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- PDB-6tsu: Capsid of empty GTA particle computed with C5 symmetry -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tsu
タイトルCapsid of empty GTA particle computed with C5 symmetry
要素
  • (Uncharacterized protein) x 2
  • Major capsid protein Rcc01687
キーワードVIRUS (ウイルス) / "capsid" / "jelly roll" / "spike" / "HK97"
機能・相同性Phage capsid / Phage capsid family / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Phage major capsid protein, HK97 family
機能・相同性情報
生物種Rhodobacter capsulatus DE442 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Bardy, P. / Fuzik, T. / Hrebik, D. / Pantucek, R. / Beatty, J.T. / Plevka, P.
資金援助 チェコ, 7件
組織認可番号国
Ministry of Education (Czech Republic)LQ1601 チェコ
European Regional Development FundCZ.1.05/1.1.00/02.0070 チェコ
Ministry of Education (Czech Republic)LM2011033 チェコ
Czech Science Foundation15-21631Y チェコ
Czech Science Foundation18-17810S チェコ
European Molecular Biology Organization3041 チェコ
Grant Agency of the Czech Republic18-13064S チェコ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure and mechanism of DNA delivery of a gene transfer agent.
著者: Pavol Bárdy / Tibor Füzik / Dominik Hrebík / Roman Pantůček / J Thomas Beatty / Pavel Plevka /
要旨: Alphaproteobacteria, which are the most abundant microorganisms of temperate oceans, produce phage-like particles called gene transfer agents (GTAs) that mediate lateral gene exchange. However, the ...Alphaproteobacteria, which are the most abundant microorganisms of temperate oceans, produce phage-like particles called gene transfer agents (GTAs) that mediate lateral gene exchange. However, the mechanism by which GTAs deliver DNA into cells is unknown. Here we present the structure of the GTA of Rhodobacter capsulatus (RcGTA) and describe the conformational changes required for its DNA ejection. The structure of RcGTA resembles that of a tailed phage, but it has an oblate head shortened in the direction of the tail axis, which limits its packaging capacity to less than 4,500 base pairs of linear double-stranded DNA. The tail channel of RcGTA contains a trimer of proteins that possess features of both tape measure proteins of long-tailed phages from the family Siphoviridae and tail needle proteins of short-tailed phages from the family Podoviridae. The opening of a constriction within the RcGTA baseplate enables the ejection of DNA into bacterial periplasm.
履歴
登録2019年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10565
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10565
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C5: Major capsid protein Rcc01687
X4: Major capsid protein Rcc01687
Y4: Major capsid protein Rcc01687
Z4: Major capsid protein Rcc01687
A5: Major capsid protein Rcc01687
B5: Major capsid protein Rcc01687
N4: Major capsid protein Rcc01687
R4: Major capsid protein Rcc01687
M4: Major capsid protein Rcc01687
Q4: Major capsid protein Rcc01687
O4: Major capsid protein Rcc01687
P4: Major capsid protein Rcc01687
W4: Major capsid protein Rcc01687
U4: Major capsid protein Rcc01687
T4: Major capsid protein Rcc01687
S4: Major capsid protein Rcc01687
K4: Major capsid protein Rcc01687
J4: Major capsid protein Rcc01687
V4: Major capsid protein Rcc01687
L4: Major capsid protein Rcc01687
H4: Major capsid protein Rcc01687
I4: Major capsid protein Rcc01687
A4: Major capsid protein Rcc01687
D4: Major capsid protein Rcc01687
E4: Major capsid protein Rcc01687
F4: Major capsid protein Rcc01687
G4: Major capsid protein Rcc01687
B4: Major capsid protein Rcc01687
C4: Major capsid protein Rcc01687
D2: Uncharacterized protein
F2: Uncharacterized protein
A2: Uncharacterized protein
C2: Uncharacterized protein
B2: Uncharacterized protein
E2: Uncharacterized protein
E3: Uncharacterized protein
F3: Uncharacterized protein
B3: Uncharacterized protein
D3: Uncharacterized protein
C3: Uncharacterized protein
A3: Uncharacterized protein
A1: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,354,62142
ポリマ－1,354,62142
非ポリマー00
水0
1
C5: Major capsid protein Rcc01687
X4: Major capsid protein Rcc01687
Y4: Major capsid protein Rcc01687
Z4: Major capsid protein Rcc01687
A5: Major capsid protein Rcc01687
B5: Major capsid protein Rcc01687
N4: Major capsid protein Rcc01687
R4: Major capsid protein Rcc01687
M4: Major capsid protein Rcc01687
Q4: Major capsid protein Rcc01687
O4: Major capsid protein Rcc01687
P4: Major capsid protein Rcc01687
W4: Major capsid protein Rcc01687
U4: Major capsid protein Rcc01687
T4: Major capsid protein Rcc01687
S4: Major capsid protein Rcc01687
K4: Major capsid protein Rcc01687
J4: Major capsid protein Rcc01687
V4: Major capsid protein Rcc01687
L4: Major capsid protein Rcc01687
H4: Major capsid protein Rcc01687
I4: Major capsid protein Rcc01687
A4: Major capsid protein Rcc01687
D4: Major capsid protein Rcc01687
E4: Major capsid protein Rcc01687
F4: Major capsid protein Rcc01687
G4: Major capsid protein Rcc01687
B4: Major capsid protein Rcc01687
C4: Major capsid protein Rcc01687
D2: Uncharacterized protein
F2: Uncharacterized protein
A2: Uncharacterized protein
C2: Uncharacterized protein
B2: Uncharacterized protein
E2: Uncharacterized protein
E3: Uncharacterized protein
F3: Uncharacterized protein
B3: Uncharacterized protein
D3: Uncharacterized protein
C3: Uncharacterized protein
A3: Uncharacterized protein
A1: Uncharacterized protein
x 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,773,107210
ポリマ－6,773,107210
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4

