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- PDB-6rxu: Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaet... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 6rxu
タイトルCryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaetomium thermophilum, state B1
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 15
  • (Putative U3 small nucleolar ...) x 2
  • (U3 small nucleolar ...) x 2
  • 35S rRNA
  • Bfr2
  • Bms1
  • Emg1
  • Enp1
  • Faf1
  • Fcf2
  • Imp3
  • KRR1 small subunit processome component
  • Kre33
  • Noc4
  • Nop1
  • Nop56
  • Nop58
  • Periodic tryptophan protein 2-like protein
  • Pre-rRNA-processing protein PNO1
  • Putative U3 snoRNP protein
  • Putative ribosomal protein
  • RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
  • Ribosome biogenesis protein ENP2リボソーム生合成
  • Rrp9
  • Snu13
  • Sof1
  • U3 snoRNA
  • UTP10
  • Utp12
  • Utp13
  • Utp14
  • Utp15
  • Utp16
  • Utp17
  • Utp18
  • Utp2
  • Utp20
  • Utp24
  • Utp30
  • Utp3
  • Utp4
  • Utp5
  • Utp6
  • Utp7
  • Utp8
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / ribosome biogenesis (リボソーム生合成) / rRNA (リボソームRNA)
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / tRNA acetylation / Mpp10 complex / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA modification / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear microtubule / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / snRNA binding / box C/D snoRNP complex ...rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / tRNA acetylation / Mpp10 complex / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA modification / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear microtubule / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / snRNA binding / box C/D snoRNP complex / rRNA base methylation / U3 snoRNA binding / protein localization to nucleolus / rRNA export from nucleus / small nucleolar ribonucleoprotein complex / preribosome, small subunit precursor / 90S preribosome / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / snoRNA binding / Transferases, Acyltransferases, Transferring groups other than aminoacyl groups / 転写後修飾 / small-subunit processome / ribosomal small subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear periphery / small ribosomal subunit rRNA binding / methyltransferase activity / small ribosomal subunit / rRNA processing / リボソーム生合成 / 助触媒 / cytosolic small ribosomal subunit / ribonucleoprotein complex / リボソーム / rRNA binding / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / GTPase activity / GTP binding / 核小体 / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
Utp14 protein / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain superfamily / Ribosome biogenesis protein Bms1, N-terminal / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Protein AATF/Bfr2 / Ribosomal RNA-processing protein Rrp9-like / Ribosome biogenesis protein Bms1/Tsr1 / Fcf2/DNTTIP2 / Pre-rRNA-processing protein PNO1-like ...Utp14 protein / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain superfamily / Ribosome biogenesis protein Bms1, N-terminal / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Protein AATF/Bfr2 / Ribosomal RNA-processing protein Rrp9-like / Ribosome biogenesis protein Bms1/Tsr1 / Fcf2/DNTTIP2 / Pre-rRNA-processing protein PNO1-like / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / WD repeat-containing protein WDR46/Utp7 / Nucleolar protein 10/Enp2 / Krr1, KH1 domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Nop, C-terminal domain / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S11 superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S9/S16 / WD domain, G-beta repeat / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal family S4e / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S6e / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / Ribosomal protein S28e / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / Possible tRNA binding domain / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S15P / Ribosomal protein L1-like / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal RNA assembly KRR1 / AATF leucine zipper-containing domain / Periodic tryptophan protein 2 / Nucleolar complex protein 4 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Protein of unknown function DUF4602 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / K Homology domain, type 1 superfamily / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / Nop domain superfamily / Ribosomal protein S8 superfamily / TmcA/NAT10/Kre33 / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Bms1/Tsr1-type G domain / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / 50S ribosomal protein L30e-like / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase / Alpha/beta knot methyltransferases / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Helix hairpin bin domain superfamily / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S7e / Fibrillarin, conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / GNAT acetyltransferase 2 / Possible tRNA binding domain / Domain of unknown function (DUF4602) / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal_S17 N-terminal / Krr1 KH1 domain / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4e signature. / Fibrillarin signature. / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Bms1-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nop domain profile. / S4 RNA-binding domain profile. / Brix domain profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S7e signature. / Trp-Asp (WD) repeats signature.
40S ribosomal protein S16-like protein / S4 RNA-binding domain-containing protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S28-like protein / Ribosome biogenesis protein ENP2 ...40S ribosomal protein S16-like protein / S4 RNA-binding domain-containing protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S28-like protein / Ribosome biogenesis protein ENP2 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / DRIM domain-containing protein / Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / 40S ribosomal protein S11-like protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / Periodic tryptophan protein 2-like protein / 40S ribosomal protein S14-like protein / Uncharacterized protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / Ribonucloprotein / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S22-like protein / Putative U3 snoRNP protein / Uncharacterized protein CTHT_0071780 / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S7 / Pre-rRNA-processing protein PNO1 / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein lcp5-like protein / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein s23-like protein / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S8 / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / Nop domain-containing protein / Utp12 domain-containing protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / CBF domain-containing protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / 40S ribosomal protein S13-like protein / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein / 40S ribosomal protein s9-like protein / RNA cytidine acetyltransferase / Uncharacterized protein / Putative nucleolar protein / Uncharacterized protein / KRR1 small subunit processome component / Bms1-type G domain-containing protein / Fcf2 domain-containing protein / Sas10 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / BP28CT domain-containing protein / Uncharacterized protein / Putative ribosomal protein / 40S ribosomal protein S1 / 40S ribosomal protein s5-like protein
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Cheng, J. / Kellner, N. / Griesel, S. / Berninghausen, O. / Beckmann, R. / Hurt, E.
引用ジャーナル: Mol. Cell / : 2019
タイトル: Thermophile 90S Pre-ribosome Structures Reveal the Reverse Order of Co-transcriptional 18S rRNA Subdomain Integration.
著者: Jingdong Cheng / Jochen Baßler / Paulina Fischer / Benjamin Lau / Nikola Kellner / Ruth Kunze / Sabine Griesel / Martina Kallas / Otto Berninghausen / Daniela Strauss / Roland Beckmann / Ed Hurt /
要旨: Eukaryotic ribosome biogenesis involves RNA folding and processing that depend on assembly factors and small nucleolar RNAs (snoRNAs). The 90S (SSU-processome) is the earliest pre-ribosome ...Eukaryotic ribosome biogenesis involves RNA folding and processing that depend on assembly factors and small nucleolar RNAs (snoRNAs). The 90S (SSU-processome) is the earliest pre-ribosome structurally analyzed, which was suggested to assemble stepwise along the growing pre-rRNA from 5' > 3', but this directionality may not be accurate. Here, by analyzing the structure of a series of 90S assembly intermediates from Chaetomium thermophilum, we discover a reverse order of 18S rRNA subdomain incorporation. Large parts of the 18S rRNA 3' and central domains assemble first into the 90S before the 5' domain is integrated. This final incorporation depends on a contact between a heterotrimer Enp2-Bfr2-Lcp5 recruited to the flexible 5' domain and Kre33, which reconstitutes the Kre33-Enp-Brf2-Lcp5 module on the compacted 90S. Keeping the 5' domain temporarily segregated from the 90S scaffold could provide extra time to complete the multifaceted 5' domain folding, which depends on a distinct set of snoRNAs and processing factors.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2019年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

