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万見
- PDB-6q3u: Gly52Ala mutant of arginine-bound ArgBP from T. maritima -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q3u
タイトルGly52Ala mutant of arginine-bound ArgBP from T. maritima
要素Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Gly52Ala mutation / protein stability (フォールディング) / local strains / helix insertion motif
機能・相同性Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / ligand-gated monoatomic ion channel activity / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / 生体膜 / アルギニン / Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein
機能・相同性情報
生物種Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Balasco, N. / Smaldone, G. / Ruggiero, A. / Vitagliano, L.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: The characterization of Thermotoga maritima Arginine Binding Protein variants demonstrates that minimal local strains have an important impact on protein stability.
著者: Balasco, N. / Smaldone, G. / Vigorita, M. / Del Vecchio, P. / Graziano, G. / Ruggiero, A. / Vitagliano, L.
履歴
登録2018年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8583
ポリマ－23,5871
非ポリマー2712
水4,900272
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area180 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.572, 52.238, 59.889
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-586-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein


分子量: 23587.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (テルモトガ・マリティマ)
遺伝子: TM_0593 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZ62
#2: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン / アルギニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M TRIS hydrochloride buffer pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 30030 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 30.3
反射 シェル解像度: 1.64→1.7 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GGV

6ggv


解像度: 1.64→14.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.585 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18923 1512 5 %RANDOM
Rwork0.16334 ---
obs0.16466 28469 96.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 15.561 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0.01 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.64→14.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1662 0 17 272 1951
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0191726
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2341.9872336
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94333942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4365218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.5462475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.1615315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.6331513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021922
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02367
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4031.243866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4041.243865
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9541.861083
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9531.861084
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7431.58860
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7461.577856
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1212.2221247
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.10311.9082098
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.77511.0681972
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.644→1.686 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 99 -
Rwork0.209 1807 -
obs--84.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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