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- PDB-2jjz: Crystal Structure of Human Iba2, orthorhombic crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jjz
タイトルCrystal Structure of Human Iba2, orthorhombic crystal form
要素(IONIZED CALCIUM-BINDING ADAPTER MOLECULE ...) x 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / EF-HAND / CALCIUM BINDING / ACTIN CROSSLINKING / IONIZED CALCIUM BINDING ADAPTER MOLECULE 2 / METAL-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ruffle assembly / actin filament bundle assembly / ruffle membrane / actin filament binding / actin cytoskeleton / focal adhesion / calcium ion binding / extracellular exosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Allograft inflammatory factor 1 / : / Allograft inflammatory factor 1 / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Allograft inflammatory factor 1-like
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Schulze, J.O. / Quedenau, C. / Roske, Y. / Turnbull, A. / Mueller, U. / Heinemann, U. / Buessow, K.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2008
タイトル: Structural and Functional Characterization of Human Iba Proteins.
著者: Schulze, J.O. / Quedenau, C. / Roske, Y. / Adam, T. / Schuler, H. / Behlke, J. / Turnbull, A.P. / Sievert, V. / Scheich, C. / Mueller, U. / Heinemann, U. / Bussow, K.
履歴
登録2008年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IONIZED CALCIUM-BINDING ADAPTER MOLECULE 2
B: IONIZED CALCIUM-BINDING ADAPTER MOLECULE 2
C: IONIZED CALCIUM-BINDING ADAPTER MOLECULE 2
D: IONIZED CALCIUM-BINDING ADAPTER MOLECULE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,84513
ポリマ－68,3714
非ポリマー4749
水3,999222
1
A: IONIZED CALCIUM-BINDING ADAPTER MOLECULE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2173
ポリマ－17,0931
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: IONIZED CALCIUM-BINDING ADAPTER MOLECULE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1943
ポリマ－17,0931
非ポリマー1012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: IONIZED CALCIUM-BINDING ADAPTER MOLECULE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2765
ポリマ－17,0931
非ポリマー1834
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: IONIZED CALCIUM-BINDING ADAPTER MOLECULE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1582
ポリマ－17,0931
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.540, 186.500, 51.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1130-

NA

21D-1123-

ZN

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22D
13C
23D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 57 - 105 / Label seq-ID: 57 - 105

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21DD
12BB
22DD
13CC
23DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
IONIZED CALCIUM-BINDING ADAPTER MOLECULE ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 IONIZED CALCIUM-BINDING ADAPTER MOLECULE 2 / IONIZED CALCIUM ADAPTER MOLECULE 2 / C9ORF58


分子量: 17092.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SCS1 / 参照: UniProt: Q9BQI0
#2: タンパク質 IONIZED CALCIUM-BINDING ADAPTER MOLECULE 2 / IONIZED CALCIUM ADAPTER MOLECULE 2 / C9ORF58


分子量: 17092.838 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SCS1 / 参照: UniProt: Q9BQI0

-
非ポリマー , 5種, 231分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.94 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI-111 DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 38251 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.15→2.25 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0040精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WY9

1wy9


解像度: 2.15→19.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 10.498 / SU ML: 0.149 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1913 5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.218 36336 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.54 Å20 Å20 Å2
2--1.71 Å20 Å2
3---2.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3401 0 15 222 3638
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223451
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5882.0014589
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6935415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.46124.667165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.77215750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.6611527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.21517
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.22357
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2209
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2330.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2160.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8261.52079
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50323330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.66631384
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1394.51258
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A108medium positional0.340.5
2B107medium positional0.340.5
3C108medium positional0.350.5
1A96loose positional0.575
2B92loose positional0.565
3C96loose positional0.645
1A108medium thermal0.882
2B107medium thermal1.712
3C108medium thermal1.022
1A96loose thermal1.0810
2B92loose thermal1.7710
3C96loose thermal1.2510
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.323 137
Rwork0.265 2601
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.75372.90262.90343.49983.26923.97270.0961-0.24670.05490.0689-0.26570.11520.0176-0.46220.16950.19670.0111-0.0071-0.1286-0.0669-0.166953.05663.74426.252
29.23924.12376.1314.7134.61856.00940.2794-0.2343-0.3390.2075-0.28750.11890.0842-0.36480.0080.1522-0.0062-0.0219-0.1255-0.0492-0.220453.05663.74426.252
33.32460.16252.3520.6490.10972.6834-0.0804-0.2050.080.1051-0.02440.003-0.192-0.22620.10470.13760.00790.0238-0.1379-0.0714-0.139229.64948.1223.342
44.0555-0.40511.35890.2668-0.31321.2246-0.0287-0.29060.29620.0575-0.0635-0.0096-0.1725-0.09790.09220.18180.00120.0273-0.1156-0.0516-0.089429.64948.1223.342
50.6644-0.0252-0.53852.9240.02973.39790.04030.0985-0.0582-0.2721-0.0924-0.15480.37080.2010.0520.17940.05090.0353-0.1077-0.0224-0.160840.13824.981-3.277
61.24620.68150.43214.84130.61887.3158-0.02230.1032-0.1491-0.0342-0.103-0.16450.460.31760.12530.14310.07420.0442-0.1215-0.0235-0.215640.13824.981-3.277
74.4325-4.04281.086316.5141-1.43753.7716-0.1238-0.37220.15231.7071-0.1823-1.90420.17110.23840.30620.4769-0.0236-0.1821-0.17880.08260.133243.1556.05323.784
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2A80 - 125
3X-RAY DIFFRACTION3B16 - 79
4X-RAY DIFFRACTION4B80 - 127
5X-RAY DIFFRACTION5C13 - 79
6X-RAY DIFFRACTION6C80 - 127
7X-RAY DIFFRACTION7D20 - 122

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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