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- PDB-2wqj: Crystal structure of a truncated variant of the human p73 tetrame... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wqj
タイトルCrystal structure of a truncated variant of the human p73 tetramerization domain
要素TUMOR PROTEIN P73
キーワードTRANSCRIPTION / P73 / P63 / P53 / TUMOR SUPPRESSION / TRANSCRIPTION FACTOR / TETRAMER / HEXAMER / OLIGOMERIZATION DOMAIN / DNA-BINDING / COOPERATIVITY / CELL-CYCLE CONTROL / TRANSCRIPTION REGULATION / APOPTOSIS / CELL CYCLE / DEVELOPMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lung ciliated cell differentiation / cerebrospinal fluid secretion / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / digestive tract morphogenesis / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release ...positive regulation of lung ciliated cell differentiation / cerebrospinal fluid secretion / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / digestive tract morphogenesis / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of cell size / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / negative regulation of neuron differentiation / neuron development / mismatch repair / MDM2/MDM4 family protein binding / regulation of mitotic cell cycle / release of cytochrome c from mitochondria / hippocampus development / transcription corepressor binding / post-embryonic development / protein tetramerization / kidney development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / p53 binding / cell junction / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of neuron apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / positive regulation of MAPK cascade / ciliary basal body / inflammatory response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tumour protein p73, SAM domain / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) ...Tumour protein p73, SAM domain / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) / p53-like transcription factor, DNA-binding / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Joerger, A.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structural Evolution of P53, P63, and P73: Implication for Heterotetramer Formation.
著者: Joerger, A.C. / Rajagopalan, S. / Natan, E. / Veprintsev, D.B. / Robinson, C.V. / Fersht, A.R.
履歴
登録2009年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TUMOR PROTEIN P73
B: TUMOR PROTEIN P73
C: TUMOR PROTEIN P73
D: TUMOR PROTEIN P73
E: TUMOR PROTEIN P73
F: TUMOR PROTEIN P73
G: TUMOR PROTEIN P73
H: TUMOR PROTEIN P73
I: TUMOR PROTEIN P73
J: TUMOR PROTEIN P73
K: TUMOR PROTEIN P73
L: TUMOR PROTEIN P73
M: TUMOR PROTEIN P73
N: TUMOR PROTEIN P73
O: TUMOR PROTEIN P73
P: TUMOR PROTEIN P73
Q: TUMOR PROTEIN P73
R: TUMOR PROTEIN P73
S: TUMOR PROTEIN P73
T: TUMOR PROTEIN P73
U: TUMOR PROTEIN P73
V: TUMOR PROTEIN P73
W: TUMOR PROTEIN P73
X: TUMOR PROTEIN P73
Y: TUMOR PROTEIN P73
Z: TUMOR PROTEIN P73
1: TUMOR PROTEIN P73
2: TUMOR PROTEIN P73


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,00528
ポリマ－117,00528
非ポリマー00
水8,125451
1
G: TUMOR PROTEIN P73
H: TUMOR PROTEIN P73
I: TUMOR PROTEIN P73
J: TUMOR PROTEIN P73
K: TUMOR PROTEIN P73
L: TUMOR PROTEIN P73


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0726
ポリマ－25,0726
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9920 Å2
ΔGint-79.67 kcal/mol
Surface area9220 Å2
手法PISA
2
A: TUMOR PROTEIN P73
B: TUMOR PROTEIN P73
C: TUMOR PROTEIN P73
D: TUMOR PROTEIN P73
E: TUMOR PROTEIN P73
F: TUMOR PROTEIN P73


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0726
ポリマ－25,0726
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9670 Å2
ΔGint-73.53 kcal/mol
Surface area10120 Å2
手法PISA
3
S: TUMOR PROTEIN P73
T: TUMOR PROTEIN P73
U: TUMOR PROTEIN P73
V: TUMOR PROTEIN P73
W: TUMOR PROTEIN P73
X: TUMOR PROTEIN P73


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0726
ポリマ－25,0726
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9660 Å2
ΔGint-80.48 kcal/mol
Surface area9330 Å2
手法PISA
4
M: TUMOR PROTEIN P73
N: TUMOR PROTEIN P73
O: TUMOR PROTEIN P73
P: TUMOR PROTEIN P73
Q: TUMOR PROTEIN P73
R: TUMOR PROTEIN P73


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0726
ポリマ－25,0726
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9940 Å2
ΔGint-73.62 kcal/mol
Surface area9750 Å2
手法PISA
5
Y: TUMOR PROTEIN P73
Z: TUMOR PROTEIN P73
1: TUMOR PROTEIN P73
2: TUMOR PROTEIN P73


