[日本語] English
万見
- PDB-6vhy: NpsA-ThdA, an artificially fused Adenylation-PCP di-domain NRPS f... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vhy
タイトルNpsA-ThdA, an artificially fused Adenylation-PCP di-domain NRPS from Klebsiella oxytoca
要素NpsA Adenylation Domain, Non-ribosomal peptide synthetase fusion protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / adenylation (アデニリル化) / tilivalline / tilimycin / NRPS / nonribosomal peptide synthetase (非リボソームペプチド)
機能・相同性
機能・相同性情報


ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QXD / Non-ribosomal peptide synthetase / Thioester reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella oxytoca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kreitler, D.F. / Gulick, A.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM116957 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020
タイトル: Biosynthesis, Mechanism of Action, and Inhibition of the Enterotoxin Tilimycin Produced by the Opportunistic PathogenKlebsiella oxytoca.
著者: Alexander, E.M. / Kreitler, D.F. / Guidolin, V. / Hurben, A.K. / Drake, E. / Villalta, P.W. / Balbo, S. / Gulick, A.M. / Aldrich, C.C.
履歴
登録2020年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NpsA Adenylation Domain, Non-ribosomal peptide synthetase fusion protein
B: NpsA Adenylation Domain, Non-ribosomal peptide synthetase fusion protein
C: NpsA Adenylation Domain, Non-ribosomal peptide synthetase fusion protein
D: NpsA Adenylation Domain, Non-ribosomal peptide synthetase fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,4778
ポリマ－256,2504
非ポリマー3,2274
水181
1
A: NpsA Adenylation Domain, Non-ribosomal peptide synthetase fusion protein
C: NpsA Adenylation Domain, Non-ribosomal peptide synthetase fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,7394
ポリマ－128,1252
非ポリマー1,6142
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5830 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area44710 Å2
手法PISA
2
B: NpsA Adenylation Domain, Non-ribosomal peptide synthetase fusion protein
D: NpsA Adenylation Domain, Non-ribosomal peptide synthetase fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,7394
ポリマ－128,1252
非ポリマー1,6142
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area41780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.540, 98.721, 118.754
Angle α, β, γ (deg.)95.331, 96.337, 106.508
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質
NpsA Adenylation Domain, Non-ribosomal peptide synthetase fusion protein


分子量: 64062.523 Da / 分子数: 4 / 変異: E312A,E313A,Q314A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: AGF18_11095, AGF18_11090 / プラスミド: pET15 / 詳細 (発現宿主): N-term TEV tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2U4DY99, UniProt: A0A2U4DNX7
#2: 化合物
ChemComp-QXD / 5'-deoxy-5'-({[(2R)-2-{[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl]sulfanyl}-2-(3-hydroxyphenyl)ethyl]sulfonyl}amino)adenosine


分子量: 806.801 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C29H43N8O13PS2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.39 % / 解説: plates
結晶化温度: 287 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: protein solution (19 mg/mL): 10 mM HEPES pH 8.0, 25 mM NaCl, 0.4 mM TCEP, 2.5 mM MgCl2, 5% v/v glycerol, 1.2 mM 3-hydroxybenzoyl-AVS, well solution: (0.2 M sodium formate, 20% w/v PEG3350, ...詳細: protein solution (19 mg/mL): 10 mM HEPES pH 8.0, 25 mM NaCl, 0.4 mM TCEP, 2.5 mM MgCl2, 5% v/v glycerol, 1.2 mM 3-hydroxybenzoyl-AVS, well solution: (0.2 M sodium formate, 20% w/v PEG3350, microbatch drop: 1.2 uL protein solution, 1 uL well solution (under paraffin oil)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→93.84 Å / Num. obs: 45795 / % possible obs: 90.9 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 74.91 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.124 / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2224 / CC1/2: 0.742 / Rpim(I) all: 0.338 / Rrim(I) all: 0.945 / Rsym value: 0.882 / % possible all: 87.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
autoPROC1.0.5 (20190301)データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6vhu