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  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10052
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
UA: Periodic tryptophan protein 2-like protein
UB: Utp2
UC: Utp3
UD: Utp4
UF: Utp6
UG: Utp7
UJ: UTP10
UK: U3 small nucleolar RNA-associated protein 11
UL: Utp12
UM: Utp13
UN: Utp14
UO: Utp15
UQ: Utp17
UR: Utp18
UU: Putative U3 snoRNP protein
UX: Utp24
UZ: Utp30
CA: Nop1
CB: Nop1
CC: Nop56
CD: Nop58
CE: Snu13
CF: Snu13
CG: Rrp9
CH: RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
CI: Bms1
CJ: Imp3
CK: Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein
CL: Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein
CM: Sof1
CN: Emg1
CO: Emg1
CP: KRR1 small subunit processome component
CQ: Pre-rRNA-processing protein PNO1
CR: Kre33
CS: Kre33
CT: Fcf2
Ca: 40S ribosomal protein S1
Cb: 40S ribosomal protein S4
Cc: 40S ribosomal protein s5-like protein
Cd: 40S ribosomal protein S6
Ce: 40S ribosomal protein S7
Cf: 40S ribosomal protein S8
Cg: 40S ribosomal protein s9-like protein
Ch: 40S ribosomal protein S13-like protein
Ci: 40S ribosomal protein S14-like protein
Cj: 40S ribosomal protein S16-like protein
Ck: 40S ribosomal protein S11-like protein
Cm: 40S ribosomal protein S22-like protein
Cn: 40S ribosomal protein s23-like protein
Co: 40S ribosomal protein S24
Cp: 40S ribosomal protein S28-like protein
CU: Faf1
C1: 35S rRNA
C2: U3 snoRNA
CW: Ribosome biogenesis protein ENP2
UT: Utp20
UH: Utp8
UE: Utp5
US: Noc4
Cl: Putative ribosomal protein
CX: Enp1
CY: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein lcp5-like protein
CZ: Bfr2
UI: Utp5
UP: Utp16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,503,12069
ポリマ-4,502,50766
非ポリマー6133
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

