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- PDB-6rxt: Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaet... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 6rxt
タイトルCryo-EM structure of the 90S pre-ribosome (Kre33-Noc4) from Chaetomium thermophilum, state A
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 10
  • (Putative U3 small nucleolar ...) x 2
  • 35S ribosomal RNAリボソームRNA
  • Bms1
  • Emg1
  • Enp1
  • Faf1
  • Fcf2
  • Imp3
  • KRR1 small subunit processome component
  • Kre33
  • Noc4
  • Nop1
  • Nop58
  • Periodic tryptophan protein 2-like protein
  • Pre-rRNA-processing protein PNO1
  • Putative U3 snoRNP protein
  • Putative nucleolar protein核小体
  • Putative ribosomal protein
  • RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
  • Rrp9
  • Sof1
  • U3 small nucleolar RNA-associated protein 11
  • U3 snoRNA
  • UTP10
  • Utp12
  • Utp13"
  • Utp14
  • Utp15
  • Utp16
  • Utp17
  • Utp18
  • Utp2
  • Utp24
  • Utp30
  • Utp3
  • Utp4
  • Utp5"
  • Utp6
  • Utp7
  • Utp8
  • snu13NHP2L1
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / ribosome biogenesis (リボソーム生合成) / rRNA (リボソームRNA)
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / tRNA acetylation / mRNA modification / Mpp10 complex / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA modification / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear microtubule / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / box C/D RNP complex ...rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / tRNA acetylation / mRNA modification / Mpp10 complex / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / rRNA modification / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear microtubule / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / box C/D RNP complex / snRNA binding / rRNA base methylation / protein localization to nucleolus / U3 snoRNA binding / rRNA export from nucleus / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / 90S preribosome / preribosome, small subunit precursor / snoRNA binding / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 転写後修飾 / small-subunit processome / ribosomal small subunit biogenesis / nuclear periphery / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / 助触媒 / small ribosomal subunit rRNA binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA processing / 転写後修飾 / methyltransferase activity / リボソーム生合成 / cytosolic small ribosomal subunit / ribonucleoprotein complex / small ribosomal subunit / tRNA binding / メチル化 / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / protein ubiquitination / 翻訳 (生物学) / GTPase activity / GTP binding / 核小体 / RNA binding / 生体膜 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
Ribosomal protein L1p/L10e family / TmcA/NAT10/Kre33 / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Possible tRNA binding domain / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein S28e conserved site / Helix hairpin bin domain superfamily / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase ...Ribosomal protein L1p/L10e family / TmcA/NAT10/Kre33 / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Possible tRNA binding domain / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein S28e conserved site / Helix hairpin bin domain superfamily / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase / 50S ribosomal protein L30e-like / Bms1/Tsr1-type G domain / RNA cytidine acetyltransferase NAT10 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Ribosomal protein S8 superfamily / Nop domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain superfamily / K Homology domain, type 1 superfamily / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S11 superfamily / RNA-binding S4 domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain superfamily / Ribosome biogenesis protein Bms1, N-terminal / Ribosomal RNA-processing protein Rrp9-like / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Nucleolar complex protein 4 / Fcf2/DNTTIP2 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15, C-terminal / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / RNA 3'-terminal phosphate cyclase type 2 / WD40-repeat-containing domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Sas10 C-terminal domain / WD40 repeat, conserved site / Periodic tryptophan protein 2 / G-protein beta WD-40 repeat / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S7, conserved site / Fibrillarin, conserved site / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10, N-terminal / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S15P / Ribosomal protein L1-like / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / Ribosomal RNA assembly KRR1 / Ribosome biogenesis protein Bms1/Tsr1 / Pre-rRNA-processing protein PNO1-like / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Sas10/Utp3/C1D family / Ribosomal protein S15 / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S28e / Dip2/Utp12 Family / Nop14-like family / Sas10 C-terminal domain / Ribosomal protein S7p/S5e / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / BING4CT (NUC141) domain / BP28CT (NUC211) domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / Utp11 protein / Utp13 specific WD40 associated domain / Utp14 protein / UTP15 C terminal / U3 snoRNA associated / CBF/Mak21 family / Utp21 specific WD40 associated putative domain / Ribosomal protein S7e / Ribosomal S3Ae family / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / AARP2CN (NUC121) domain / WD repeat-containing protein WDR46/Utp7 / Krr1, KH1 domain / Nop, C-terminal domain / Fibrillarin / snoRNA binding domain, fibrillarin / NOP5NT (NUC127) domain / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / WD domain, G-beta repeat / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase (RTC), insert domain / 40S ribosome biogenesis protein Tsr1 and BMS1 C-terminal / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Bystin / S4 domain / Brix domain / Mpp10 protein / Sof1-like domain
