PDB-5zhq: Crystal structure of Scylla paramamosain arginine kinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zhq

タイトル

Crystal structure of Scylla paramamosain arginine kinase

要素

Arginine kinase

キーワード

ALLERGEN / Food allergy / sea food allergy / arginine kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

arginine kinase / arginine kinase activity / phosphocreatine biosynthetic process / creatine kinase activity / IgE binding / phosphorylation / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Scylla paramamosain (甲殻類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.002 Å

データ登録者

Yang, Y. / Jin, T.C. / Liu, G.M.

引用

ジャーナル: Food Chem / 年: 2019
タイトル: Crystal structure determination of Scylla paramamosain arginine kinase, an allergen that may cause cross-reactivity among invertebrates.
著者: Yang, Y. / Liu, G.Y. / Yang, H. / Hu, M.J. / Cao, M.J. / Su, W.J. / Jin, T. / Liu, G.M.

履歴

登録	2018年3月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月28日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zhq.cif.gz	293.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zhq.ent.gz	241.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zhq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zhq_validation.pdf.gz	445.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zhq_full_validation.pdf.gz	448.3 KB	表示
XML形式データ	5zhq_validation.xml.gz	25 KB	表示
CIF形式データ	5zhq_validation.cif.gz	33.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/5zhq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/5zhq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4am1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6vkq-4 6gz2-1 5oe3-3 5a5h-3 1m5r-1 3udq-d 6z4z-3 4fm7-d 4i0e-d 4b11-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Arginine kinase

B: Arginine kinase

ヘテロ分子

81.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Arginine kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
40.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Arginine kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.720, 136.720, 145.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Arginine kinase 分子量: 40300.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Scylla paramamosain (甲殻類) / 参照: UniProt: H6UKS0, UniProt: H6VGI3*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.87 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 2.5 M Ammonium Sulfate, 0.1 M MES pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 190 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 30704 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 5 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 18.35
反射シェル	解像度: 3→3.08 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / Num. unique obs: 2292 / CC_1/2: 0.559 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4AM1

4am1

解像度: 3.002→45.969 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.73

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2279	3063	9.98 %
R_work	0.1784	-	-
obs	0.1832	30686	95.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.002→45.969 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5622	0	40	0	5662

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5801
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.839	7818
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.636	4876
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	844
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1012

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0023-3.0492	0.4283	137	0.3745	1264	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0492-3.0992	0.3816	144	0.3146	1266	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0992-3.1526	0.3429	136	0.3016	1248	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1526-3.2099	0.3427	143	0.2908	1257	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2099-3.2716	0.3617	144	0.2726	1262	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2716-3.3384	0.3202	135	0.2672	1267	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3384-3.411	0.3002	134	0.262	1244	X-RAY DIFFRACTION	97
3.411-3.4903	0.2985	142	0.2193	1262	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4903-3.5775	0.259	143	0.2079	1260	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5775-3.6742	0.2598	136	0.2081	1249	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6742-3.7823	0.2798	140	0.189	1258	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7823-3.9043	0.2364	136	0.1845	1250	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9043-4.0438	0.2408	138	0.1781	1252	X-RAY DIFFRACTION	96
4.0438-4.2056	0.2129	138	0.1647	1246	X-RAY DIFFRACTION	96
4.2056-4.3968	0.1929	142	0.1475	1250	X-RAY DIFFRACTION	96
4.3968-4.6284	0.1741	128	0.1373	1252	X-RAY DIFFRACTION	95
4.6284-4.9181	0.1864	138	0.1371	1250	X-RAY DIFFRACTION	96
4.9181-5.2973	0.1806	142	0.1459	1247	X-RAY DIFFRACTION	95
5.2973-5.8295	0.2298	139	0.1616	1254	X-RAY DIFFRACTION	95
5.8295-6.6708	0.2335	141	0.1729	1260	X-RAY DIFFRACTION	94
6.6708-8.3962	0.2089	144	0.1683	1253	X-RAY DIFFRACTION	94
8.3962-45.9742	0.1885	143	0.1556	1272	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 18.3703 Å / Origin y: -63.0598 Å / Origin z: 11.6548 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.6436 Å²	-0.0303 Å²	0.0477 Å²	-	1.0373 Å²	0.1837 Å²	-	-	0.762 Å²
L	1.1055 °²	-0.5165 °²	0.8597 °²	-	0.3129 °²	-0.099 °²	-	-	0.4334 °²
S	-0.0191 Å °	0.2013 Å °	0.0078 Å °	-0.0916 Å °	-0.0362 Å °	0.0141 Å °	0.112 Å °	0.1787 Å °	0.0463 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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