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要素

+
タンパク質・ペプチド , 40種, 45分子 UAUBUCUDUFUGUJULUMUNUOUQURUUUXUZCACBCCCDCECFCGCHCICJCMCNCOCP...

#1: タンパク質・ペプチド Periodic tryptophan protein 2-like protein


分子量: 100817.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SF93
#2: タンパク質・ペプチド Utp2


分子量: 103960.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SDW0
#3: タンパク質・ペプチド Utp3 /


分子量: 73214.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S4H3
#4: タンパク質・ペプチド Utp4


分子量: 97696.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SCT7
#5: タンパク質・ペプチド Utp6 /


分子量: 46924.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S387
#6: タンパク質・ペプチド Utp7


分子量: 63629.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0RZ99
#7: タンパク質・ペプチド UTP10


分子量: 198508.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S5L1
#9: タンパク質・ペプチド Utp12


分子量: 107573.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0RZL9
#10: タンパク質・ペプチド Utp13


分子量: 100430.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SG95
#11: タンパク質・ペプチド Utp14


分子量: 104741.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S8Y4
#12: タンパク質・ペプチド Utp15 /


分子量: 60524.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SEI5
#13: タンパク質・ペプチド Utp17


分子量: 105039.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SCS8
#14: タンパク質・ペプチド Utp18 /


分子量: 69055.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SBN9
#15: タンパク質・ペプチド Putative U3 snoRNP protein


分子量: 115122.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S872
#16: タンパク質・ペプチド Utp24


分子量: 22135.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類)
#17: タンパク質・ペプチド Utp30


分子量: 43700.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S7X0
#18: タンパク質・ペプチド Nop1


分子量: 32960.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SGY2
#19: タンパク質・ペプチド Nop56


分子量: 57830.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S2U4
#20: タンパク質・ペプチド Nop58 /


分子量: 64292.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0RYF6
#21: タンパク質・ペプチド Snu13


分子量: 13831.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SGM0
#22: タンパク質・ペプチド Rrp9 /


分子量: 69610.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SG51
#23: タンパク質・ペプチド RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein


分子量: 43399.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S0B1
#24: タンパク質・ペプチド Bms1


分子量: 134172.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S445
#25: タンパク質・ペプチド Imp3 /


分子量: 21802.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SDL4
#28: タンパク質・ペプチド Sof1


分子量: 50869.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0RY94
#29: タンパク質・ペプチド Emg1 /


