40546
#45: タンパク質 KRR1 small subunit processome component / / KRR-R motif-containing protein 1 / Ribosomal RNA assembly protein KRR1


分子量: 37226.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25586
#46: タンパク質 Protein SOF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein SOF1 / U3 snoRNA-associated protein SOF1


分子量: 56888.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33750
#47: タンパク質 Regulator of rDNA transcription protein 14


分子量: 23898.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40470
#50: タンパク質 Rps5p


分子量: 25072.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26783

+
Nucleolar complex protein ... , 2種, 2分子 UBUS

#2: タンパク質 Nucleolar complex protein 14 / U three protein 2 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 2 / U3 snoRNA-associated protein 2


分子量: 94463.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q99207
#19: タンパク質 Nucleolar complex protein 4 / U three protein 19 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 19 / U3 snoRNA-associated protein 19


分子量: 63707.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06512

+
U3 small nucleolar RNA-associated protein ... , 17種, 17分子 UDUEUFUGUHUIUJUKULUMUNUOURUTUUUVCK

#4: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 / U3 snoRNA-associated protein 4 / U three protein 4 / U3 protein 4 required for transcription / t-UTP4


分子量: 87909.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06679
#5: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 5 / U3 snoRNA-associated protein 5 / U three protein 5 / U3 protein 5 required for transcription / t-UTP5


分子量: 72079.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04177
#6: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / U3 snoRNA-associated protein 6 / U three protein 6


分子量: 52495.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02354
#7: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 7 / U3 snoRNA-associated protein 7 / U three protein 7


分子量: 62418.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40055
#8: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / U3 snoRNA-associated protein 8 / U three protein 8 / U3 protein 8 required for transcription / t-UTP8


分子量: 80269.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53276
#9: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 9 / U3 snoRNA-associated protein 9 / U three protein 9 / U3 protein 9 required for transcription / t-UTP9


分子量: 65347.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38882
#10: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / U3 snoRNA-associated protein 10 / U three protein 10 / U3 protein 10 required for transcription / t-UTP10


分子量: 200298.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P42945
#11: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / U3 snoRNA-associated protein 11 / U three protein 11


分子量: 29806.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P34247
#12: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 12 / U3 snoRNA-associated protein 12 / DOM34-interacting protein 2 / U three protein 12


分子量: 106481.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12220
#13: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 / U3 snoRNA-associated protein 13 / U three protein 13


分子量: 91132.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05946
#14: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 14,U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 / U3 snoRNA-associated protein 14 / U three protein 14


分子量: 17147.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04500
#15: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 / U3 snoRNA-associated protein 15 / U three protein 15 / U3 protein 15 required for transcription / t-UTP15


分子量: 57765.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04305
#18: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / U3 snoRNA-associated protein 18 / U three protein 18


分子量: 66494.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40362
#20: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 20 / U3 snoRNA-associated protein 20 / U three protein 20


分子量: 287915.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P35194
#21: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / U3 snoRNA-associated protein 21 / U three protein 21


分子量: 104927.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06078
#22: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 22 / U3 snoRNA-associated protein 22 / U three protein 22


分子量: 140660.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53254
#32: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10 / U3 snoRNA-associated protein MPP10 / M phase phosphoprotein 10


分子量: 67042.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P47083

+
RRNA-processing protein ... , 2種, 2分子 UXJM

#23: タンパク質 rRNA-processing protein FCF1 / FAF1-copurifying factor 1


分子量: 21650.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05498
#43: タンパク質 rRNA-processing protein FCF2 / FAF1 copurifying factor 2


分子量: 25689.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12035

+
Ribosome biogenesis protein ... , 3種, 3分子 UZCLJC

#24: タンパク質 Ribosome biogenesis protein UTP30 / リボソーム生合成 / U3 snoRNP-associated protein UTP30


分子量: 31668.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36144
#33: タンパク質 Ribosome biogenesis protein BMS1 / リボソーム生合成


