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- PDB-6s1i: Crystal Structure of DYRK1A with small molecule inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s1i
タイトルCrystal Structure of DYRK1A with small molecule inhibitor
要素Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1ADYRK1A
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Kinase (キナーゼ) / catalytic domain / phosphorylated (リン酸化)
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator ...histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / amyloid-beta formation / G0 and Early G1 / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cytoskeletal protein binding / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / tubulin binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / positive regulation of RNA splicing / peptidyl-threonine phosphorylation / tau protein binding / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / 概日リズム / peptidyl-tyrosine phosphorylation / : / nervous system development / actin binding / peptidyl-serine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / transcription coactivator activity / 細胞骨格 / protein kinase activity / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / 神経繊維 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 樹状突起 / positive regulation of DNA-templated transcription / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A/1B, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A/1B, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KR8 / Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Sorrell, F.J. / Henderson, S.H. / Redondo, C. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Elkins, J.M.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Mining Public Domain Data to Develop Selective DYRK1A Inhibitors.
著者: Henderson, S.H. / Sorrell, F. / Bennett, J. / Hanley, M.T. / Robinson, S. / Hopkins Navratilova, I. / Elkins, J.M. / Ward, S.E.
履歴
登録2019年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22021年8月11日Group: Advisory / Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / refine
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
D: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,17920
ポリマ－168,3264
非ポリマー2,85316
水11,656647
1
A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6744
ポリマ－42,0821
非ポリマー5933
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9646
ポリマ－42,0821
非ポリマー8835
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9646
ポリマ－42,0821
非ポリマー8835
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5764
ポリマ－42,0821
非ポリマー4943
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)244.317, 64.504, 147.586
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.740, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-653-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 135 through 147 or (resid 148...
21(chain B and (resid 135 through 147 or (resid 148...
31(chain C and (resid 135 through 147 or (resid 148...
41(chain D and (resid 135 through 211 or (resid 212...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALTYRTYR(chain A and (resid 135 through 147 or (resid 148...AA135 - 14711 - 23
12ILEILEVALVAL(chain A and (resid 135 through 147 or (resid 148...AA148 - 14924 - 25
13VALVALLYSLYS(chain A and (resid 135 through 147 or (resid 148...AA135 - 48111 - 357
14VALVALLYSLYS(chain A and (resid 135 through 147 or (resid 148...AA135 - 48111 - 357
15VALVALLYSLYS(chain A and (resid 135 through 147 or (resid 148...AA135 - 48111 - 357
16VALVALLYSLYS(chain A and (resid 135 through 147 or (resid 148...AA135 - 48111 - 357
21VALVALTYRTYR(chain B and (resid 135 through 147 or (resid 148...BB135 - 14711 - 23
22ILEILEVALVAL(chain B and (resid 135 through 147 or (resid 148...BB148 - 14924 - 25
23VALVALLYSLYS(chain B and (resid 135 through 147 or (resid 148...BB135 - 48111 - 357
24VALVALLYSLYS(chain B and (resid 135 through 147 or (resid 148...BB135 - 48111 - 357
25VALVALLYSLYS(chain B and (resid 135 through 147 or (resid 148...BB135 - 48111 - 357
26VALVALLYSLYS(chain B and (resid 135 through 147 or (resid 148...BB135 - 48111 - 357
31VALVALTYRTYR(chain C and (resid 135 through 147 or (resid 148...CC135 - 14711 - 23
32ILEILEVALVAL(chain C and (resid 135 through 147 or (resid 148...CC148 - 14924 - 25
33VALVALLYSLYS(chain C and (resid 135 through 147 or (resid 148...CC135 - 48111 - 357
34VALVALLYSLYS(chain C and (resid 135 through 147 or (resid 148...CC135 - 48111 - 357
35VALVALLYSLYS(chain C and (resid 135 through 147 or (resid 148...CC135 - 48111 - 357
36VALVALLYSLYS(chain C and (resid 135 through 147 or (resid 148...CC135 - 48111 - 357
41VALVALASNASN(chain D and (resid 135 through 211 or (resid 212...DD135 - 21111 - 87
42LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 135 through 211 or (resid 212...DD21288
43VALVALLYSLYS(chain D and (resid 135 through 211 or (resid 212...DD135 - 48111 - 357
44VALVALLYSLYS(chain D and (resid 135 through 211 or (resid 212...DD135 - 48111 - 357
45VALVALLYSLYS(chain D and (resid 135 through 211 or (resid 212...DD135 - 48111 - 357
46VALVALLYSLYS(chain D and (resid 135 through 211 or (resid 212...DD135 - 48111 - 357

