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- PDB-6ty1: Crystal structure of the haemagglutinin mutant (Gln226Leu, Gly228... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ty1
タイトルCrystal structure of the haemagglutinin mutant (Gln226Leu, Gly228Ser) from an H10N7 seal influenza virus isolated in Germany in complex with human receptor analogue 6'-SLN
要素
  • Hemagglutinin HA2
  • Hemagglutininヘマグルチニン
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / receptor binding (受容体) / fusion of virus membrane with host plasma membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
6'-sialyl-N-acetyllactosamine / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zhang, J. / Xiong, X. / Purkiss, A. / Walker, P. / Gamblin, S. / Skehel, J.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
The Francis Crick Institute 英国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2020
タイトル: Hemagglutinin Traits Determine Transmission of Avian A/H10N7 Influenza Virus between Mammals.
著者: Herfst, S. / Zhang, J. / Richard, M. / McBride, R. / Lexmond, P. / Bestebroer, T.M. / Spronken, M.I.J. / de Meulder, D. / van den Brand, J.M. / Rosu, M.E. / Martin, S.R. / Gamblin, S.J. / ...著者: Herfst, S. / Zhang, J. / Richard, M. / McBride, R. / Lexmond, P. / Bestebroer, T.M. / Spronken, M.I.J. / de Meulder, D. / van den Brand, J.M. / Rosu, M.E. / Martin, S.R. / Gamblin, S.J. / Xiong, X. / Peng, W. / Bodewes, R. / van der Vries, E. / Osterhaus, A.D.M.E. / Paulson, J.C. / Skehel, J.J. / Fouchier, R.A.M.
履歴
登録2020年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin HA2
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin HA2
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin HA2
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin HA2
I: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin HA2
K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)339,42425
ポリマ－334,96512
非ポリマー4,45913
水362
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin HA2
I: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子

E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,60112
ポリマ－167,4836
非ポリマー2,1196
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area34620 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area56200 Å2
手法PISA
2
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin HA2
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin HA2
K: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,82313
ポリマ－167,4836
非ポリマー2,3407
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34800 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area55910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.990, 212.670, 154.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.580, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質
Hemagglutinin / ヘマグルチニン


分子量: 35514.137 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/harbour seal/Germany/1/2014(H10N7)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): Sf9 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A0A7HR51
#2: タンパク質
Hemagglutinin HA2


分子量: 20313.389 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/harbour seal/Germany/1/2014(H10N7)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): Sf9 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A0A7HR51

-
糖 , 4種, 13分子

#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 6'-sialyl-N-acetyllactosamine


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 糖鎖要素糖鎖 / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 6'-sialyl-N-acetyllactosamine
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b6-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a6-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸 / シアル酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 2分子

#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 6% PEG3350, 0.1 M MES pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→87.08 Å / Num. obs: 71930 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 5351 / CC1/2: 0.663

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D00

4d00


解像度: 3.2→87.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.845 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.805 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.636 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3364 3549 4.9 %RANDOM
Rwork0.2715 68348 --
obs0.2747 71897 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 295.77 Å2 / Biso mean: 121.0599 Å2 / Biso min: 45.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å2-0 Å2-0.38 Å2
2--0.55 Å20 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→87.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22751 0 296 2 23049
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01923537
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0220719
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9451.94531924
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.237348287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.59752940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.03524.9051101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.109153893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.10515124
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.23535
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0226443
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.024632
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it11.38911.85711796
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other11.38911.85611795
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it17.41417.77114724
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.508 228 -
Rwork0.499 5114 -
all-5342 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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