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7154
ポリマ－16,7154
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5860 Å2
ΔGint-49.2 kcal/mol
Surface area6990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.850, 98.930, 120.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ...
TUMOR PROTEIN P73 / P53-LIKE TRANSCRIPTION FACTOR / P53-RELATED PROTEIN / P73


分子量: 4178.738 Da / 分子数: 28 / 断片: TRUNCATED TETRAMERIZATION DOMAIN, RESIDUES 351-383 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O15350
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細TWO ADDITIONAL N-TERMINAL RESIDUES (GS CLONING TAG)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: SITTING DROP VAPOR DIFFUSION AT 17 DEGREE C. PROTEIN SOLUTION: 10 MG/ML IN 20 MM TRIS (PH 8.5), 50 MM NACL. CRYSTALLIZATION BUFFER: 0.1 M TRIS (PH 8.5), 0.9 M AMMONIUM PHOSPHATE.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→76.4 Å / Num. obs: 90937 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 34.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→24.96 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.08 / 位相誤差: 25.49 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THIS ENTRY REPORTS THE STRUCTURE OF A TRUNCATED FORM OF THE P73 TETRAMERIZATION DOMAIN (RESIDUES 351-383)THAT LACKS A C-TERMINAL HELIX THAT IS ESSENTIAL FOR STABILIZING THE OVERALL ...詳細: THIS ENTRY REPORTS THE STRUCTURE OF A TRUNCATED FORM OF THE P73 TETRAMERIZATION DOMAIN (RESIDUES 351-383)THAT LACKS A C-TERMINAL HELIX THAT IS ESSENTIAL FOR STABILIZING THE OVERALL ARCHITECTURE OF THE P73 TETRAMER. SEE PDB ENTRY 2WQI WITH THE STRUCTURE OF P73 RESIDUES 351-399 FOR COMPARISON.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2484 8569 4.9 %
Rwork0.2103 --
obs0.2123 173614 96.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.14 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9256 Å20 Å2-1.0093 Å2
2--3.6417 Å20 Å2
3----6.5673 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→24.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6649 0 0 451 7100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066711
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8928939
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0762620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055997
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031120
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.02270.31432240.27115290X-RAY DIFFRACTION94
2.0227-2.04650.29162660.26415412X-RAY DIFFRACTION95
2.0465-2.07150.30322700.26775406X-RAY DIFFRACTION94
2.0715-2.09770.29792740.24115357X-RAY DIFFRACTION95
2.0977-2.12530.2342910.23345424X-RAY DIFFRACTION95
2.1253-2.15440.28512870.23325412X-RAY DIFFRACTION95
2.1544-2.18510.26593280.22875312X-RAY DIFFRACTION95
2.1851-2.21770.31043100.24045469X-RAY DIFFRACTION95
2.2177-2.25230.25222480.23315448X-RAY DIFFRACTION95
2.2523-2.28920.33192570.23715504X-RAY DIFFRACTION96
2.2892-2.32870.25992400.23845442X-RAY DIFFRACTION96
2.3287-2.3710.3083360.23365405X-RAY DIFFRACTION96
2.371-2.41660.25842760.22695525X-RAY DIFFRACTION96
2.4166-2.46590.28352780.2235431X-RAY DIFFRACTION96
2.4659-2.51940.2642880.22635539X-RAY DIFFRACTION96
2.5194-2.5780.28182960.22255455X-RAY DIFFRACTION97
2.578-2.64240.23952730.21255512X-RAY DIFFRACTION97
2.6424-2.71370.27992770.2155513X-RAY DIFFRACTION97
2.7137-2.79350.25642620.21315595X-RAY DIFFRACTION97
2.7935-2.88350.25812830.21165519X-RAY DIFFRACTION97
2.8835-2.98640.25222870.21985530X-RAY DIFFRACTION97
2.9864-3.10580.26612900.22315608X-RAY DIFFRACTION98
3.1058-3.24680.223040.21055541X-RAY DIFFRACTION98
3.2468-3.41760.23673320.19275599X-RAY DIFFRACTION99
3.4176-3.63110.19983100.17035603X-RAY DIFFRACTION99
3.6311-3.91050.21513200.17445577X-RAY DIFFRACTION99
3.9105-4.30230.21013040.17675606X-RAY DIFFRACTION99
4.3023-4.92070.19832970.17075666X-RAY DIFFRACTION99
4.9207-6.18390.2632750.21915671X-RAY DIFFRACTION99
6.1839-24.96240.26262860.22765674X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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