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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ru5 | |||||||||
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タイトル | human complement C3 in complex with the hC3Nb1 nanobody | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / innate immunity (自然免疫系) / complement C3 / antibody (抗体) / nanobody (ナノボディ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oviduct epithelium development / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway ...oviduct epithelium development / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of phagocytosis, engulfment / complement receptor mediated signaling pathway / Activation of C3 and C5 / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of glucose transmembrane transport / 補体依存性細胞傷害 / complement activation, alternative pathway / 補体 / neuron remodeling / endopeptidase inhibitor activity / amyloid-beta clearance / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / complement activation, classical pathway / Peptide ligand-binding receptors / fatty acid metabolic process / Regulation of Complement cascade / response to bacterium / Post-translational protein phosphorylation / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of angiogenesis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / azurophil granule lumen / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / G alpha (i) signalling events / secretory granule lumen / blood microparticle / 免疫応答 / 炎症 / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / 小胞体 / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / 細胞膜 / シグナル伝達 / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Lama glama (ラマ) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Jensen, R.K. / Andersen, G.R. | |||||||||
資金援助 | デンマーク, 1件
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引用 | ジャーナル: Front Immunol / 年: 2019 タイトル: Structural Basis for Properdin Oligomerization and Convertase Stimulation in the Human Complement System. 著者: Pedersen, D.V. / Gadeberg, T.A.F. / Thomas, C. / Wang, Y. / Joram, N. / Jensen, R.K. / Mazarakis, S.M.M. / Revel, M. / El Sissy, C. / Petersen, S.V. / Lindorff-Larsen, K. / Thiel, S. / ...著者: Pedersen, D.V. / Gadeberg, T.A.F. / Thomas, C. / Wang, Y. / Joram, N. / Jensen, R.K. / Mazarakis, S.M.M. / Revel, M. / El Sissy, C. / Petersen, S.V. / Lindorff-Larsen, K. / Thiel, S. / Laursen, N.S. / Fremeaux-Bacchi, V. / Andersen, G.R. #1: ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2019 タイトル: Crystal structure of peptide-bound neprilysin reveals key binding interactions. 著者: Moss, S. / Subramanian, V. / Acharya, K.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ru5.cif.gz | 761.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ru5.ent.gz | 604.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ru5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/6ru5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/6ru5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 71392.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 113169.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: The alpha-prime chain of human C3b / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024 |
#3: 抗体 | 分子量: 14345.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#5: 糖 | ChemComp-NAG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.54 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM HEPES pH 7.2, 1.75 % (w/v) PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97625 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.7→48.25 Å / Num. obs: 179495 / % possible obs: 97.32 % / 冗長度: 5.9 % / Net I/σ(I): 6.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.7→3.832 Å / Num. unique obs: 5016 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2A73 解像度: 3.9→48.25 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.9→48.25 Å
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