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- PDB-5zqv: Crystal Structure of Protein Phosphate 1 complexed with PP1 bindi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zqv
タイトルCrystal Structure of Protein Phosphate 1 complexed with PP1 binding domain of GM
要素
  • Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3A
  • Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
キーワードHYDROLASE / Glycogen metabolism / Protein Phosphate 1 holoenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


glycogen binding / regulation of glycogen catabolic process / regulation of glycogen biosynthetic process / PTW/PP1 phosphatase complex / DARPP-32 events / protein phosphatase type 1 complex / glycogen granule / protein phosphatase 1 binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand ...glycogen binding / regulation of glycogen catabolic process / regulation of glycogen biosynthetic process / PTW/PP1 phosphatase complex / DARPP-32 events / protein phosphatase type 1 complex / glycogen granule / protein phosphatase 1 binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / protein serine/threonine phosphatase activity / branching morphogenesis of an epithelial tube / histone H2AXS140 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / glycogen metabolic process / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / entrainment of circadian clock by photoperiod / phosphatase activity / telomere maintenance in response to DNA damage / phosphoprotein phosphatase activity / transition metal ion binding / positive regulation of glycogen biosynthetic process / ribonucleoprotein complex binding / protein dephosphorylation / adherens junction / lung development / circadian regulation of gene expression / response to lead ion / regulation of circadian rhythm / regulation of translation / presynapse / dendritic spine / perikaryon / chromosome, telomeric region / iron ion binding / cell division / nucleolus / glutamatergic synapse / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / CBM21 (carbohydrate binding type-21) domain / CBM21 domain superfamily / Carbohydrate/starch-binding module (family 21) / CBM21 (carbohydrate binding type-21) domain profile. / Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / : / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. ...: / CBM21 (carbohydrate binding type-21) domain / CBM21 domain superfamily / Carbohydrate/starch-binding module (family 21) / CBM21 (carbohydrate binding type-21) domain profile. / Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / : / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / : / Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit / Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Yu, J. / Xiang, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2011CB910500 中国
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for protein phosphatase 1 recruitment by glycogen-targeting subunits.
著者: Yu, J. / Deng, T. / Xiang, S.
履歴
登録2018年4月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
B: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
C: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
D: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
E: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3A
F: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3A
G: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3A
H: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,27815
ポリマ－197,4918
非ポリマー7877
水00
1
A: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
C: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
E: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3A
H: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,2338
ポリマ－98,7454
非ポリマー4884
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6880 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area26040 Å2
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
D: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
F: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3A
G: Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,0447
ポリマ－98,7454
非ポリマー2993
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6180 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area25800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.973, 111.973, 195.299
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

-
要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit / PP-1A


分子量: 38414.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ppp1ca, Ppp1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P62137, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質
Protein phosphatase 1 regulatory subunit 3A / Protein phosphatase 1 glycogen-associated regulatory subunit / Protein phosphatase type-1 glycogen ...Protein phosphatase 1 glycogen-associated regulatory subunit / Protein phosphatase type-1 glycogen targeting subunit / RG1


分子量: 10957.751 Da / 分子数: 4 / Mutation: C82S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP1R3A, PP1G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16821
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.31 % / 解説: rod shaped
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2M lithium citrate, 11% poly(ethylene glycol) 3350, 4.5% benzamidine hydrochloride hydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 50718 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 89.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.096 / Χ2: 1.62 / Net I/σ(I): 3.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Χ2% possible all
2.95-37.41.33625330.6081.255100
3-3.067.41.19325480.6741.274100
3.06-3.117.50.93625320.7891.303100
3.11-3.187.40.89625350.8361.28100
3.18-3.257.50.65325430.8991.293100
3.25-3.327.50.69525630.8921.31100
3.32-3.417.50.56925240.9171.335100
3.41-3.57.50.40825430.9621.5199.9
3.5-3.67.50.26225280.9821.402100
3.6-3.727.50.27625520.9811.539100
3.72-3.857.50.22625240.9861.46100
3.85-47.40.1925530.991.66999.9
4-4.197.40.14125660.9941.62799.8
4.19-4.417.40.12325190.9941.79199.8
4.41-4.687.30.10825650.9941.90799.5
4.68-5.047.30.09525160.9971.91499.7
5.04-5.557.30.0925470.9961.8499.9
5.55-6.357.40.08225680.9981.91899.9
6.35-87.50.0825480.9962.19899.6
8-506.90.07524110.9952.75292.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MP0

