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- PDB-2z37: Crystal structure of Brassica juncea chitinase catalytic module (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2z37
タイトルCrystal structure of Brassica juncea chitinase catalytic module (Bjchi3)
要素Chitinase
キーワードHYDROLASE / chitinase / endochitinase / family 19 / conformational changes
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / defense response to fungus / cell wall macromolecule catabolic process
類似検索 - 分子機能
Chitinases family 19 signature 2. / Endochitinase; domain 2 / Endochitinase, domain 2 / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / Chitin-binding, type 1, conserved site / Chitin recognition protein / Chitin recognition or binding domain signature. / Chitin-binding type-1 domain profile. / Chitin binding domain ...Chitinases family 19 signature 2. / Endochitinase; domain 2 / Endochitinase, domain 2 / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / Chitin-binding, type 1, conserved site / Chitin recognition protein / Chitin recognition or binding domain signature. / Chitin-binding type-1 domain profile. / Chitin binding domain / Chitin-binding, type 1 / Endochitinase-like superfamily / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Brassica juncea (カラシナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Ubhayasekera, W. / Berglund, G. / Bergfors, T. / Mowbray, S.L.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of a family 19 chitinase from Brassica juncea show flexibility of binding cleft loops
著者: Ubhayasekera, W. / Tang, C.M. / Ho, S.W.T. / Berglund, G. / Bergfors, T. / Chye, M.-L. / Mowbray, S.L.
履歴
登録2007年6月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitinase
B: Chitinase
C: Chitinase
D: Chitinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,2174
ポリマ－108,2174
非ポリマー00
水13,295738
1
A: Chitinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0541
ポリマ－27,0541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Chitinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0541
ポリマ－27,0541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Chitinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0541
ポリマ－27,0541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Chitinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0541
ポリマ－27,0541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.249, 61.821, 75.359
Angle α, β, γ (deg.)79.340, 89.520, 88.900
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細biological unit is the catalytic module with two chitin binding modules

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要素

#1: タンパク質
Chitinase


分子量: 27054.215 Da / 分子数: 4 / 断片: catalytic module, UNP residues 146-389 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brassica juncea (カラシナ) / 遺伝子: Bjchi1 / プラスミド: pPIC9K / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71 / 参照: UniProt: Q9SQF7, chitinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 738 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.1 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 10% mono methyl PEG 5000, 0.2M unbuffered sodium acetate, 0.1M sodium acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 2 % / Av σ(I) over netI: 20.7 / 数: 265499 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Χ2: 1.02 / D res high: 1.53 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 130887 / % possible obs: 95.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
1.531.5693.110.2480.9891.6
4.155099.210.1461.0353.3
3.34.1598.910.1641.113.6
2.883.398.310.1641.0213.2
2.622.8896.710.0760.9581.8
2.432.6296.810.0831.051.8
2.292.4396.410.0831.0631.8
2.172.2996.110.0921.0411.8
2.082.179610.0831.0211.8
22.0895.610.0941.021.8
1.93295.710.0951.1271.8
1.871.9394.910.1380.9771.8
1.811.8795.510.1070.9731.8
1.771.8195.310.1141.0131.8
1.721.779510.1250.9371.8
1.681.7294.810.1440.8971.8
1.651.6894.610.15711.8
1.621.6594.710.1630.9671.8
1.581.6294.410.1811.0171.8
1.561.589510.2160.9261.9
反射解像度: 1.53→50 Å / Num. obs: 130887 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 1.53→1.56 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Num. unique all: 6382 / Χ2: 0.989 / % possible all: 93.1

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å43.21 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Homology model of Brassica juncea chitinase built on PDB ENTRY 2BAA

2baa


解像度: 1.53→42.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.878 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 7824 6 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.188 130862 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.145 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å2-0.12 Å2-0.1 Å2
2---0.31 Å20.48 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→42.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7664 0 0 738 8402
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0227927
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1341.93110800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.84351000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.37924.173381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.334151188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9441537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21079
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026313
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.23773
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.25470
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.2583
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1470.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1960.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0721.54972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.67427841
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.57733438
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.634.52941
LS精密化 シェル解像度: 1.531→1.571 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 542 -
Rwork0.147 8595 -
obs-9137 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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