PDB-6pfc: Crystal structure of TS-DHFR from Cryptosporidium hominis in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pfc

タイトル

Crystal structure of TS-DHFR from Cryptosporidium hominis in complex with NADPH, FdUMP and 2-(2-(4-((2-amino-4-oxo-4,7-dihydro-3H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)methyl)benzamido)-4-methoxyphenyl)acetic acid

要素

Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Inhibitor / TS / TS-DHFR /

TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process /

dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process /

メチル化
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.689 Å

データ登録者

Czyzyk, D.J. / Valhondo, M. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI083146	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	5T32AI007404	米国

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure activity relationship towards design of cryptosporidium specific thymidylate synthase inhibitors.
著者: Czyzyk, D.J. / Valhondo, M. / Deiana, L. / Tirado-Rives, J. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S.

履歴

登録	2019年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pfc.cif.gz	528.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pfc.ent.gz	434 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pfc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/6pfc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/6pfc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6pf3C 6pf4C 6pf5C 6pf6C 6pf7C 6pf8C 6pf9C 6pfaC 6pfbC 6pfdC 6pfeC 6pffC 6pfgC 6pfhC 6pfiC 4q0eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3dl6-3 6pff-2 3hj3-2 6pfb-3 6pf9-3 6ojs-2 3dl5-2 6pfd-3 4ky8-2 6pf7-1 6pfe-2 4ky8-1 2oip-3 6pfg-3 6pf7-3 6pfh-3 6pfd-2 6pff-1 6pfi-2 6pf8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (8) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

C: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

D: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

E: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

311 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

D: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

E: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	214.982, 117.116, 221.798
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.26, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質	Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase 分子量: 60262.520 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム) 遺伝子: CHUDEA4_4460 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PA-414 / 参照: UniProt: A0A0S4TER9

#1: タンパク質

Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

分子量: 60262.520 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム)
遺伝子: CHUDEA4_4460 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PA-414 / 参照: UniProt: A0A0S4TER9

-
非ポリマー , 5種, 284分子

#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸分子量: 745.421 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-UFP / 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / FdUMP / Fluorodeoxyuridylate タイプ: DNA linking / 分子量: 326.172 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂FN₂O₈P / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-OED / [2-({4-[(2-amino-4-oxo-4,7-dihydro-3H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)methyl]benzene-1-carbonyl}amino)-4-methoxyphenyl]acetic acid 分子量: 447.443 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₁N₅O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-MTX / METHOTREXATE / メトトレキサ-ト / メトトレキサート分子量: 454.439 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₂N₈O₅ / コメント: 化学療法薬*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.1 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Well solution 14 % PEG 6000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.06 M lithium sulfate, 0.1 M Tris Drop ratio 2:1 enzyme mix/well solution

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.689→50 Å / Num. obs: 150400 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.992 / R_sym value: 0.132 / Net I/σ(I): 8.35
反射シェル	解像度: 2.689→2.85 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / Num. unique obs: 23082 / CC_1/2: 0.733 / R_sym value: 0.996 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15.2_3472: 000)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Q0E

4q0e

解像度: 2.689→49.556 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.35

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2396	7515	5 %
R_work	0.2125	-	-
obs	0.2138	150241	98.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.689→49.556 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20379	0	675	264	21318

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	21579
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.481	29305
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.953	12578
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	3119
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3727

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6894-2.7199	0.4075	188	0.4253	3571	X-RAY DIFFRACTION	74
2.7199-2.7519	0.4179	249	0.3618	4718	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7519-2.7855	0.3961	253	0.3585	4829	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7855-2.8207	0.3784	247	0.3384	4677	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8207-2.8578	0.3607	254	0.3153	4805	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8578-2.897	0.3426	249	0.2979	4723	X-RAY DIFFRACTION	100
2.897-2.9384	0.3675	253	0.3058	4805	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9384-2.9822	0.3423	253	0.304	4811	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9822-3.0288	0.3162	248	0.2618	4712	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0288-3.0785	0.29	253	0.2523	4807	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0785-3.1315	0.2813	252	0.2545	4771	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1315-3.1885	0.2743	250	0.2605	4747	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1885-3.2498	0.3069	253	0.2609	4812	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2498-3.3161	0.2796	254	0.2601	4821	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3161-3.3882	0.303	251	0.2609	4771	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3882-3.467	0.2894	252	0.2511	4784	X-RAY DIFFRACTION	99
3.467-3.5537	0.2564	253	0.2371	4800	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5537-3.6497	0.2602	252	0.2258	4787	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6497-3.7571	0.2562	252	0.2246	4795	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7571-3.8783	0.2379	252	0.202	4783	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8783-4.0169	0.2248	252	0.2043	4786	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0169-4.1776	0.2127	253	0.1873	4820	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1776-4.3676	0.2103	255	0.1679	4843	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3676-4.5978	0.1747	252	0.1598	4778	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5978-4.8856	0.1821	254	0.1597	4851	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8856-5.2624	0.191	253	0.1671	4805	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2624-5.7913	0.219	255	0.1856	4846	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7913-6.6276	0.213	255	0.1926	4844	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6276-8.3436	0.1861	257	0.1658	4890	X-RAY DIFFRACTION	100
8.3436-49.5639	0.1556	261	0.1599	4934	X-RAY DIFFRACTION	99

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