分子量: 27936.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SAY9
#30: タンパク質・ペプチド KRR1 small subunit processome component / / KRR-R motif-containing protein 1


分子量: 37500.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S3V7
#31: タンパク質・ペプチド Pre-rRNA-processing protein PNO1


分子量: 28715.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S3T2
#32: タンパク質・ペプチド Kre33 / 18S rRNA cytosine acetyltransferase


分子量: 119795.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類)
参照: UniProt: G0S273, Transferases, Acyltransferases, Transferring groups other than aminoacyl groups
#33: タンパク質・ペプチド Fcf2


分子量: 22569.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S4E3
#49: タンパク質・ペプチド Faf1 /


分子量: 34576.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S5F1
#52: タンパク質・ペプチド Ribosome biogenesis protein ENP2 / リボソーム生合成


分子量: 75833.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S902
#53: タンパク質・ペプチド Utp20 /


分子量: 295278.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SHP3
#54: タンパク質・ペプチド Utp8


分子量: 102421.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: P0CT47
#55: タンパク質・ペプチド Utp5


分子量: 44663.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0RYX2
#56: タンパク質・ペプチド Noc4


分子量: 63331.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0RZL4
#57: タンパク質・ペプチド Putative ribosomal protein /


分子量: 17826.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S6J7
#58: タンパク質・ペプチド Enp1


分子量: 54319.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S5J4
#60: タンパク質・ペプチド Bfr2


分子量: 69040.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SAJ6
#61: タンパク質・ペプチド Utp16


分子量: 40726.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S612

+
U3 small nucleolar ... , 2種, 2分子 UKCY

#8: タンパク質・ペプチド U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / U3 snoRNA-associated protein 11


分子量: 31379.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SF32
#59: タンパク質・ペプチド U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein lcp5-like protein


分子量: 42625.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S7Z2

+
Putative U3 small nucleolar ... , 2種, 2分子 CKCL

#26: タンパク質・ペプチド Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein


分子量: 34216.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SE90
#27: タンパク質・ペプチド Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein


分子量: 86082.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S9I7

+
40S ribosomal protein ... , 15種, 15分子 CaCbCcCdCeCfCgChCiCjCkCmCnCoCp

#34: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S1 /


分子量: 29245.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S7T8
#35: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S4 /


分子量: 29800.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S1A6
#36: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein s5-like protein / リボソーム


分子量: 23679.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S1Z0
#37: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S6 /


分子量: 27490.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0RY43
#38: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S7 /


分子量: 23084.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S8C4
#39: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S8 /


分子量: 23102.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0RY45
#40: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein s9-like protein / リボソーム


分子量: 22029.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S0Z4
#41: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S13-like protein / リボソーム


分子量: 16912.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0RZM9
#42: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S14-like protein / リボソーム


分子量: 16071.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SFL1
#43: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S16-like protein / リボソーム


分子量: 15962.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SBR7
#44: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S11-like protein / リボソーム


分子量: 18698.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SF00
#45: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S22-like protein / リボソーム


分子量: 14905.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SHI0
#46: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein s23-like protein / リボソーム


分子量: 15934.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0RY17
#47: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S24 /


分子量: 15535.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: P0CU28
#48: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein S28-like protein / リボソーム


分子量: 7741.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S9M9

+
RNA鎖 , 2種, 2分子 C1C2

#50: RNA鎖 35S rRNA


分子量: 758475.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類)
#51: RNA鎖 U3 snoRNA


分子量: 73966.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類)

+
非ポリマー , 3種, 3分子

#62: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Zn / 亜鉛
#63: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C10H16N5O14P3 / グアノシン三リン酸 / コメント: GTP (エネルギー貯蔵分子) *YM
#64: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Mg / マグネシウム

+
詳細

Has ligand of interestN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 90S pre-ribosome, state B1 / タイプ: RIBOSOME
Entity ID: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61
由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 28 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4RELIONCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION3次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 分解能の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 343726 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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