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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vot | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Pseudomonas aerugonisa PBP3 complexed to gamma-lactam YU253434 | ||||||
要素 | Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Inhibitor complex (酵素阻害剤) / penicillin-binding protein (ペニシリン結合タンパク質) / ANTIBIOTIC (抗生物質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / タンパク質分解 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | van den Akker, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020 タイトル: A gamma-Lactam Siderophore Antibiotic Effective against Multidrug-Resistant Gram-Negative Bacilli. 著者: Goldberg, J.A. / Nguyen, H. / Kumar, V. / Spencer, E.J. / Hoyer, D. / Marshall, E.K. / Cmolik, A. / O'Shea, M. / Marshall, S.H. / Hujer, A.M. / Hujer, K.M. / Rudin, S.D. / Domitrovic, T.N. / ...著者: Goldberg, J.A. / Nguyen, H. / Kumar, V. / Spencer, E.J. / Hoyer, D. / Marshall, E.K. / Cmolik, A. / O'Shea, M. / Marshall, S.H. / Hujer, A.M. / Hujer, K.M. / Rudin, S.D. / Domitrovic, T.N. / Bethel, C.R. / Papp-Wallace, K.M. / Logan, L.K. / Perez, F. / Jacobs, M.R. / van Duin, D. / Kreiswirth, B.M. / Bonomo, R.A. / Plummer, M.S. / van den Akker, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vot.cif.gz | 115.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vot.ent.gz | 84.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vot.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/6vot ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/6vot | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3pbqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58329.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: pbpB, ftsI, ftsI_2, ALP65_00912, CAZ10_21230, CGU42_01090, DZ934_06595, DZ962_00565, E4V10_06485, ECC04_026610, ERJ99_003095, FCG96_14995, FLI88_02250, IPC1481_11065, IPC1482_17070, IPC165_ ...遺伝子: pbpB, ftsI, ftsI_2, ALP65_00912, CAZ10_21230, CGU42_01090, DZ934_06595, DZ962_00565, E4V10_06485, ECC04_026610, ERJ99_003095, FCG96_14995, FLI88_02250, IPC1481_11065, IPC1482_17070, IPC165_24935, IPC170_23205, IPC669_10550, RW109_RW109_05757 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q51504, UniProt: G3XD46*PLUS, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-R7G / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.98 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG 4000, 0.2 M MgCl2, and 0.1 M Tris pH 8.5. Crystal was soaked for 15 minutes in 5 mM YU253434 in mother liquor. Temp details: RT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月5日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 20549 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.145 / Χ2: 1.037 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 167804 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3PBQ 解像度: 2.4→39.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 8.111 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.464 / ESU R Free: 0.26 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 112.6 Å2 / Biso mean: 34.263 Å2 / Biso min: 13.59 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→39.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.402→2.464 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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