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Yorodumi- PDB-6xwv: Crystal structure of drosophila melanogaster CENP-C bound to CAL1 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xwv | ||||||
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Title | Crystal structure of drosophila melanogaster CENP-C bound to CAL1 | ||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE / Centromere / Kinetochore / Cell Division | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of centromere complex assembly / chromatin-protein adaptor activity / CENP-A containing chromatin assembly / female meiosis chromosome segregation / protein localization to chromosome, centromeric region / kinetochore assembly / condensed chromosome, centromeric region / regulation of stem cell differentiation / protein localization to kinetochore / mitotic metaphase chromosome alignment ...regulation of centromere complex assembly / chromatin-protein adaptor activity / CENP-A containing chromatin assembly / female meiosis chromosome segregation / protein localization to chromosome, centromeric region / kinetochore assembly / condensed chromosome, centromeric region / regulation of stem cell differentiation / protein localization to kinetochore / mitotic metaphase chromosome alignment / chromosome, centromeric region / chromosome segregation / kinetochore / nucleolus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Drosophila melanogaster (fruit fly) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.27 Å | ||||||
Authors | Jeyaprakash, A.A. / Medina-Pritchard, B. / Lazou, V. / Zou, J. / Byron, O. / Abad, M.A. / Rappsilber, J. / Heun, P. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Embo J. / Year: 2020 Title: Structural basis for centromere maintenance by Drosophila CENP-A chaperone CAL1. Authors: Medina-Pritchard, B. / Lazou, V. / Zou, J. / Byron, O. / Abad, M.A. / Rappsilber, J. / Heun, P. / Jeyaprakash, A.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6xwv.cif.gz | 375.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6xwv.ent.gz | 221.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6xwv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/6xwv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/6xwv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 157987.234 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: CG31258 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A8WHM0, UniProt: Q9VHP9*PLUS #2: Protein | | Mass: 109717.789 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) Gene: cal1, CAL1, Cal1, CLD2, Dmel\CG5148, CG5148, Dmel_CG5148 Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9VEN2 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2M Calcium acetate, 0.1M Na Cacodylate, pH 6.5, 18% PEG 8000 |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.97625 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 8, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.27→29.08 Å / Num. obs: 30957 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 45.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 21.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.27→2.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.66 / Num. unique obs: 2932 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: dmCENP-C cupin Resolution: 2.27→29.08 Å / SU ML: 0.2985 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 33.4926
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 71.09 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.27→29.08 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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