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- PDB-6v8e: Computationally designed C3-symmetric homotrimer from TPR repeat ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v8e
タイトルComputationally designed C3-symmetric homotrimer from TPR repeat protein
要素Designed proteinデザイン
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / designed trimers / designed nanoparticles / ribosome-binding site
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Sankaran, B. / Ueda, G. / Zwart, P.H. / Baker, D.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1120319, OPP11157823, OPP1156262, OPP1115782, OPP1084519 米国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF CHE 1629214 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorP41 GM103403-10 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM124169 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Tailored design of protein nanoparticle scaffolds for multivalent presentation of viral glycoprotein antigens.
著者: George Ueda / Aleksandar Antanasijevic / Jorge A Fallas / William Sheffler / Jeffrey Copps / Daniel Ellis / Geoffrey B Hutchinson / Adam Moyer / Anila Yasmeen / Yaroslav Tsybovsky / Young-Jun ...著者: George Ueda / Aleksandar Antanasijevic / Jorge A Fallas / William Sheffler / Jeffrey Copps / Daniel Ellis / Geoffrey B Hutchinson / Adam Moyer / Anila Yasmeen / Yaroslav Tsybovsky / Young-Jun Park / Matthew J Bick / Banumathi Sankaran / Rebecca A Gillespie / Philip Jm Brouwer / Peter H Zwart / David Veesler / Masaru Kanekiyo / Barney S Graham / Rogier W Sanders / John P Moore / Per Johan Klasse / Andrew B Ward / Neil P King / David Baker /
要旨: Multivalent presentation of viral glycoproteins can substantially increase the elicitation of antigen-specific antibodies. To enable a new generation of anti-viral vaccines, we designed self- ...Multivalent presentation of viral glycoproteins can substantially increase the elicitation of antigen-specific antibodies. To enable a new generation of anti-viral vaccines, we designed self-assembling protein nanoparticles with geometries tailored to present the ectodomains of influenza, HIV, and RSV viral glycoprotein trimers. We first designed trimers tailored for antigen fusion, featuring N-terminal helices positioned to match the C termini of the viral glycoproteins. Trimers that experimentally adopted their designed configurations were incorporated as components of tetrahedral, octahedral, and icosahedral nanoparticles, which were characterized by cryo-electron microscopy and assessed for their ability to present viral glycoproteins. Electron microscopy and antibody binding experiments demonstrated that the designed nanoparticles presented antigenically intact prefusion HIV-1 Env, influenza hemagglutinin, and RSV F trimers in the predicted geometries. This work demonstrates that antigen-displaying protein nanoparticles can be designed from scratch, and provides a systematic way to investigate the influence of antigen presentation geometry on the immune response to vaccination.
履歴
登録2019年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Designed protein
B: Designed protein
C: Designed protein
D: Designed protein
E: Designed protein
F: Designed protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8426
ポリマ－82,8426
非ポリマー00
水1,51384
1
A: Designed protein
B: Designed protein
C: Designed protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4213
ポリマ－41,4213
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3100 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area17260 Å2
手法PISA
2
D: Designed protein
E: Designed protein
F: Designed protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4213
ポリマ－41,4213
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area17050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.470, 64.910, 99.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Designed protein / デザイン


分子量: 13807.026 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 1M LiCl 100mM citrate 20% w/v PEG 6000 pH 4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→38.9 Å / Num. obs: 28508 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 37.11 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1427 / Rpim(I) all: 0.07334 / Rrim(I) all: 0.1608 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.53→2.62 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.8023 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique obs: 2836 / CC1/2: 0.729 / CC star: 0.918 / Rpim(I) all: 0.4106 / Rrim(I) all: 0.9033 / % possible all: 99.89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Coot1.17.1_3660モデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: designed model from rosetta

解像度: 2.53→38.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 22.749 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.641 / ESU R Free: 0.279
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23166 1442 5.1 %RANDOM
Rwork0.18591 ---
obs0.18821 27066 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 51.943 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å20 Å20.79 Å2
2---0.2 Å2-0 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.53→38.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5848 0 0 84 5932
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0195987
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025144
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4681.8948110
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2252.93311984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1055706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.72425.806372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.13915978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4081524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026925
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4072.3922836
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4072.3912834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.9983.583535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.9973.583535
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.9552.9583151
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.9542.9583152
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.6184.2254575
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.89428.9837170
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.89628.9287157
LS精密化 シェル解像度: 2.53→2.596 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 103 -
Rwork0.273 2030 -
obs--99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1744-0.3177-1.17023.2054-0.65634.29590.0040.2740.0458-0.2581-0.052-0.23770.15390.01270.0480.3054-0.0081-0.11260.02760.01220.079421.3582.6585.376
23.131.01050.98033.75810.76985.88670-0.0852-0.30050.11120.0601-0.6756-0.02980.9625-0.06010.3167-0.0003-0.06470.17930.0170.150239.02911.52735.834
32.09760.8446-0.87873.2431-1.08211.4953-0.01040.01560.08420.05370.09230.2037-0.1637-0.1375-0.08190.41750.0254-0.0820.0456-0.00120.033214.443-14.07638.05
44.0213-1.18220.74855.8281-0.69093.3066-0.1574-0.18660.36990.2044-0.0122-0.8523-0.08330.3960.16950.36490.0067-0.08980.08840.00020.144331.299-28.6928.043
52.9897-0.0403-0.55552.11971.04644.98660.04290.31530.1671-0.25420.0965-0.2172-0.21090.1143-0.13930.3218-0.0012-0.07240.04460.01620.115420.804-37.56-5.834
62.8279-1.2019-0.60993.86980.27130.5717-0.0377-0.0737-0.12790.0770.07330.2030.0549-0.053-0.03560.2977-0.0061-0.11430.01550.01430.0652.683-11.89111.036
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 118
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 118
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 119

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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