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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ced | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the C-terminal NIL domain of an ABC transporter protein homologue from Staphylococcus aureus | ||||||
要素 | Methionine import ATP-binding protein metN 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ABC transporter / NIL domain / Staphylococcus aureus / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Amino-acid transport / ATP-binding / Membrane / Nucleotide-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ABC-type methionine transporter / ABC-type amino acid transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Cuff, M.E. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: The structure of the C-terminal NIL domain of an ABC transporter protein homologue from Staphylococcus aureus. 著者: Cuff, M.E. / Bigelow, L. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ced.cif.gz | 75.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ced.ent.gz | 60.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ced.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3ced_validation.pdf.gz | 438.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3ced_full_validation.pdf.gz | 439.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3ced_validation.xml.gz | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3ced_validation.cif.gz | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/3ced ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/3ced | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11019.340 Da / 分子数: 3 / 断片: NIL domain: Residues 247-341 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 生物種: Staphylococcus aureus / 株: Mu50 / 遺伝子: metN2, SAV0837 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q99VG8, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する #2: 化合物 | ChemComp-BU1 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.97 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 20% 1,4-Butanediol, 0.1M Acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793, 0.9795 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月7日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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Reflection | 冗長度: 16.3 % / Av σ(I) over netI: 8.2 / 数: 526788 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 1.46 / D res high: 2.15 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 32344 / % possible obs: 99.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 32344 / Num. obs: 32344 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 16.3 % / Biso Wilson estimate: 36.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 1.46 / Net I/σ(I): 8.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.2 Å / 冗長度: 16.5 % / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2279 / Χ2: 0.687 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 2.15 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.413 / FOM acentric: 0.428 / FOM centric: 0.285 / 反射: 32206 / Reflection acentric: 28941 / Reflection centric: 3265 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | 最高解像度: 2.15 Å / 最低解像度: 50 Å
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.15→35.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 6.053 / SU ML: 0.084 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.14 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.948 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→35.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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