40S ribosomal protein s5-like protein / 40S ribosomal protein s9-like protein / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein / 40S ribosomal protein s23-like protein / DDB1- and CUL4-associated factor 13 / RNA cytidine acetyltransferase / 40S ribosomal protein S13-like protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / Nucleolar protein 58 / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein ...40S ribosomal protein s5-like protein / 40S ribosomal protein s9-like protein / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein / 40S ribosomal protein s23-like protein / DDB1- and CUL4-associated factor 13 / RNA cytidine acetyltransferase / 40S ribosomal protein S13-like protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / Nucleolar protein 58 / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / Utp12 domain-containing protein / CBF domain-containing protein / Putative ribosomal protein / Uncharacterized protein / Nucleolar protein 58 / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein / Uncharacterized protein / S4 RNA-binding domain-containing protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / 40S ribosomal protein S16-like protein / Uncharacterized protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / 40S ribosomal protein S28-like protein / Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S7 / Putative U3 snoRNP protein / Uncharacterized protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / Periodic tryptophan protein 2-like protein / 40S ribosomal protein S1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / Pre-rRNA-processing protein PNO1 / KRR1 small subunit processome component / Bms1-type G domain-containing protein / Fcf2 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S14-like protein / Uncharacterized protein CTHT_0071780 / 40S ribosomal protein S22-like protein / Histone-glutamine methyltransferase / Ribonucloprotein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / Uncharacterized protein / Sas10 domain-containing protein
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7 Å
データ登録者Cheng, J. / Kellner, N. / Griesel, S. / Berninghausen, O. / Beckmann, R. / Hurt, E.
引用ジャーナル: Mol Cell / : 2019
タイトル: Thermophile 90S Pre-ribosome Structures Reveal the Reverse Order of Co-transcriptional 18S rRNA Subdomain Integration.
著者: Jingdong Cheng / Jochen Baßler / Paulina Fischer / Benjamin Lau / Nikola Kellner / Ruth Kunze / Sabine Griesel / Martina Kallas / Otto Berninghausen / Daniela Strauss / Roland Beckmann / Ed Hurt /
要旨: Eukaryotic ribosome biogenesis involves RNA folding and processing that depend on assembly factors and small nucleolar RNAs (snoRNAs). The 90S (SSU-processome) is the earliest pre-ribosome ...Eukaryotic ribosome biogenesis involves RNA folding and processing that depend on assembly factors and small nucleolar RNAs (snoRNAs). The 90S (SSU-processome) is the earliest pre-ribosome structurally analyzed, which was suggested to assemble stepwise along the growing pre-rRNA from 5' > 3', but this directionality may not be accurate. Here, by analyzing the structure of a series of 90S assembly intermediates from Chaetomium thermophilum, we discover a reverse order of 18S rRNA subdomain incorporation. Large parts of the 18S rRNA 3' and central domains assemble first into the 90S before the 5' domain is integrated. This final incorporation depends on a contact between a heterotrimer Enp2-Bfr2-Lcp5 recruited to the flexible 5' domain and Kre33, which reconstitutes the Kre33-Enp-Brf2-Lcp5 module on the compacted 90S. Keeping the 5' domain temporarily segregated from the 90S scaffold could provide extra time to complete the multifaceted 5' domain folding, which depends on a distinct set of snoRNAs and processing factors.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2019年6月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10051
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
UA: Periodic tryptophan protein 2-like protein
UB: Utp2
UC: Utp3
UD: Utp4
UF: Utp6
UG: Utp7
UJ: UTP10
UK: U3 small nucleolar RNA-associated protein 11
UL: Utp12
UM: Utp13"
UN: Utp14
UO: Utp15
UQ: Utp17
UR: Utp18
UU: Putative U3 snoRNP protein
UX: Utp24
UZ: Utp30
CA: Nop1
CB: Nop1
CC: Putative nucleolar protein
CD: Nop58
CE: snu13
CF: snu13
CG: Rrp9
CH: RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
CI: Bms1
CJ: Imp3
CK: Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein
CL: Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein
CM: Sof1
CN: Emg1
CO: Emg1
CP: KRR1 small subunit processome component
CQ: Pre-rRNA-processing protein PNO1
CR: Kre33
CS: Kre33
CT: Fcf2
Ca: 40S ribosomal protein S1
Cc: 40S ribosomal protein s5-like protein
Ce: 40S ribosomal protein S7
Cg: 40S ribosomal protein s9-like protein
Ch: 40S ribosomal protein S13-like protein
Ci: 40S ribosomal protein S14-like protein
Cj: 40S ribosomal protein S16-like protein
Cm: 40S ribosomal protein S22-like protein
Cn: 40S ribosomal protein s23-like protein
Cp: 40S ribosomal protein S28-like protein
CU: Faf1
C1: 35S ribosomal RNA
C2: U3 snoRNA
UH: Utp8
UE: Utp5"
US: Noc4
Cl: Putative ribosomal protein
CX: Enp1
UI: Utp5"
UP: Utp16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,905,71460
ポリマ-3,905,10157
非ポリマー6133
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: immunoprecipitation
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area406150 Å2
ΔGint-2424 kcal/mol
Surface area900240 Å2
手法PISA

