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- PDB-6gz2: Crystal Structure of the LeuO Effector Binding Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gz2
タイトルCrystal Structure of the LeuO Effector Binding Domain
要素HTH-type transcriptional regulator LeuO
キーワードTRANSCRIPTION / LTTR / Transcription Factor
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / HTH-type transcriptional regulator LeuO
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Fragel, S. / Montada, A.M. / Baumann, U. / Schacherl, M. / Schnetz, K.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationSCHN371/10-2 ドイツ
German Research FoundationSCHN371/11-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Characterization of the pleiotropic LysR-type transcription regulator LeuO of Escherichia coli.
著者: Fragel, S.M. / Montada, A. / Heermann, R. / Baumann, U. / Schacherl, M. / Schnetz, K.
履歴
登録2018年7月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator LeuO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0932
ポリマ－24,9911
非ポリマー1021
水52229
1
A: HTH-type transcriptional regulator LeuO
ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional regulator LeuO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1874
ポリマ－49,9832
非ポリマー2042
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area17540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.990, 88.770, 97.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator LeuO


分子量: 24991.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: LeuO Effector Binding Domain S120 D mutant orthorhombic form
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: leuO, b0076, JW0075 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10151
#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.4 M Sodium malonate pH 7.0, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→54.028 Å / Num. obs: 21191 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 35.2 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 1.94→1.97 Å / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 1.67 / Num. unique obs: 1039 / CC1/2: 0.77 / Rpim(I) all: 0.505 / Rrim(I) all: 1.747 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3211)精密化
DIALSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→54.02 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 29.15
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2332 1090 5.15 %RANDOM
Rwork0.2093 ---
obs0.2106 21174 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→54.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1643 0 7 29 1679
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051698
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5652304
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2551020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044253
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003296
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9401-2.02840.3631360.35452471X-RAY DIFFRACTION100
2.0284-2.13530.33631340.31462457X-RAY DIFFRACTION100
2.1353-2.26910.29691120.26362504X-RAY DIFFRACTION100
2.2691-2.44430.27291470.24212483X-RAY DIFFRACTION100
2.4443-2.69030.21891330.23812496X-RAY DIFFRACTION100
2.6903-3.07960.27361290.23252519X-RAY DIFFRACTION100
3.0796-3.87980.21321560.19492510X-RAY DIFFRACTION100
3.8798-54.04540.20071430.16872644X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.05641.09150.47665.76541.74843.41210.03760.199-1.25720.1130.223-0.61870.3871-0.0493-0.16860.3171-0.049-0.03340.32940.01790.805122.1818-13.361715.5313
24.90513.0111.07788.22735.04584.0917-0.63120.95420.2751-1.16770.44710.9436-0.6208-0.05960.06420.5352-0.0961-0.06670.53850.16390.554915.4529-3.38068.5343
34.9681-1.0131-0.70594.53230.38013.6226-0.03140.05710.8794-0.11240.1469-0.0799-0.3629-0.1331-0.08690.28430.00720.0380.2360.00550.556627.5512.629418.6434
42.54711.5738-0.43625.16271.32341.8703-0.276-0.08820.4717-0.31290.13880.9609-0.2732-0.31230.18310.28050.03070.02320.34080.07560.565917.81233.905618.9038
54.3279-0.3267-0.39097.42480.96244.8396-0.40330.1161-0.18050.13840.18350.94130.4255-0.24050.3110.4293-0.14550.07780.46230.06440.713410.7547-14.690616.1531
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 112 through 152 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 153 through 191 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 192 through 266 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 267 through 294 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 297 through 316 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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