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- PDB-6p7v: Structure of the K. lactis CBF3 core -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p7v
タイトルStructure of the K. lactis CBF3 core
要素
  • Cep3Barrhead Airport
  • Ctf13
  • Skp1
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / yeast centromere-binding complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / zinc ion binding / integral component of membrane / 細胞核
Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B, C-terminal / Skp1 family, dimerisation domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / SKP1 component, POZ domain / S-phase kinase-associated protein 1 ...Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B, C-terminal / Skp1 family, dimerisation domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / SKP1 component, POZ domain / S-phase kinase-associated protein 1 / Skp1 family, tetramerisation domain / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain
Centromere-associated factor / KLLA0F13816p / KLLA0D09977p
生物種Kluyveromyces lactis (酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Lee, P.D. / Wei, H. / Tan, D. / Harrison, S.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号
Howard Hughes Medical Institute 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / : 2019
タイトル: Structure of the Centromere Binding Factor 3 Complex from Kluyveromyces lactis.
著者: Phong D Lee / Hui Wei / Dongyan Tan / Stephen C Harrison /
要旨: Kinetochores are the multiprotein complexes that link chromosomal centromeres to mitotic-spindle microtubules. Budding yeast centromeres comprise three sequential "centromere-determining elements", ...Kinetochores are the multiprotein complexes that link chromosomal centromeres to mitotic-spindle microtubules. Budding yeast centromeres comprise three sequential "centromere-determining elements", CDEI, II, and III. CDEI (8 bp) and CDEIII (~25 bp) are conserved between Kluyveromyces lactis and Saccharomyces cerevisiae, but CDEII in the former is twice as long (160 bp) as CDEII in the latter (80 bp). The CBF3 complex recognizes CDEIII and is required for assembly of a centromeric nucleosome, which in turn recruits other kinetochore components. To understand differences in centromeric nucleosome assembly between K. lactis and S. cerevisiae, we determined the structure of a K. lactis CBF3 complex by electron cryomicroscopy at ~4 Å resolution and compared it with published structures of S. cerevisiae CBF3. We show differences in the pose of Ndc10 and discuss potential models of the K. lactis centromeric nucleosome that account for the extended CDEII length.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2019年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20270
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Ctf13
D: Skp1
B: Cep3
A: Cep3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,5724
ポリマ-215,5724
非ポリマー00
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area7670 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area67530 Å2

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Ctf13 / KLLA0F13816p


分子量: 46159.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 遺伝子: KLLA0_F13816g / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6CK37
#2: タンパク質・ペプチド Skp1 / / Centromere-associated factor


分子量: 21081.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 遺伝子: SKP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O94228
#3: タンパク質・ペプチド Cep3 / Barrhead Airport / KLLA0D09977p


分子量: 74165.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis (酵母) / 遺伝子: KLLA0_D09977g / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6CRD4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: K. lactis CBF3 core / タイプ: COMPLEX / Entity ID: 1,2,3 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 65 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4 Å / 分解能の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 130143 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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