-
要素

#1: タンパク質
Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A / DYRK1A / Dual specificity YAK1-related kinase / HP86 / Protein kinase minibrain homolog / hMNB


分子量: 42081.535 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-KR8 / ~{N}-methyl-~{N}-phenyl-4-pyrazolo[1,5-b]pyridazin-3-yl-pyrimidin-2-amine


分子量: 302.333 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14N6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 647 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 37% PEG400 -- 0.2M lithium sulfate -- 0.1M tris pH 8.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→110.03 Å / Num. obs: 83417 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 40.48 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 274154 / Scaling rejects: 116
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 99.8

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
2.38-2.443.40.8682058560970.6310.5541.0331.5
10.64-110.033.10.074310610130.9810.0490.08917.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4mq1

4mq1


解像度: 2.38→70.972 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2279 4184 5.1 %
Rwork0.2006 77916 -
obs0.202 82100 98.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 125.52 Å2 / Biso mean: 52.3464 Å2 / Biso min: 23.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.38→70.972 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11164 0 192 647 12003
Biso mean--61.12 47.63 -
残基数----1383
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4046X-RAY DIFFRACTION8.5TORSIONAL
12B4046X-RAY DIFFRACTION8.5TORSIONAL
13C4046X-RAY DIFFRACTION8.5TORSIONAL
14D4046X-RAY DIFFRACTION8.5TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3797-2.40670.39811280.35592434256294
2.4067-2.43510.39271320.34972537266996
2.4351-2.46480.35021390.33432519265896
2.4648-2.4960.36631240.31722513263796
2.496-2.52880.34391460.30982528267496
2.5288-2.56340.36531370.31792570270797
2.5634-2.60010.42251360.31662544268097
2.6001-2.63890.31811240.28932574269897
2.6389-2.68010.32411550.26812576273198
2.6801-2.72410.31691330.25442547268098
2.7241-2.7710.3061180.26152593271198
2.771-2.82140.31281520.25462575272798
2.8214-2.87570.28971530.2582565271898
2.8757-2.93440.31691640.25692596276099
2.9344-2.99820.27061540.22572544269899
2.9982-3.06790.23271540.22942625277999
3.0679-3.14470.22961430.21792582272599
3.1447-3.22970.25351400.22342664280499
3.2297-3.32470.23831470.21832569271699
3.3247-3.4320.25381410.20082635277699
3.432-3.55470.21051280.18122633276199
3.5547-3.6970.17681410.17322629277099
3.697-3.86530.20041550.16672600275599
3.8653-4.0690.1751310.15132664279599
4.069-4.32390.14641470.14722627277499
4.3239-4.65770.15711410.13222634277599
4.6577-5.12630.16251150.13872651276699
5.1263-5.86780.24141400.184126832823100
5.8678-7.39160.19511200.187327382858100
7.3916-71.00360.16651460.17722767291399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.62140.68140.47854.44860.25124.38260.2080.08750.01960.09220.0323-0.77020.11010.6454-0.27880.4660.03990.03550.4445-0.09820.4053-54.954516.807166.1114
21.03560.2957-0.04692.0880.82251.14030.0498-0.2008-0.02640.27050.058-0.16840.11560.0011-0.09410.43580.00130.00060.30020.03850.3225-63.99684.4517159.5472
33.51391.1626-2.27172.3757-0.96672.00060.1763-0.30131.07360.46250.02980.4896-0.7318-0.2518-0.3870.76860.06610.20140.3448-0.10110.9365-75.054920.3728153.2162
40.77460.27240.49131.6445-0.61752.06960.0146-0.0280.07020.1449-0.00250.0283-0.2225-0.1316-0.010.35790.02830.06320.27270.01740.3367-74.59689.3676142.2842
55.94573.04432.30786.08452.69758.1601-0.30020.90941.1015-0.9703-0.05630.2502-0.8888-0.4190.19970.51210.15610.10450.48250.10460.4624-83.47617.3254130.2058
65.59112.36740.99687.89526.86856.2070.05321.06112.0074-1.91690.3398-0.077-1.6837-0.7652-0.37140.6397-0.01520.04670.63320.23980.5485-70.299813.9434121.2103
70.43420.17520.27091.8502-0.4412.41260.1039-0.0868-0.16590.0504-0.05310.04610.1453-0.1602-0.05130.2655-0.03520.02150.2850.02060.3537-75.3122-5.1119142.1721
88.8156-1.6246-3.07337.31413.16995.5042-0.4269-0.2533-1.03340.790.20680.07291.0843-0.01520.38040.5566-0.02670.09330.40050.14620.4386-78.5554-11.1128153.2726
