PDB-6wm4: Human V-ATPase in state 3 with SidK and ADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wm4

タイトル

Human V-ATPase in state 3 with SidK and ADP

要素

(V-type proton ATPase ...) x 14
Renin receptor
Ribonuclease kappa
SidK

キーワード

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) /

pump (ポンプ)

機能・相同性

機能・相同性情報

proton-transporting two-sector ATPase complex / Blockage of phagosome acidification / Ion channel transport /

ヒトの虹彩の色 /

central nervous system maturation / intracellular pH reduction / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / transporter activator activity / rostrocaudal neural tube patterning / cellular response to increased oxygen levels ...proton-transporting two-sector ATPase complex / Blockage of phagosome acidification / Ion channel transport /

ヒトの虹彩の色 /

central nervous system maturation / intracellular pH reduction / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / transporter activator activity / rostrocaudal neural tube patterning / cellular response to increased oxygen levels / Nef Mediated CD8 Down-regulation / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / synaptic vesicle lumen acidification / endosome to plasma membrane protein transport / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain /

extrinsic component of synaptic vesicle membrane / Golgi lumen acidification / Transferrin endocytosis and recycling / lysosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / clathrin-coated vesicle membrane / vacuolar transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / endosomal lumen acidification / proton-transporting V-type ATPase complex / XBP1(S) activates chaperone genes / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / Amino acids regulate mTORC1 / head morphogenesis / vacuolar acidification / protein localization to cilium / transmembrane transporter complex / dendritic spine membrane / ROS and RNS production in phagocytes / Nef Mediated CD4 Down-regulation / regulation of cellular pH / osteoclast development / azurophil granule membrane / ATPase activator activity / autophagosome membrane /

regulation of MAPK cascade /

微絨毛 / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / proton transmembrane transporter activity /

cilium assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway / RHOA GTPase cycle / angiotensin maturation /

regulation of macroautophagy / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / enzyme regulator activity / specific granule membrane / axon terminus / ATP metabolic process /

ATP合成酵素 / RNA endonuclease activity / ruffle / Insulin receptor recycling / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism /

receptor-mediated endocytosis / secretory granule membrane /

分泌 /

繊毛 / transmembrane transport / synaptic vesicle membrane /

small GTPase binding /

エンドサイトーシス / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway /

メラノソーム / presynapse / apical part of cell /

signaling receptor activity /

ATPase binding /

postsynaptic membrane / intracellular iron ion homeostasis / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell /

加水分解酵素; エステル加水分解酵素 /

リソソーム /

エンドソーム / endosome membrane /

エンドソーム / nuclear speck / apical plasma membrane / lysosomal membrane /

神経繊維 / external side of plasma membrane /

ゴルジ体 /

focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle /

中心体 /

ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能

ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain /

Renin receptor-like / Renin receptor-like protein /

ATPase, V1 complex, subunit H /

ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal /

ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal domain superfamily /

V-ATPase subunit H ...

ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain /

Renin receptor-like / Renin receptor-like protein /

ATPase, V1 complex, subunit H /

ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal /

ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal domain superfamily /

V-ATPase subunit H /

ATPase, V1 complex, subunit A / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain /

ATPase, V1 complex, subunit C / Vacuolar ATP synthase subunit C superfamily /

V-ATPase subunit C / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit /

ATPase, V1 complex, subunit B /

ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 /

ATP synthase subunit H /

ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic /

ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic /

ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / V-ATPase proteolipid subunit /

ATPase, V0 complex, c/d subunit /

V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family /

V-type ATPase subunit E /

V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily / ATP synthase (E/31 kDa) subunit /

ATPase, V1 complex, subunit D /

ATPase, V1 complex, subunit F /

ATPase, V1 complex, subunit F superfamily /

ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit N-term extension / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily /

ATP synthase subunit C /

ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal /

ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily /

ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily /

ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain /

ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. /

ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)

手法

電子顕微鏡法 /

単粒子再構成法 /

クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Wang, L. / Wu, H. / Fu, T.M.

