PDB-6zgn: Crystal structure of VirB8-like OrfG central domain of Streptococ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zgn

タイトル

Crystal structure of VirB8-like OrfG central domain of Streptococcus thermophilus ICESt3; a putative assembly factor of a gram positive conjugative Type IV secretion system.

要素

Putative transfer protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / NTF2-like / VIRB8-like /

type IV secretion system /

gram positive (グラム陽性菌)

機能・相同性

Conjugative transposon protein TcpC / TcpC, C-terminal / Conjugative transposon protein TcpC /

生体膜 / Putative transfer protein

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス亜種サーモフィラス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Cappele, J. / Mohamad-Ali, A. / Leblond-Bourget, N. / Payot-Lacroix, S. / Mathiot, S. / Didierjean, C. / Favier, F. / Douzi, B.

引用

ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2021
タイトル: Structural and Biochemical Analysis of OrfG: The VirB8-like Component of the Conjugative Type IV Secretion System of ICE St3 From Streptococcus thermophilus .
著者: Cappele, J. / Mohamad Ali, A. / Leblond-Bourget, N. / Mathiot, S. / Dhalleine, T. / Payot, S. / Savko, M. / Didierjean, C. / Favier, F. / Douzi, B.

履歴

登録	2020年6月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zgn.cif.gz	56 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zgn.ent.gz	39.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zgn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/6zgn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/6zgn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2wqj-5 5dkd-2 6mwy-3 1fsl-2 5dkd-1 1hqz-9 2knd-d 2jjz-2 5wrd-1 6zs4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative transfer protein

16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, ~97% Monomeric form; ~3% Hexameric form

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.162, 50.162, 120.883
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-302- HOH
2	1	A-376- HOH
3	1	A-381- HOH

#1: タンパク質	Putative transfer protein 分子量: 16337.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス亜種サーモフィラス) プラスミド: PlysS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q70CA4
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.62 % / 解説: Bipyramid
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Ammonium sulfate; 2M Tris pH 8.5; 100 mM / PH範囲: 8 - 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→46.331 Å / Num. obs: 16372 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.1 % / B_iso Wilson estimate: 29.93 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.027 / R_pim(I) all: 0.006 / R_rim(I) all: 0.028 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 67.5
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 23.8 % / R_merge(I) obs: 0.499 / Num. unique obs: 869 / CC_1/2: 0.975 / R_pim(I) all: 0.105 / R_rim(I) all: 0.511 / Χ²: 1.08 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1-3660	精密化
XDS	20190315	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→46.331 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.091 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2081	835	5.12 %	Random
R_work	0.1996	15474	-	-
all	0.2	-	-	-
obs	-	16309	99.951 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.347 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.701 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.701 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.402 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→46.331 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	842	0	0	81	923

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	870
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.021	0.017	824
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.635	1.657	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.784	1.596	1875
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.107	5	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.206	25	46
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.399	15	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	40.476	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	980
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	204
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	712
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.204	0.2	420
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.1	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.176	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.387	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.175	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.555	3.001	403
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.596	2.996	402
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.522	4.446	499
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.545	4.455	500
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.281	3.386	467
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.303	3.387	467
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.368	4.884	680
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.368	4.885	680
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.635	34.049	981
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.636	33.543	964

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.75-1.795	0.427	59	0.294	1116	0.3	1175	0.846	0.878	100	0.254
1.795-1.845	0.262	61	0.241	1086	0.242	1147	0.937	0.924	100	0.211
1.845-1.898	0.169	38	0.22	1073	0.218	1111	0.947	0.939	100	0.189
1.898-1.956	0.232	70	0.195	1001	0.198	1071	0.942	0.946	100	0.169
1.956-2.02	0.236	61	0.187	1000	0.19	1061	0.95	0.954	100	0.161
2.02-2.091	0.173	49	0.182	996	0.181	1045	0.961	0.96	100	0.163
2.091-2.17	0.195	43	0.173	919	0.174	962	0.956	0.959	100	0.16
2.17-2.258	0.217	55	0.188	903	0.189	958	0.947	0.954	100	0.177
2.258-2.358	0.224	44	0.194	877	0.196	921	0.943	0.952	100	0.183
2.358-2.473	0.186	48	0.177	822	0.177	870	0.956	0.957	100	0.169
2.473-2.606	0.237	46	0.196	800	0.198	846	0.946	0.95	100	0.19
2.606-2.764	0.201	37	0.208	758	0.207	795	0.958	0.954	100	0.206
2.764-2.954	0.154	34	0.211	738	0.208	772	0.968	0.953	100	0.211
2.954-3.19	0.25	43	0.197	651	0.2	694	0.936	0.949	100	0.2
3.19-3.493	0.178	19	0.195	637	0.195	656	0.954	0.956	100	0.208
3.493-3.902	0.175	40	0.183	568	0.183	608	0.966	0.964	100	0.2
3.902-4.5	0.184	24	0.161	517	0.161	542	0.947	0.972	99.8155	0.185
4.5-5.499	0.167	26	0.185	437	0.184	464	0.971	0.97	99.7845	0.217
5.499-7.722	0.254	26	0.285	351	0.283	377	0.956	0.947	100	0.323
7.722-46.331	0.288	12	0.28	224	0.28	241	0.944	0.942	97.9253	0.368

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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