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- PDB-6tva: Crystal structure of the haemagglutinin from a transmissible H10N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tva
タイトルCrystal structure of the haemagglutinin from a transmissible H10N7 seal influenza virus isolated in Netherland in complex with avian receptor analogue, 3'-SLN
要素(Haemagglutinin ...) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-sialyl-N-acetyllactosamine / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Zhang, J. / Xiong, X. / Purkiss, A. / Walker, P. / Gamblin, S. / Skehel, J.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
The Francis Crick Institute 英国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2020
タイトル: Hemagglutinin Traits Determine Transmission of Avian A/H10N7 Influenza Virus between Mammals.
著者: Herfst, S. / Zhang, J. / Richard, M. / McBride, R. / Lexmond, P. / Bestebroer, T.M. / Spronken, M.I.J. / de Meulder, D. / van den Brand, J.M. / Rosu, M.E. / Martin, S.R. / Gamblin, S.J. / ...著者: Herfst, S. / Zhang, J. / Richard, M. / McBride, R. / Lexmond, P. / Bestebroer, T.M. / Spronken, M.I.J. / de Meulder, D. / van den Brand, J.M. / Rosu, M.E. / Martin, S.R. / Gamblin, S.J. / Xiong, X. / Peng, W. / Bodewes, R. / van der Vries, E. / Osterhaus, A.D.M.E. / Paulson, J.C. / Skehel, J.J. / Fouchier, R.A.M.
履歴
登録2020年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haemagglutinin HA1
B: Haemagglutinin HA2
C: Haemagglutinin HA1
D: Haemagglutinin HA2
E: Haemagglutinin HA1
F: Haemagglutinin HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,06315
ポリマ－164,0236
非ポリマー4,0419
水21,2941182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37210 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area57540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.580, 214.960, 77.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Haemagglutinin ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Haemagglutinin HA1


分子量: 34914.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): Sf9 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A0A7HR51
#2: タンパク質 Haemagglutinin HA2


分子量: 19759.715 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): Sf9 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A0A7HR51

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糖 , 3種, 9分子

#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 3'-sialyl-N-acetyllactosamine


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 3'-sialyl-N-acetyllactosamine
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 1182分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.03 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 26%-31% PEG600,0.1M HEPES pH 7.5 or 0.1 M tris pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→53.74 Å / Num. obs: 211775 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 1.74→1.77 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 10548 / CC1/2: 0.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D00

4d00


解像度: 1.74→53.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2153 10645 5 %RANDOM
Rwork0.2009 201066 --
obs0.2016 211711 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.64 Å2 / Biso mean: 32.8096 Å2 / Biso min: 7.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å2-0.14 Å2
2--0.07 Å2-0 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→53.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11383 0 269 1182 12834
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01911910
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0210511
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0511.95816158
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.826324510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3351470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.62624.697545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.948151959
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.161565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.21806
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022340
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3743.0075898
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3713.0075897
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1734.5087362
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.785 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 774 -
Rwork0.34 14886 -
all-15660 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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