PDB-6rb4: Crystal structure of the Pri1 subunit of human primase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rb4

タイトル

Crystal structure of the Pri1 subunit of human primase

要素

DNA primase small subunit

DNAプライマーゼ

キーワード

REPLICATION (DNA複製) /

Primase (DNAプライマーゼ) /

DNA-dependent RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) /

ATP (アデノシン三リン酸) / priming

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA primase AEP /

ribonucleotide binding / DNA replication initiation / Telomere C-strand synthesis initiation / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / Polymerase switching / alpha DNA polymerase:primase complex / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate /

DNA primase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Kilkenny, M.L. / Pellegrini, L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for Inhibition of Human Primase by Arabinofuranosyl Nucleoside Analogues Fludarabine and Vidarabine.
著者: Holzer, S. / Rzechorzek, N.J. / Short, I.R. / Jenkyn-Bedford, M. / Pellegrini, L. / Kilkenny, M.L.

履歴

登録	2019年4月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rb4.cif.gz	181.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rb4.ent.gz	143.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rb4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/6rb4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/6rb4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6r4sC 6r4tC 6r4uC 6r5dC 6r5eC 4bpuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6r4s-1 6r5e-2 6r4t-2 5jd3-9 4jko-d 6r4s-2 4xpu-d 6orf-1 4i2y-1 5jd3-12 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (4) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (1) #236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (4)
#47 - 2003年11月
シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (1)
#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA primase small subunit

ヘテロ分子

49 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.659, 78.659, 148.335
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	DNA primase small subunit / DNAプライマーゼ / DNA primase 49 kDa subunit / p49 分子量: 48720.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRIM1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 参照: UniProt: P49642, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.76 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100mM Bis Tris propane pH 6.5, 24 % PEG 3350, 150 mM NaF

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→44.5 Å / Num. obs: 75113 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.02722 / Net I/σ(I): 15.76
反射シェル	解像度: 1.5→1.554 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.5433 / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / Num. unique obs: 7355 / CC_1/2: 0.655 / % possible all: 99.35

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
PHENIX		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BPU

4bpu

解像度: 1.5→44.498 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.96

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2148	3785	5.04 %
R_work	0.1929	-	-
obs	0.1941	75090	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→44.498 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3260	0	17	465	3742

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3485
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.844	4717
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.962	2111
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	492
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	608

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.519	0.4178	152	0.3717	2558	X-RAY DIFFRACTION	98
1.519-1.539	0.3724	131	0.3648	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.539-1.5601	0.3959	120	0.3285	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5601-1.5824	0.3262	118	0.3126	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5824-1.606	0.2942	151	0.2884	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.606-1.6311	0.3526	143	0.2841	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6311-1.6578	0.2749	137	0.2721	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6578-1.6864	0.2805	134	0.2711	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6864-1.7171	0.3211	135	0.259	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7171-1.7501	0.2851	155	0.2594	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7501-1.7858	0.2488	123	0.2467	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7858-1.8246	0.2975	143	0.2384	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8246-1.8671	0.2534	139	0.2452	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8671-1.9138	0.2979	137	0.2333	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9138-1.9655	0.2597	150	0.2326	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9655-2.0234	0.2567	136	0.2151	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0234-2.0887	0.236	135	0.2015	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0887-2.1633	0.2383	138	0.199	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1633-2.2499	0.2457	127	0.1972	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2499-2.3523	0.2047	143	0.1838	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3523-2.4763	0.2003	139	0.1834	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4763-2.6315	0.2047	166	0.1772	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6315-2.8346	0.217	143	0.1769	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8346-3.1198	0.2029	144	0.1745	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1198-3.5711	0.1983	152	0.1673	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5711-4.4985	0.1615	145	0.1445	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4985-44.5175	0.1575	149	0.1781	2914	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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