分子量: 135792.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08965
#37: タンパク質 Ribosome biogenesis protein ENP2 / リボソーム生合成 / Essential nuclear protein 2


分子量: 81864.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P48234

+
Nucleolar protein ... , 2種, 2分子 CDCE

#26: タンパク質 Nucleolar protein 56 / 核小体 / Ribosome biosynthesis protein SIK1 / Suppressor of I kappa b protein 1


分子量: 56961.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12460
#27: タンパク質 Nucleolar protein 58 / 核小体 / Nucleolar protein 5


分子量: 57060.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12499

+
Ribosomal RNA-processing protein ... , 2種, 2分子 CHCN

#29: タンパク質 Ribosomal RNA-processing protein 9


分子量: 65146.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06506
#35: タンパク質 Ribosomal RNA-processing protein 7


分子量: 34526.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25368

+
U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein ... , 3種, 3分子 CICJJE

#30: タンパク質 U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / U3 snoRNP protein IMP3 / Interacting with MPP10 protein 3


分子量: 21928.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32899
#31: タンパク質 U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / U3 snoRNP protein IMP4 / Interacting with MPP10 protein 4


分子量: 33536.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53941
#38: タンパク質 U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein LCP5


分子量: 40864.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40079

+
40S ribosomal protein ... , 16種, 16分子 DADEDGDHDIDJDLDNDODQDSDWDXDYDbDc

#48: タンパク質 40S ribosomal protein S1-A / リボソーム / RP10A / Small ribosomal subunit protein eS1-A


分子量: 28798.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33442
#49: タンパク質 40S ribosomal protein S4-A / リボソーム / RP5 / S7 / Small ribosomal subunit protein eS4-A / YS6


分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX35
#51: タンパク質 40S ribosomal protein S6-A / リボソーム / RP9 / S10 / Small ribosomal subunit protein eS6-A / YS4


分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX37
#52: タンパク質 40S ribosomal protein S7-A / リボソーム / RP30 / RP40 / Small ribosomal subunit protein eS7-A


分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26786
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S8-A / リボソーム / RP19 / S14 / Small ribosomal subunit protein eS8-A / YS9


分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX39
#54: タンパク質 40S ribosomal protein S9-A / リボソーム / RP21 / S13 / Small ribosomal subunit protein uS4-A / YP28 / YS11


分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: O13516
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S11-A / リボソーム / RP41 / S18 / Small ribosomal subunit protein uS17-A / YS12


分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX47
#56: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / / S27a / Small ribosomal subunit protein uS15 / YS15


分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05756
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S14-A / リボソーム / RP59A / Small ribosomal subunit protein uS11-A


分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P06367
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S16-A / リボソーム / RP61R / Small ribosomal subunit protein uS9-A


分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX51
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S18-A,40S ribosomal protein S18-A,Rps18 / リボソーム / Small ribosomal subunit protein uS13-A


分子量: 16303.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX55
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S22-A / リボソーム / RP50 / S24 / Small ribosomal subunit protein uS8-A / YP58 / YS22


分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C0W1
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S23-A / リボソーム / RP37 / S28 / Small ribosomal subunit protein uS12-A / YS14


分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX29
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S24-A / リボソーム / RP50 / Small ribosomal subunit protein eS24-A


分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX31
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S27-A / リボソーム / RP61 / Small ribosomal subunit protein eS27-A / YS20


分子量: 8893.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P35997
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S28-A / リボソーム / S33 / Small ribosomal subunit protein eS28-A / YS27


分子量: 7605.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q3E7X9

+
RNA鎖 , 3種, 3分子 D2D3D4

#65: RNA鎖 5ETS RNA


分子量: 225543.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
#66: RNA鎖 18S rRNA / 18S ribosomal RNA


分子量: 582381.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
#67: RNA鎖 U3 snoRNA


分子量: 56132.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

+
非ポリマー , 2種, 3分子

#68: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION / 亜鉛


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#69: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 90S pre-ribosome state B2 / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#67 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 44 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32213 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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