+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vvt | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of a Mycobacterium smegmatis transcription initiation complex with Rifampicin-resistant RNA polymerase and antibiotic Sorangicin | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSFERASE/DNA/ANTIBIOTIC / DNA binding (デオキシリボ核酸) / antibiotic (抗生物質) / TRANSFERASE-DNA-ANTIBIOTIC complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription ...bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.901 Å | ||||||
データ登録者 | Lilic, M. / Darst, S.A. / Campbell, E.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020 タイトル: The antibiotic sorangicin A inhibits promoter DNA unwinding in a rifampicin-resistant RNA polymerase. 著者: Mirjana Lilic / James Chen / Hande Boyaci / Nathaniel Braffman / Elizabeth A Hubin / Jennifer Herrmann / Rolf Müller / Rachel Mooney / Robert Landick / Seth A Darst / Elizabeth A Campbell / 要旨: Rifampicin (Rif) is a first-line therapeutic used to treat the infectious disease tuberculosis (TB), which is caused by the pathogen (). The emergence of Rif-resistant (Rif) presents a need for new ...Rifampicin (Rif) is a first-line therapeutic used to treat the infectious disease tuberculosis (TB), which is caused by the pathogen (). The emergence of Rif-resistant (Rif) presents a need for new antibiotics. Rif targets the enzyme RNA polymerase (RNAP). Sorangicin A (Sor) is an unrelated inhibitor that binds in the Rif-binding pocket of RNAP. Sor inhibits a subset of Rif RNAPs, including the most prevalent clinical Rif RNAP substitution found in infected patients (S456>L of the β subunit). Here, we present structural and biochemical data demonstrating that Sor inhibits the wild-type RNAP by a similar mechanism as Rif: by preventing the translocation of very short RNAs. By contrast, Sor inhibits the Rif S456L enzyme at an earlier step, preventing the transition of a partially unwound promoter DNA intermediate to the fully opened DNA and blocking the template-strand DNA from reaching the active site in the RNAP catalytic center. By defining template-strand blocking as a mechanism for inhibition, we provide a mechanistic drug target in RNAP. Our finding that Sor inhibits the wild-type and mutant RNAPs through different mechanisms prompts future considerations for designing antibiotics against resistant targets. Also, we show that Sor has a better pharmacokinetic profile than Rif, making it a suitable starting molecule to design drugs to be used for the treatment of TB patients with comorbidities who require multiple medications. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vvt.cif.gz | 641.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6vvt.ent.gz | 489 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vvt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/6vvt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/6vvt | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 JF
#1: タンパク質 | 分子量: 13078.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QZ11 |
---|---|
#6: タンパク質 | 分子量: 51573.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: sigA, MSMEG_2758 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0QW02 |
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#2: タンパク質 | 分子量: 37959.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSL8, ポリメラーゼ #3: タンパク質 | | 分子量: 128706.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: P60281, ポリメラーゼ #4: タンパク質 | | 分子量: 146712.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QS66, ポリメラーゼ #5: タンパク質 | | 分子量: 11544.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QWT1, ポリメラーゼ |
---|
-DNA鎖 , 2種, 2分子 OP
#7: DNA鎖 | 分子量: 9565.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
---|---|
#8: DNA鎖 | 分子量: 7930.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 5種, 28分子
#9: 化合物 | ChemComp-SRN / | ||||
---|---|---|---|---|---|
#10: 化合物 | ChemComp-EDO / | ||||
#11: 化合物 | #12: 化合物 | ChemComp-SO4 / #13: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.85 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.0, 0.2 M lithium sulfate, 20% w/v PEG3350, 2.5% v/v ethylene glycol, 1% v/v DMSO |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月20日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: cryo-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 112933 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.173 / Χ2: 0.884 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 527429 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 5TW1 解像度: 2.901→49.746 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.36
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 328.73 Å2 / Biso mean: 96.6844 Å2 / Biso min: 30 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.901→49.746 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|