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- PDB-6vsl: Crystal structure of a human fucosylated IgG1 Fc expressed in tob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vsl
タイトルCrystal structure of a human fucosylated IgG1 Fc expressed in tobacco plants (Nicotiana benthamiana)
要素Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / immunoglobulin (抗体) / crystallizable fragment / IgG1 (免疫グロブリンG) / Fc
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / 獲得免疫系 / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tolbert, W.D. / Pazgier, M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI16274 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI120756 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI129769 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2021
タイトル: Enhanced Ability of Plant-Derived PGT121 Glycovariants To Eliminate HIV-1-Infected Cells.
著者: Anand, S.P. / Ding, S. / Tolbert, W.D. / Prevost, J. / Richard, J. / Gil, H.M. / Gendron-Lepage, G. / Cheung, W.F. / Wang, H. / Pastora, R. / Saxena, H. / Wakarchuk, W. / Medjahed, H. / ...著者: Anand, S.P. / Ding, S. / Tolbert, W.D. / Prevost, J. / Richard, J. / Gil, H.M. / Gendron-Lepage, G. / Cheung, W.F. / Wang, H. / Pastora, R. / Saxena, H. / Wakarchuk, W. / Medjahed, H. / Wines, B.D. / Hogarth, M. / Shaw, G.M. / Martin, M.A. / Burton, D.R. / Hangartner, L. / Evans, D.T. / Pazgier, M. / Cossar, D. / McLean, M.D. / Finzi, A.
履歴
登録2020年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月4日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity_src_gen / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _struct.title
改定 1.22021年9月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
B: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3236
ポリマ－47,8362
非ポリマー3,4874
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8770 Å2
ΔGint51 kcal/mol
Surface area21680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.860, 79.920, 138.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain NIE


分子量: 23918.043 Da / 分子数: 2 / 断片: crystallizable fragment (UNP residues 236-446) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
参照: UniProt: P0DOX5
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1625.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DGlcpNAcb1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4-5/a4-b1_a6-i1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.37 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 15% PEG4000, 0.1 M HEPES, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月26日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 32561 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.061 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4712 / CC1/2: 0.5 / Rpim(I) all: 0.479 / Rsym value: 0.775 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
REFMAC5.8.0258精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3AVE

3ave


解像度: 2.1→46.91 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 26.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2499 2893 4.95 %
Rwork0.2075 --
obs0.2096 58447 93.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3340 0 236 189 3765
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013687
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1025026
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.392601
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06610
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007615
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.130.37411270.33352663X-RAY DIFFRACTION94
2.13-2.170.38361520.32642666X-RAY DIFFRACTION95
2.17-2.210.39391380.32822643X-RAY DIFFRACTION95
2.21-2.250.32521540.31182694X-RAY DIFFRACTION95
2.25-2.30.28521230.30212691X-RAY DIFFRACTION94
2.3-2.350.35341270.29272680X-RAY DIFFRACTION95
2.35-2.40.28841400.26842674X-RAY DIFFRACTION94
2.4-2.460.3391590.26932624X-RAY DIFFRACTION94
2.46-2.530.26941440.26262635X-RAY DIFFRACTION94
2.53-2.610.33621350.25872610X-RAY DIFFRACTION92
2.61-2.690.28771430.23622551X-RAY DIFFRACTION91
2.69-2.790.29461340.23192592X-RAY DIFFRACTION90
2.79-2.90.27641200.22662622X-RAY DIFFRACTION94
2.9-3.030.31361240.22752602X-RAY DIFFRACTION92
3.03-3.190.24721480.21412653X-RAY DIFFRACTION94
3.19-3.390.23491440.19742691X-RAY DIFFRACTION96
3.39-3.650.22371510.19072755X-RAY DIFFRACTION96
3.65-4.020.25851480.18422653X-RAY DIFFRACTION96
4.02-4.60.18441210.15562697X-RAY DIFFRACTION95
4.6-5.790.19721210.15352555X-RAY DIFFRACTION90
5.79-46.910.18391400.16652603X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.49470.92311.13362.02450.66162.7466-0.24010.24130.3117-0.04080.21980.0229-0.2288-0.03340.01510.19670.01110.03660.18910.02720.339310.207910.319342.7735
23.38190.1389-0.31114.99180.59242.779-0.2772-0.1443-0.43271.15190.2619-0.11530.53660.24880.01540.52540.0953-0.05390.2352-0.01560.3759-7.198-9.790845.1703
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 235 through 444)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 237 through 444)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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