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要素

#1: タンパク質 ...
Major capsid protein Rcc01687


分子量: 40982.066 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodobacter capsulatus DE442 (バクテリア)
参照: UniProt: D5ATZ3
#2: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 9104.348 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodobacter capsulatus DE442 (バクテリア)
参照: UniProt: D5AR33
#3: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 32996.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodobacter capsulatus DE442 (バクテリア)
参照: UniProt: D5AR34

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Rhodobacter capsulatus DE442 gene transfer agent capsidCOMPLEXOblate T=3 capsid (without portal) decorated with head spikes, empty particleall0NATURAL
2Head spikeCOMPLEXprotrusion of the capsid on 5-fold vertices, composed out of base pentamer and fiber monomer#2-#31NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
115.42 MDaNO
210.08 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Rhodobacter capsulatus DE442 (バクテリア)1415160
32Rhodobacter capsulatus DE442 (バクテリア)1415160
ウイルスについての詳細
IDEntity assembly-ID中空かエンベロープを持つか単離タイプ
11YESNOSTRAINVIRUS-LIKE PARTICLE
22
天然宿主
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Rhodobacter capsulatus1061
12
ウイルス殻
IDEntity assembly-ID名称直径 (nm)三角数 (T数)
11HK97-like oblate capsid3803
12
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: G-buffer, doi: 10.1016/0003-9861(77)90508-2
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
21 mMNaCl塩化ナトリウム1
31 mMMgCl21
41 mMCaCl21
50.01 mg/mlBovine serum albuminウシ血清アルブミン1
試料濃度: 20 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 42.75 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3114
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2.1粒子像選択
2EPU2.1画像取得
4RELION2.1CTF補正
7Coot0.9モデルフィッティング
9RELION2.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION2.1分類
12RELION3３次元再構成
19PHENIX1.16モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 85271
対称性点対称性: C5 (5回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47071 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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