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- PDB-3iwr: Crystal structure of class I chitinase from Oryza sativa L. japonica -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iwr
タイトルCrystal structure of class I chitinase from Oryza sativa L. japonica
要素Chitinase
キーワードHYDROLASE / class I chitinase / Oryza sativa L. japonica / Chitin-binding / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase activity / endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / defense response to fungus / cell wall macromolecule catabolic process
類似検索 - 分子機能
Chitinases family 19 signature 1. / Endochitinase; domain 2 / Endochitinase, domain 2 / Chitinases family 19 signature 2. / Glycoside hydrolase, family 19 / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / Chitin-binding, type 1, conserved site / Chitin recognition protein / Chitin recognition or binding domain signature. ...Chitinases family 19 signature 1. / Endochitinase; domain 2 / Endochitinase, domain 2 / Chitinases family 19 signature 2. / Glycoside hydrolase, family 19 / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / Chitin-binding, type 1, conserved site / Chitin recognition protein / Chitin recognition or binding domain signature. / Chitin-binding type-1 domain profile. / Chitin binding domain / Chitin-binding, type 1 / Endochitinase-like superfamily / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Kezuka, Y. / Watanabe, T. / Nonaka, T.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Structure of full-length class I chitinase from rice revealed by X-ray crystallography and small-angle X-ray scattering.
著者: Kezuka, Y. / Kojima, M. / Mizuno, R. / Suzuki, K. / Watanabe, T. / Nonaka, T.
#1: ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2008
タイトル: Role of the loop structure of the catalytic domain in rice class I chitinase
著者: Mizuno, R. / Fukamizo, T. / Sugiyama, S. / Nishizawa, Y. / Kezuka, Y. / Nonaka, T. / Suzuki, K. / Watanabe, T.
#2: ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2008
タイトル: Purification and characterization of a rice class I chitinase, OsChia1b, produced in Escherichia coli
著者: Mizuno, R. / Itoh, Y. / Nishizawa, Y. / Kezuka, Y. / Suzuki, K. / Nonaka, T. / Watanabe, T.
#3: ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 2004
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of plant class I chitinase from rice
著者: Kezuka, Y. / Kitazaki, K. / Itoh, Y. / Watanabe, J. / Takaha, O. / Watanabe, T. / Nishizawa, Y. / Nonaka, T.
履歴
登録2009年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitinase
B: Chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1076
ポリマ－65,4802
非ポリマー6274
水2,180121
1
A: Chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0543
ポリマ－32,7401
非ポリマー3132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0543
ポリマ－32,7401
非ポリマー3132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.082, 117.082, 77.971
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Chitinase / Endochitinase


分子量: 32740.217 Da / 分子数: 2 / 断片: Chitinase 2, residues 33-340 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 遺伝子: Cht-2, OsJ_18467 / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: Q7DNA1, chitinase
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 11%(w/v) PEG 20000, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→101.53 Å / Num. all: 17963 / Num. obs: 17963 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 39.187 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.57→2.64 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1143 / Rsym value: 0.221 / % possible all: 79.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DKV

2dkv


解像度: 2.57→101.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 8.271 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.615 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23609 967 5.1 %RANDOM
Rwork0.17858 ---
obs0.18161 17963 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.868 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å2-0.18 Å20 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3---0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→101.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3729 0 40 121 3890
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223941
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022726
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3981.9265389
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.942.9856527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9935498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26422.827191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.28715505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3731532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.290.2525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02896
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.2953
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.20.22811
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1970.21984
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21836
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2155
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1330.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1360.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2310.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8921.53089
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1281.51008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11123894
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.53631817
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2174.51490
LS精密化 シェル解像度: 2.57→2.637 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 58 -
Rwork0.228 1084 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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