引用

ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Structures of a Complete Human V-ATPase Reveal Mechanisms of Its Assembly.
著者: Longfei Wang / Di Wu / Carol V Robinson / Hao Wu / Tian-Min Fu /

要旨: Vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases) are ATP-driven proton pumps comprised of a cytoplasmic V complex for ATP hydrolysis and a membrane-embedded V complex for proton ...

履歴

登録	2020年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード単純化した表面モデル + あてはめた原子モデルマップデータ: EMDB-21849 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-21849 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/6wm4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/6wm4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	21849MC 21844C 21845C 21847C 21848C 6wlwC 6wlzC 6wm2C 6wm3C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wm2-d 6wm3-d 12618 12630 12617 3114 0092 5t0h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
電子顕微鏡画像生データ	EMPIAR-11132 (タイトル: Cryo-EM structures of human V-ATPase / Data size: 8.4 TB Data #1: Unaligned multi frame micrographs of human V-ATPase in complex with SidK [micrographs - multiframe])

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (50) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (13) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (2) #72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (13) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (2) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #14 - 2001年2月インスリン (Insulin) 類似性 (1) #12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#219 - 2018年3月
液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase)
類似性 (50)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
類似性 (13)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (2)
#72 - 2005年12月
ATP合成酵素 (ATP Synthase)
類似性 (13)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
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#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
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#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
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#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
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核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
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HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
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インスリン (Insulin)
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ペプシン (Pepsin)
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タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
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#246 - 2020年6月
SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike)
類似性 (1)
#264 - 2021年12月
SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants)
類似性 (1)