93.416-0.79890.59866.8014-0.7823.50680.0774-0.10970.43290.21910.1148-0.9235-0.31750.4637-0.15360.4831-0.0660.05620.3911-0.1230.4574-56.1041-24.4826174
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231.58213.1962-0.07032.02751.11491.8649-0.1518-0.8141-0.43721.65930.02640.8621-0.0539-0.98170.06330.5827-0.0960.1831.24310.16250.6434-142.31-20.5148198.5056
242.3084-0.37260.69232.5517-1.4325.0406-0.04070.31320.40060.05880.18660.2635-0.5896-0.3727-0.10830.47080.02010.06930.57760.10610.4291-125.3283-4.9695183.1109
253.9773-0.8317-0.28164.87471.36963.81720.57190.2858-1.2140.0214-0.16250.35280.8135-0.139-0.34830.66460.0044-0.3150.8206-0.07980.78-122.0358-20.1904116.7014
264.6964-1.95042.62072.4526-0.56712.30040.24850.9948-0.4458-0.6433-0.17020.35760.17390.36-0.0160.56040.0938-0.15460.7633-0.10750.4445-110.4354-10.6481113.7414
274.2005-1.00680.78952.84630.0651.96350.33180.3766-0.7246-0.3723-0.2660.31830.1821-0.0973-0.15360.377-0.0041-0.06260.6026-0.08990.4531-101.0328-16.9057126.1406
283.09851.5146-4.09533.5255-0.30046.47510.5621-0.26581.1178-0.2769-0.41531.2159-0.6377-0.5927-0.72350.30190.03610.05940.8670.07691.3777-111.15411.1221132.7242
292.0014-0.3951-0.26752.40470.22271.53140.1141-0.14280.00660.1264-0.15330.2681-0.0858-0.4520.03780.3637-0.04520.02410.60460.03530.3629-102.941-2.7999144.0181
303.6649-2.179-0.78322.04491.36021.9624-0.3989-0.7792-0.72170.41460.23330.37420.24550.42770.10430.4418-0.06730.02040.6540.20630.4766-93.912-16.5681149.6358
314.0058-2.09250.42772.71350.76121.40290.13420.2009-0.32320.2814-0.16070.02170.10150.0529-0.01740.3416-0.0644-0.0460.46760.04670.3975-88.4024-11.4811137.9909
328.90293.4186-3.63447.8562-1.05922.4922-0.02050.3003-0.4069-0.433-0.7256-0.56080.18681.22140.47130.45760.01270.04940.72420.05070.4214-84.4034-10.2109128.3255
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 135:216)A135 - 216
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 217:313)A217 - 313
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 314:322)A314 - 322
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 323:389)A323 - 389
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 390:408)A390 - 408
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 409:414)A409 - 414
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 415:474)A415 - 474
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 475:481)A475 - 481
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 135:197)B135 - 197
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 198:217)B198 - 217
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 218:255)B218 - 255
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 256:313)B256 - 313
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 314:322)B314 - 322
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 323:391)B323 - 391
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 392:422)B392 - 422
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 423:481)B423 - 481
17X-RAY DIFFRACTION17(chain C and resid 135:201)C135 - 201
18X-RAY DIFFRACTION18(chain C and resid 202:219)C202 - 219
19X-RAY DIFFRACTION19(chain C and resid 220:243)C220 - 243
20X-RAY DIFFRACTION20(chain C and resid 244:313)C244 - 313
21X-RAY DIFFRACTION21(chain C and resid 314:322)C314 - 322
22X-RAY DIFFRACTION22(chain C and resid 323:395)C323 - 395
23X-RAY DIFFRACTION23(chain C and resid 396:411)C396 - 411
24X-RAY DIFFRACTION24(chain C and resid 412:481)C412 - 481
25X-RAY DIFFRACTION25(chain D and resid 135:196)D135 - 196
26X-RAY DIFFRACTION26(chain D and resid 197:237)D197 - 237
27X-RAY DIFFRACTION27(chain D and resid 238:313)D238 - 313
28X-RAY DIFFRACTION28(chain D and resid 314:321)D314 - 321
29X-RAY DIFFRACTION29(chain D and resid 322:412)D322 - 412
30X-RAY DIFFRACTION30(chain D and resid 413:438)D413 - 438
31X-RAY DIFFRACTION31(chain D and resid 439:469)D439 - 469
32X-RAY DIFFRACTION32(chain D and resid 470:481)D470 - 481

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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