4mp0


解像度: 2.95→33.288 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 39.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2967 2177 5.08 %
Rwork0.2515 --
obs0.2537 42817 84.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 238.95 Å2 / Biso mean: 118.254 Å2 / Biso min: 55.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→33.288 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10136 0 43 0 10179
Biso mean--106.77 --
残基数----1258
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00210400
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56714038
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391500
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031835
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1513872
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.95-3.01410.4316830.39391520160352
3.0141-3.08420.4433730.39541645171855
3.0842-3.16130.3882960.39421732182858
3.1613-3.24670.4385970.40091942203965
3.2467-3.34210.43621270.39232307243477
3.3421-3.44990.41331410.38742617275888
3.4499-3.57310.40281520.35682860301296
3.5731-3.7160.38691600.34852892305298
3.716-3.88480.3541650.33192950311598
3.8848-4.08930.36831720.27862929310198
4.0893-4.3450.25181630.24452922308598
4.345-4.67960.24131600.21912942310298
4.6796-5.1490.25281550.20442915307098
5.149-5.89050.27791660.21662941310798
5.8905-7.40790.26981320.20922955308797
7.4079-33.29010.21511350.17352571270685
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.9693-0.1895-0.10350.6292-0.48550.38730.1878-0.82910.5720.37620.4961-1.1451-0.60431.0906-0.5540.9238-0.2148-0.06351.1285-0.0261.004421.315114.372718.9467
21.91290.4802-0.24081.993-1.33458.0618-0.13880.0070.31210.10760.06620.1031-0.202-0.13320.02580.5297-0.0337-0.04230.75470.0130.79478.372414.89850.6131
31.63511.7786-1.25931.9231-1.26868.8082-0.6532-0.28330.5979-0.36550.2077-0.6464-0.16620.72980.07230.7468-0.201-0.00561.10480.14290.846616.931217.1791-12.3323
41.94090.67550.31291.26270.98424.67630.1634-0.16540.3234-0.218-0.1435-0.3115-0.40731.68890.01020.9842-0.23650.07031.41240.20651.083523.59518.5449-5.9999
57.8389-0.4413-4.034.31063.18724.3434-0.3530.1159-0.5211-0.35710.1130.84050.979-1.62890.47221.4117-0.32920.05531.16450.10520.917533.480342.327-12.6285
62.2958-0.3559-0.90263.4505-1.41774.0792-0.317-0.3173-0.6299-0.53120.1179-0.1661.49110.4441-0.03841.1495-0.02680.05431.016-0.01280.80346.936436.5229-23.6086
72.34851.02460.82712.4275-0.39126.6667-0.1340.3861-0.4008-0.34640.1339-0.09351.2527-0.2708-0.03461.0465-0.13870.06080.69310.00490.807446.107841.6528-27.444
81.7411-0.47240.20060.97052.3516.1444-0.13210.9271-0.1734-0.56940.07650.1910.55360.22450.05531.6567-0.27080.08640.8556-0.09190.884647.647542.0787-46.7566
90.37990.49160.80591.90952.4163.02290.05750.1925-0.3281-0.8331-0.76570.36560.2171-1.97710.23321.5-0.6072-0.04851.4864-0.03750.874236.336939.3778-44.0506
104.2568-3.00960.57913.7557-0.93715.350.08340.0121-0.7868-0.3888-0.31011.45191.3014-1.53140.22691.5617-0.6827-0.10311.438-0.05091.211931.632837.9013-37.179
111.8106-0.860.68811.2919-0.96710.86930.39890.7578-1.91380.3084-0.6809-0.1280.94320.0901-0.47681.497-0.1151-0.03631.2091-0.00351.13972.5757-25.947-20.7921
124.8913-2.69874.0374.0764-1.35623.78061.01820.0134-0.2796-0.4744-0.68981.210.55861.0049-0.33421.1575-0.62370.13081.0833-0.0721.153-9.9551-14.7358-17.5307
132.16410.04461.30392.8908-0.36853.03210.3306-0.0925-0.45620.4092-0.33150.41331.3945-0.69740.08961.5774-0.33590.13271.06840.05950.8976-3.9157-19.6797-6.8735
142.8406-0.61633.00451.14220.45694.3478-0.2121-0.01210.59590.08450.19290.7552-0.4023-2.03090.3211.1796-0.34050.21271.80310.02721.1324-14.4563-8.55664.951
150.5926-0.8398-0.01951.33360.14580.1156-0.4187-0.85440.21191.46130.5544-0.60680.4034-0.55270.43041.3016-0.70680.1951.33510.22150.7799-4.1546-11.944413.349
162.262-1.5319-2.66341.11251.55883.4745-0.9947-0.6719-0.5011-0.13180.6730.40450.0978-0.60910.22981.6644-0.45470.18651.70840.12440.795-7.0984-12.887416.9558
170.59980.6454-1.83040.7174-2.29016.94470.00550.41450.09030.5359-0.20010.21312.0729-1.2701-0.17692.2866-0.53650.1321.34510.28311.0797-2.7326-24.449910.9819
185.42792.83453.07873.09112.64232.3760.3277-0.229-0.71870.45180.13710.00133.5595-0.1236-0.17752.7001-0.3178-0.01271.40360.4511.37110.8996-30.63384.2826
190.8833-0.2529-0.92750.78330.83382.85330.59080.65191.6716-0.1849-0.5360.4645-1.4329-0.623-0.38021.7449-0.2090.02940.6135-0.00541.085654.234481.6848-52.0391
204.452.7416-3.16635.2446-2.0172.36750.1983-0.92280.3641-0.6466-0.4425-1.20180.53050.3205-0.51341.0057-0.3-0.00961.1943-0.09150.982766.253970.1673-48.757