-
要素

+
タンパク質 , 38種, 43分子 UAUBUCUDUFUGUJUKULUMUNUOUQURUUUXUZCACBCCCDCECFCGCHCICJCMCNCO...

#1: タンパク質 Periodic tryptophan protein 2-like protein


分子量: 100817.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SF93
#2: タンパク質 Utp2


分子量: 103960.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SDW0
#3: タンパク質 Utp3 /


分子量: 73214.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S4H3
#4: タンパク質 Utp4


分子量: 97696.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SCT7
#5: タンパク質 Utp6 /


分子量: 46924.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S387
#6: タンパク質 Utp7


分子量: 63629.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0RZ99
#7: タンパク質 UTP10


分子量: 198508.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S5L1
#8: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / U3 snoRNA-associated protein 11


分子量: 31379.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SF32
#9: タンパク質 Utp12


分子量: 107573.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0RZL9
#10: タンパク質 Utp13"


分子量: 100430.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SG95
#11: タンパク質 Utp14


分子量: 104741.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S8Y4
#12: タンパク質 Utp15 /


分子量: 60524.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SEI5
#13: タンパク質 Utp17


分子量: 105039.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SCS8
#14: タンパク質 Utp18 /


分子量: 69055.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SBN9
#15: タンパク質 Putative U3 snoRNP protein


分子量: 115122.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S872
#16: タンパク質 Utp24


分子量: 22135.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類)
#17: タンパク質 Utp30


分子量: 43700.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S7X0
#18: タンパク質 Nop1


分子量: 32960.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SGY2
#19: タンパク質 Putative nucleolar protein / 核小体


分子量: 57830.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S2U4
#20: タンパク質 Nop58 /


分子量: 64292.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0RYF6
#21: タンパク質 snu13 / NHP2L1


分子量: 13831.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SGM0
#22: タンパク質 Rrp9 /


分子量: 69610.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SG51
#23: タンパク質 RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein


分子量: 43399.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S0B1
#24: タンパク質 Bms1


分子量: 134172.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S445
#25: タンパク質 Imp3 /


分子量: 21802.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SDL4
#28: タンパク質 Sof1


分子量: 50869.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0RY94
#29: タンパク質 Emg1 /


分子量: 27936.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SAY9
#30: タンパク質 KRR1 small subunit processome component / / KRR-R motif-containing protein 1


分子量: 37500.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S3V7
#31: タンパク質 Pre-rRNA-processing protein PNO1


分子量: 28715.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S3T2
#32: タンパク質 Kre33


分子量: 119795.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類)
参照: UniProt: G0S273, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#33: タンパク質 Fcf2


分子量: 22569.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S4E3
#44: タンパク質 Faf1 /


分子量: 34576.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S5F1
#47: タンパク質 Utp8


分子量: 102421.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: P0CT47
#48: タンパク質 Utp5"


分子量: 44663.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0RYX2
#49: タンパク質 Noc4


分子量: 63331.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0RZL4
#50: タンパク質 Putative ribosomal protein /


分子量: 17826.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S6J7
#51: タンパク質 Enp1


分子量: 54319.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S5J4
#52: タンパク質 Utp16


分子量: 40726.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S612

+
Putative U3 small nucleolar ... , 2種, 2分子 CKCL

#26: タンパク質 Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein


分子量: 34216.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SE90
#27: タンパク質 Putative U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein


分子量: 86082.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S9I7

+
40S ribosomal protein ... , 10種, 10分子 CaCcCeCgChCiCjCmCnCp

#34: タンパク質 40S ribosomal protein S1 /


分子量: 29245.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S7T8
#35: タンパク質 40S ribosomal protein s5-like protein / リボソーム


分子量: 23679.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S1Z0
#36: タンパク質 40S ribosomal protein S7 /


分子量: 23084.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S8C4
#37: タンパク質 40S ribosomal protein s9-like protein / リボソーム


分子量: 22029.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S0Z4
#38: タンパク質 40S ribosomal protein S13-like protein / リボソーム


分子量: 16912.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0RZM9
#39: タンパク質 40S ribosomal protein S14-like protein / リボソーム


分子量: 16071.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SFL1
#40: タンパク質 40S ribosomal protein S16-like protein / リボソーム


分子量: 15962.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SBR7
#41: タンパク質 40S ribosomal protein S22-like protein / リボソーム


分子量: 14905.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0SHI0
#42: タンパク質 40S ribosomal protein s23-like protein / リボソーム


分子量: 15934.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0RY17
#43: タンパク質 40S ribosomal protein S28-like protein / リボソーム


分子量: 7741.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類) / 参照: UniProt: G0S9M9

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RNA鎖 , 2種, 2分子 C1C2

#45: RNA鎖 35S ribosomal RNA / リボソームRNA


分子量: 758475.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類)
#46: RNA鎖 U3 snoRNA


分子量: 73966.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetomium thermophilum (菌類)

+
非ポリマー , 3種, 3分子

#53: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION / 亜鉛


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#54: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#55: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン / マグネシウム


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 90S pre-ribosome, state A / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#52 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 28 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4RELIONCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8415 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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