+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xwu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of drosophila melanogaster CENP-C cumin domain | ||||||
要素 | RE68959p | ||||||
キーワード | CELL CYCLE / Centromere / Kinetochore / Cell division | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of centromere complex assembly / female meiosis chromosome segregation / protein localization to chromosome, centromeric region / kinetochore assembly / condensed chromosome, centromeric region / regulation of stem cell differentiation / protein localization to kinetochore / mitotic metaphase chromosome alignment / chromosome, centromeric region / chromosome segregation / kinetochore 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å | ||||||
データ登録者 | Jeyaprakash, A.A. / Medina-Pritchard, B. / Lazou, V. / Zou, J. / Byron, O. / Abad, M.A. / Rappsilber, J. / Heun, P. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2020 タイトル: Structural basis for centromere maintenance by Drosophila CENP-A chaperone CAL1. 著者: Medina-Pritchard, B. / Lazou, V. / Zou, J. / Byron, O. / Abad, M.A. / Rappsilber, J. / Heun, P. / Jeyaprakash, A.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xwu.cif.gz | 107.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6xwu.ent.gz | 57.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xwu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6xwu_validation.pdf.gz | 436.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6xwu_full_validation.pdf.gz | 437.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6xwu_validation.xml.gz | 7.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6xwu_validation.cif.gz | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/6xwu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/6xwu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 157987.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CG31258 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8WHM0, UniProt: Q9VHP9*PLUS |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50mM MES pH6.0, 45% PEG 400 |
---|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→28.6 Å / Num. obs: 14427 / % possible obs: 99.73 % / 冗長度: 18 % / Biso Wilson estimate: 32.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0548 / Net I/σ(I): 34.13 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.885 Å / Rmerge(I) obs: 0.055 / Num. unique obs: 1392 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2VPV 解像度: 1.82→28.6 Å / SU ML: 0.202 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.9289
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.88 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→28.6 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|