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- PDB-6xbj: Structure of human SMO-D384R complex with Gi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xbj
タイトルStructure of human SMO-D384R complex with Gi
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Smoothened homolog
  • scFv16
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / GPCR (Gタンパク質共役受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


ventral midline determination / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephric renal vesicle formation / regulation of heart morphogenesis / negative regulation of hair follicle development / 9+0 non-motile cilium / central nervous system neuron differentiation / regulation of somatic stem cell population maintenance / pancreas morphogenesis / epithelial-mesenchymal cell signaling / : ...ventral midline determination / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephric renal vesicle formation / regulation of heart morphogenesis / negative regulation of hair follicle development / 9+0 non-motile cilium / central nervous system neuron differentiation / regulation of somatic stem cell population maintenance / pancreas morphogenesis / epithelial-mesenchymal cell signaling / : / myoblast migration / atrial septum morphogenesis / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / 接触阻害 / spinal cord dorsal/ventral patterning / left/right axis specification / ciliary tip / Activation of SMO / thalamus development / patched binding / somite development / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / type B pancreatic cell development / forebrain morphogenesis / dorsal/ventral neural tube patterning / cellular response to cholesterol / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / positive regulation of organ growth / smooth muscle tissue development / pattern specification process / cerebellar cortex morphogenesis / mammary gland epithelial cell differentiation / dentate gyrus development / positive regulation of multicellular organism growth / commissural neuron axon guidance / dopaminergic neuron differentiation / oxysterol binding / positive regulation of smoothened signaling pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / cell fate specification / 神経堤 / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / anterior/posterior pattern specification / ciliary membrane / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / negative regulation of epithelial cell differentiation / smoothened signaling pathway / midgut development / hair follicle morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / heart looping / negative regulation of DNA binding / odontogenesis of dentin-containing tooth / protein kinase A catalytic subunit binding / neuroblast proliferation / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / 脈管形成 / Hedgehog 'off' state / skeletal muscle fiber development / homeostasis of number of cells within a tissue / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / 中心小体 / protein sequestering activity / negative regulation of protein phosphorylation / epithelial cell proliferation / central nervous system development / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / positive regulation of epithelial cell proliferation / G protein-coupled receptor activity / astrocyte activation / Hedgehog 'on' state / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / multicellular organism growth / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein activation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / 繊毛 / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / cerebral cortex development / response to peptide hormone
類似検索 - 分子機能
Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain ...Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / G-protein alpha subunit, group I / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
コレステロール / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Protein smoothened
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.88 Å
データ登録者Qi, X. / Long, T. / Li, X.
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Sterols in an intramolecular channel of Smoothened mediate Hedgehog signaling.
著者: Xiaofeng Qi / Lucas Friedberg / Ryan De Bose-Boyd / Tao Long / Xiaochun Li /
要旨: Smoothened (SMO), a class Frizzled G protein-coupled receptor (class F GPCR), transduces the Hedgehog signal across the cell membrane. Sterols can bind to its extracellular cysteine-rich domain ...Smoothened (SMO), a class Frizzled G protein-coupled receptor (class F GPCR), transduces the Hedgehog signal across the cell membrane. Sterols can bind to its extracellular cysteine-rich domain (CRD) and to several sites in the seven transmembrane helices (7-TMs) of SMO. However, the mechanism by which sterols regulate SMO via multiple sites is unknown. Here we determined the structures of SMO-G complexes bound to the synthetic SMO agonist (SAG) and to 24(S),25-epoxycholesterol (24(S),25-EC). A novel sterol-binding site in the extracellular extension of TM6 was revealed to connect other sites in 7-TMs and CRD, forming an intramolecular sterol channel from the middle side of 7-TMs to CRD. Additional structures of two gain-of-function variants, SMO and SMO, showed that blocking the channel at its midpoints allows sterols to occupy the binding sites in 7-TMs, thereby activating SMO. These data indicate that sterol transport through the core of SMO is a major regulator of SMO-mediated signaling.
履歴
登録2020年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22117
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Smoothened homolog
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
S: scFv16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,9476
ポリマ－185,5615
非ポリマー3871
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG

#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein


分子量: 40415.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P63096
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 37671.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P62873
#4: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P59768

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タンパク質 / 抗体 / 非ポリマー , 3種, 3分子 RS

#1: タンパク質 Smoothened homolog / SMO / Protein Gx


分子量: 71828.547 Da / 分子数: 1 / 変異: D384R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMO, SMOH / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99835
#5: 抗体 scFv16


分子量: 27784.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#6: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SMO-GI COMPLEX / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0257 / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 621773 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.88→233.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.869 / SU B: 25.461 / SU ML: 0.334 / ESU R: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.37581 --
obs0.37581 454804 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 212.878 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.55 Å2-0.69 Å20.25 Å2
2--0.63 Å2-0.93 Å2
3----1.18 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 10198
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0030.01310439
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0020.0179528
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.3721.64214158
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.1271.5822049
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg7.19351292
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg32.49521.704534
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg14.482151716
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ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1280.21368
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0040.0211701
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0020.022334
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it2.32923.125195
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other2.32923.125194
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it4.17234.6736478
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other4.17234.6736479
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it1.89523.2855244
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other1.89523.2855245
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other3.4534.8737681
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined7.3712235
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other7.3712236
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.88→3.981 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.625 33628 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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