211.4979-0.135-0.67691.14060.43466.03040.2903-0.5980.54280.2953-0.2064-0.3612-1.42951.5606-0.04451.3038-0.46860.01461.2342-0.05770.977162.043372.7366-34.4569
222.3731-1.1463.75081.4157-0.438.5179-0.2703-0.83480.66780.5214-0.1637-0.2301-0.64350.6155-0.0161.7459-0.5437-0.03041.5067-0.08431.005862.860872.3441-17.0209
23-0.00090.06790.09031.71552.16842.7301-0.3372-0.73410.27050.11540.020.136-2.58190.8053-0.17072.267-0.6870.08591.4323-0.24641.105457.590181.7137-20.0279
243.25740.756-3.38831.0484-1.32823.79590.06810.3620.86150.61360.21180.2439-2.7375-0.5329-0.33732.4821-0.42430.09241.2403-0.18931.426955.927486.317-26.9565
251.3675-1.5811-1.1524.68743.92733.577-0.04660.71280.381-0.9118-0.6167-0.18740.62430.75340.18331.751-0.0685-0.0550.71070.28831.075518.286233.1804-15.0951
264.1089-2.89584.69982.7028-3.47465.32120.6813-0.437-1.0209-1.72510.53030.21490.56211.5746-0.29291.1871-0.31560.14151.17570.24771.386331.805321.5341-6.6332
272.1027-2.8963-1.87754.01022.60843.52520.37940.2654-0.4185-1.3201-1.18771.6923-1.1266-0.70610.04722.7515-0.8312-0.14770.5779-0.67881.260936.641523.0267-46.2787
288.0651.85221.86882.95470.27022.06830.6635-0.41740.13-1.96351.0738-0.09520.7817-1.4751-0.55271.5536-0.8013-0.14251.6263-0.06671.180323.501634.8777-37.7775
293.1859-2.0781-0.30723.5248-2.54713.4758-0.186-0.5739-0.6745-0.5939-0.0136-0.41380.8810.58490.75471.9251-0.4625-0.10221.8282-0.37891.349572.827289.0579-18.783
302.4353-2.03741.57144.634-3.79823.23080.5536-1.5954-0.01710.2482-0.52770.23560.5871.4004-0.40462.2473-0.4151-0.12781.5119-0.35691.685261.667296.4203-18.9782
314.90161.87631.43261.3223-1.68168.61330.44631.0223-1.66480.72750.7977-0.56480.1635-0.0383-1.07462.05660.2656-0.23960.7783-0.08161.81846.636892.6836-32.0711
321.4331-1.5955-1.80081.85992.11132.3939-0.39270.52660.9214-1.1391-0.87140.398-2.52121.16760.4262.0955-0.58250.12251.80310.03291.5427-18.9118-33.810612.1647
339.3097-0.68190.64811.19690.30781.38442.063-2.1179-0.14910.8858-0.8196-0.24820.57960.0124-0.422.2844-0.48370.18510.97830.65111.7897-1.0136-39.20388.6997
341.99981.99992.00011.999921.9999-1.01550.5233-1.6792-0.47630.77261.7032-0.0004-0.64420.23411.12590.4495-0.18811.3608-0.59862.875516.4231-34.1252-4.5587
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 31 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 239 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 240 through 271 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 272 through 299 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 7 through 31 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 32 through 68 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 69 through 199 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 200 through 254 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 255 through 271 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 272 through 299 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 6 through 31 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 32 through 48 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 49 through 172 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 173 through 199 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 200 through 215 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 216 through 238 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 239 through 271 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 272 through 299 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 6 through 31 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 32 through 48 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 49 through 215 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 216 through 254 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 255 through 271 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 272 through 299 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 61 through 70 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 71 through 81 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 61 through 70 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 71 through 81 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 62 through 66 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 67 through 76 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 77 through 81 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'H' and (resid 61 through 65 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'H' and (resid 66 through 80 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'H' and (resid 81 through 81 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る