6vhu


解像度: 3→47.61 Å / SU ML: 0.3855 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 26.989
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2604 2238 4.89 %
Rwork0.2141 43529 -
obs0.2163 45767 90.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 83.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→47.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15234 0 201 1 15436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00615750
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73121535
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05192577
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052760
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.31239329
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.060.34441360.28032625X-RAY DIFFRACTION86.8
3.06-3.130.30511130.26032571X-RAY DIFFRACTION85.78
3.13-3.210.28831570.25972835X-RAY DIFFRACTION94.21
3.21-3.30.29941430.2542794X-RAY DIFFRACTION93.77
3.3-3.40.28191460.24262800X-RAY DIFFRACTION93.41
3.4-3.510.26871410.232770X-RAY DIFFRACTION92.59
3.51-3.630.29861450.21862694X-RAY DIFFRACTION90.47
3.63-3.780.25251590.22082587X-RAY DIFFRACTION87.7
3.78-3.950.23611350.21212711X-RAY DIFFRACTION89.36
3.95-4.160.22861540.1932787X-RAY DIFFRACTION93.9
4.16-4.420.23611190.18992785X-RAY DIFFRACTION93.17
4.42-4.760.22481440.18472782X-RAY DIFFRACTION91.7
4.76-5.240.24141090.19852590X-RAY DIFFRACTION86.09
5.24-5.990.30371560.22632786X-RAY DIFFRACTION94.02
5.99-7.550.27491440.22592641X-RAY DIFFRACTION88.08
7.55-47.610.24551370.20182771X-RAY DIFFRACTION92.52
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.334530420510.8551342575520.1845746656683.736226795450.4394148612561.585420893460.1070959154960.0348738573508-0.1423525772240.3649953245350.00277403432297-0.116341361919-0.173070706612-0.0184989143999-0.1005573384660.2957858230010.1022095407530.03937044854970.4321169358820.05064599128750.441587536058-29.147836015793.8565738994-31.6559141606
27.299011265521.941003768761.600098588878.348385586741.253060358080.7184071015410.340676943349-0.2979435755210.7453147397311.15526213411-0.1534435942090.889507733171-0.244472217964-0.404144977783-0.2457080497160.9576838560050.1620824534020.2391287570740.598534201601-0.05612450456710.467932309392-38.6323558361109.092702545-23.4712220627
33.07436723902-0.05608543756440.3776053943132.74246654504-0.0240913668054.550782192740.0739998506437-0.4583009238590.5233166712340.411322337721-0.1665512074180.00713027522114-0.4281630061770.4816883830070.08596688909170.609701789617-0.116073770374-0.0111609675090.635591706141-0.04734617868270.46153912569814.700296329347.8093946895-7.37871109139
42.235543768691.0955646154-0.2447394072244.54891026437-0.5042270772252.46112287485-0.2189043246230.05918479003460.00883600404083-0.4812158420240.2492747356720.177497936764-0.303224515228-0.087443279012-0.04668129206770.4589118838430.0615547982439-0.01720728059960.4260590363370.02137754136340.441612063525-3.4410966726886.91514120148.6208875074
51.047075743250.2512294974250.1405430526014.233226703611.456600548585.24652448560.0494470426982-0.128270486929-0.2557298525980.2114121379610.143509183890.3700994533410.43878307683-0.20751442276-0.1591167698360.2875358041060.02351911535680.03696320796360.409795590150.08498593597640.75265910560234.836416299227.062487992175.6758901223
63.425724833391.279622109360.2707002705878.174950264420.9141794725831.85483168857-0.04305914356490.0691386066867-0.2166112415640.4882516156110.05420316046180.2371638795510.3390934312950.0616137318259-0.004092496957730.3595735224790.16768919626-0.01450843400720.4144521247180.02932921445490.49067424497840.378540987829.110324175776.8959418943
71.095685520221.211989753180.1903771309992.70310173157-0.5754058098951.67716985751-0.110739580991-0.0129821814688-0.0181450823052-0.2336446860280.08815975693410.33624808864-0.0932716780831-0.1083239173140.01771202209430.2494562126850.1018048732240.001847162527920.4860789901420.008146414121360.58532600697637.386192595148.672672755968.1511786737
84.559592833970.892313341259-0.5196086664493.34647252901-0.5340536653041.22524821538-0.1267487082430.0838153995712-0.217234078578-0.1176282731790.260237435734-0.7895921152920.2511267799880.435696565065-0.1179948037610.3408081257570.1121614496090.05908602585550.551632638065-0.1054580843160.65877365495559.758640870343.808477977867.1282569322
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 376 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 377 through 416 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 4 through 425 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 4 through 392 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 6 through 125 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 126 through 192 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 193 through 314 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 315 through 412 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る