登録構造単位

R: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1

O: V-type proton ATPase subunit C 1

J: V-type proton ATPase subunit E 1

M: V-type proton ATPase subunit G 1

I: V-type proton ATPase subunit E 1

L: V-type proton ATPase subunit G 1

H: V-type proton ATPase subunit E 1

K: V-type proton ATPase subunit G 1

S: V-type proton ATPase subunit e 1

T: Ribonuclease kappa

B: V-type proton ATPase catalytic subunit A

C: V-type proton ATPase catalytic subunit A

A: V-type proton ATPase catalytic subunit A

E: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform

F: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform

D: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform

Y: SidK

Z: SidK

X: SidK

G: V-type proton ATPase subunit D

N: V-type proton ATPase subunit F

U: V-type proton ATPase subunit S1

V: Renin receptor

0: V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit

1: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit

2: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit

3: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit

4: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit

5: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit

6: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit

7: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit

8: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit

9: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit

Q: V-type proton ATPase subunit d 1

P: V-type proton ATPase subunit H

ヘテロ分子

1.25 MDa, 35 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry

-
V-type proton ATPase ... , 14種, 30分子 ROJIHMLKSBCAEFDGNU0123456789QP

#1: タンパク質	V-type proton ATPase 116 kDa subunit a isoform 1 / V-ATPase 116 kDa isoform a1 / Clathrin-coated vesicle/synaptic vesicle proton pump 116 kDa subunit ...V-ATPase 116 kDa isoform a1 / Clathrin-coated vesicle/synaptic vesicle proton pump 116 kDa subunit / Vacuolar adenosine triphosphatase subunit Ac116 / Vacuolar proton pump subunit 1 / Vacuolar proton translocating ATPase 116 kDa subunit a isoform 1 分子量: 96512.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q93050
#2: タンパク質	V-type proton ATPase subunit C 1 / V-ATPase subunit C 1 / Vacuolar proton pump subunit C 1 分子量: 43999.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21283
#3: タンパク質	V-type proton ATPase subunit E 1 / V-ATPase subunit E 1 / V-ATPase 31 kDa subunit / p31 / Vacuolar proton pump subunit E 1 分子量: 26183.346 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36543
#4: タンパク質	V-type proton ATPase subunit G 1 / V-ATPase subunit G 1 / V-ATPase 13 kDa subunit 1 / Vacuolar proton pump subunit G 1 / Vacuolar ...V-ATPase subunit G 1 / V-ATPase 13 kDa subunit 1 / Vacuolar proton pump subunit G 1 / Vacuolar proton pump subunit M16 分子量: 13781.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75348
#5: タンパク質	V-type proton ATPase subunit e 1 / V-ATPase subunit e 1 / V-ATPase 9.2 kDa membrane accessory protein / V-ATPase M9.2 subunit / ...V-ATPase subunit e 1 / V-ATPase 9.2 kDa membrane accessory protein / V-ATPase M9.2 subunit / Vacuolar proton pump subunit e 1 分子量: 9380.329 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15342
#7: タンパク質	V-type proton ATPase catalytic subunit A / V-ATPase subunit A / V-ATPase 69 kDa subunit / Vacuolar ATPase isoform VA68 / Vacuolar proton pump ...V-ATPase subunit A / V-ATPase 69 kDa subunit / Vacuolar ATPase isoform VA68 / Vacuolar proton pump subunit alpha 分子量: 68379.875 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P38606, ATP合成酵素
#8: タンパク質	V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / V-ATPase subunit B 2 / Endomembrane proton pump 58 kDa subunit / HO57 / Vacuolar proton pump subunit B 2 分子量: 56561.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21281
#10: タンパク質	V-type proton ATPase subunit D / V-ATPase subunit D / V-ATPase 28 kDa accessory protein / Vacuolar proton pump subunit D 分子量: 28311.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y5K8
#11: タンパク質	V-type proton ATPase subunit F / V-ATPase subunit F / V-ATPase 14 kDa subunit / Vacuolar proton pump subunit F 分子量: 13388.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16864
#12: タンパク質	V-type proton ATPase subunit S1 / V-ATPase subunit S1 / Protein XAP-3 / V-ATPase Ac45 subunit / V-ATPase S1 accessory protein / ...V-ATPase subunit S1 / Protein XAP-3 / V-ATPase Ac45 subunit / V-ATPase S1 accessory protein / Vacuolar proton pump subunit S1 分子量: 52067.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15904
#14: タンパク質	V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit / V-ATPase 21 kDa proteolipid subunit / Vacuolar proton pump 21 kDa proteolipid subunit / hATPL 分子量: 21418.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99437
#15: タンパク質	V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit / V-ATPase 16 kDa proteolipid subunit / Vacuolar proton pump 16 kDa proteolipid subunit 分子量: 15743.655 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P27449
#16: タンパク質	V-type proton ATPase subunit d 1 / V-ATPase subunit d 1 / 32 kDa accessory protein / V-ATPase 40 kDa accessory protein / V-ATPase AC39 ...V-ATPase subunit d 1 / 32 kDa accessory protein / V-ATPase 40 kDa accessory protein / V-ATPase AC39 subunit / p39 / Vacuolar proton pump subunit d 1 分子量: 40369.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61421
#17: タンパク質	V-type proton ATPase subunit H / V-ATPase subunit H / Nef-binding protein 1 / NBP1 / Protein VMA13 homolog / V-ATPase 50/57 kDa ...V-ATPase subunit H / Nef-binding protein 1 / NBP1 / Protein VMA13 homolog / V-ATPase 50/57 kDa subunits / Vacuolar proton pump subunit H / Vacuolar proton pump subunit SFD 分子量: 55949.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UI12

-
タンパク質 , 3種, 5分子 TYZXV

#6: タンパク質	Ribonuclease kappa / RNase kappa 分子量: 15435.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q6P5S7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#9: タンパク質	SidK 分子量: 65505.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ) 参照: UniProt: A0A4T1L9X6, UniProt: Q5ZWW6*PLUS
#13: タンパク質	Renin receptor / / ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 / ATPase H(+)-transporting lysosomal- ...ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 / ATPase H(+)-transporting lysosomal-interacting protein 2 / ER-localized type I transmembrane adaptor / Embryonic liver differentiation factor 10 / N14F / Renin/prorenin receptor / Vacuolar ATP synthase membrane sector-associated protein M8-9 / V-ATPase M8.9 subunit 分子量: 39045.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75787

-
糖 / 非ポリマー , 2種, 9分子

#18: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン /

N-アセチルグルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#19: 化合物

ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP /

アデノシン二リン酸

分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Human V-ATPase with SidK and ADP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#17 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影	電子線照射量: 50.1 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1000000 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.006	73667
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.711	99579
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	18.283	10047
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.046	11312
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	12762

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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