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- PDB-2dkv: Crystal structure of class I chitinase from Oryza sativa L. japonica -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dkv
タイトルCrystal structure of class I chitinase from Oryza sativa L. japonica
要素chitinase
キーワードHYDROLASE / class I chitinase / whole structure / Oryza sativa L. japonica
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase activity / endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / defense response to fungus / cell wall macromolecule catabolic process
類似検索 - 分子機能
Chitinases family 19 signature 1. / Chitinases family 19 signature 2. / Endochitinase; domain 2 / Endochitinase, domain 2 / Endochitinase-like / Glycoside hydrolase, family 19 / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / Chitin-binding, type 1, conserved site / Chitin recognition protein ...Chitinases family 19 signature 1. / Chitinases family 19 signature 2. / Endochitinase; domain 2 / Endochitinase, domain 2 / Endochitinase-like / Glycoside hydrolase, family 19 / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / Chitin-binding, type 1, conserved site / Chitin recognition protein / Chitin recognition or binding domain signature. / Chitin-binding type-1 domain profile. / Chitin binding domain / Chitin-binding, type 1 / Endochitinase-like superfamily / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kezuka, Y. / Nishizawa, Y. / Watanabe, T. / Nonaka, T.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Structure of full-length class I chitinase from rice revealed by X-ray crystallography and small-angle X-ray scattering.
著者: Kezuka, Y. / Kojima, M. / Mizuno, R. / Suzuki, K. / Watanabe, T. / Nonaka, T.
#1: ジャーナル: Mol.Gen.Genet. / 年: 1993
タイトル: Sequence variation, differential expression and chromosomal location of rice chitinase genes
著者: Nishizawa, Y. / Kishimoto, N. / Saito, A. / Hibi, T.
#2: ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 2004
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of plant class I chitinase from rice
著者: Kezuka, Y. / Kitazaki, K. / Itoh, Y. / Watanabe, J. / Takaha, O. / Watanabe, T. / Nishizawa, Y. / Nonaka, T.
履歴
登録2006年4月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3675
ポリマ－32,7401
非ポリマー6274
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.452, 66.452, 123.636
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The linker peptide is missing due to poor electron density in the unit cell; there are two possible different ways of connecting the catalytic and chitin-binding domains to complete the full-length structure as a biological unit. The deposited coordinates in the asymmetric unit stand for one candidate set of the two possible combinations. The other combination can be generated by moving the chitin-binding domain by the operation: y+1/2, -x+1/2, z+1/4.

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要素

#1: タンパク質 chitinase / Glycoside hydrolase


分子量: 32740.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 生物種: Oryza sativa / 株: Japonica / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: GenBank: 407472, UniProt: Q7DNA1*PLUS, chitinase
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8%(w/v) PEG 20000, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月4日
放射モノクロメーター: Triangular Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→33.22 Å / Num. all: 19363 / Num. obs: 19363 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 25.237 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.238 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1381 / Rsym value: 0.238 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→33.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 3.606 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22345 976 5 %RANDOM
Rwork0.17478 ---
all0.17717 19363 --
obs0.17717 18386 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.254 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å20 Å20 Å2
2--0.52 Å20 Å2
3----1.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→33.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2148 0 40 150 2338
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0212302
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021946
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5681.9433142
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92434530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0165284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.75823.036112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.41415301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6791519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02511
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.2565
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1940.22019
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.21174
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21200
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2153
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1570.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2110.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2221.51784
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2571.5592
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50822259
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.18831057
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.154.5883
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 71 -
Rwork0.173 1307 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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