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- PDB-6p1a: Transcription antitermination factor Q21 in complex with Q21-bind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p1a
タイトルTranscription antitermination factor Q21 in complex with Q21-binding-element DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*TP*GP*CP*TP*CP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*GP*AP*GP*CP*AP*AP*G)-3')
  • Q protein
キーワードGENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / DNA Binding (デオキシリボ核酸) / transcription (転写 (生物学)) / Q-dependent antitermination / Q antitermination factor
機能・相同性Bacteriophage 933W, GpQ / Phage antitermination protein Q / negative regulation of termination of DNA-templated transcription / DNA binding / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Q protein
機能・相同性情報
生物種Phage 21 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.837 Å
データ登録者Yin, Z. / Ebright, R.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)GM041376 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Structural basis of Q-dependent antitermination.
著者: Zhou Yin / Jason T Kaelber / Richard H Ebright /
要旨: Lambdoid bacteriophage Q protein mediates the switch from middle to late bacteriophage gene expression by enabling RNA polymerase (RNAP) to read through transcription terminators preceding ...Lambdoid bacteriophage Q protein mediates the switch from middle to late bacteriophage gene expression by enabling RNA polymerase (RNAP) to read through transcription terminators preceding bacteriophage late genes. Q loads onto RNAP engaged in promoter-proximal pausing at a Q binding element (QBE) and adjacent sigma-dependent pause element (SDPE) to yield a Q-loading complex, and Q subsequently translocates with RNAP as a pausing-deficient, termination-deficient Q-loaded complex. Here, we report high-resolution structures of 4 states on the pathway of antitermination by Q from bacteriophage 21 (Q21): Q21, the Q21-QBE complex, the Q21-loading complex, and the Q21-loaded complex. The results show that Q21 forms a torus, a "nozzle," that narrows and extends the RNAP RNA-exit channel, extruding topologically linked single-stranded RNA and preventing the formation of pause and terminator hairpins.
履歴
登録2019年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Q protein
B: Q protein
C: Q protein
D: DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*GP*AP*GP*CP*AP*AP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*GP*CP*TP*CP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*G)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*GP*AP*GP*CP*AP*AP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*GP*CP*TP*CP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,03212
ポリマ－81,7757
非ポリマー2575
水0
1
A: Q protein
B: Q protein
D: DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*GP*AP*GP*CP*AP*AP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*GP*CP*TP*CP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4448
ポリマ－50,2224
非ポリマー2224
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6680 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area22580 Å2
手法PISA
2
C: Q protein
F: DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*GP*AP*GP*CP*AP*AP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*GP*CP*TP*CP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5894
ポリマ－31,5533
非ポリマー351
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area15970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.573, 263.224, 56.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 7 through 13 or resid 15...
21(chain B and (resid 7 through 13 or resid 15...
31(chain C and (resid 7 through 13 or resid 15...
12chain D
22chain F
13chain E
23(chain G and ((resid 1 and (name O5 or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASNASNHISHIS(chain A and (resid 7 through 13 or resid 15...AA7 - 137 - 13
121TRPTRPLYSLYS(chain A and (resid 7 through 13 or resid 15...AA15 - 3415 - 34
131ARGARGARGARG(chain A and (resid 7 through 13 or resid 15...AA3535
141GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 7 through 13 or resid 15...AA5 - 1565 - 156
151GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 7 through 13 or resid 15...AA5 - 1565 - 156
161GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 7 through 13 or resid 15...AA5 - 1565 - 156
171GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 7 through 13 or resid 15...AA5 - 1565 - 156
211ASNASNHISHIS(chain B and (resid 7 through 13 or resid 15...BB7 - 137 - 13
221TRPTRPLYSLYS(chain B and (resid 7 through 13 or resid 15...BB15 - 3415 - 34
231ARGARGARGARG(chain B and (resid 7 through 13 or resid 15...BB3535
241ASNASNLYSLYS(chain B and (resid 7 through 13 or resid 15...BB7 - 1537 - 153
251ASNASNLYSLYS(chain B and (resid 7 through 13 or resid 15...BB7 - 1537 - 153
261ASNASNLYSLYS(chain B and (resid 7 through 13 or resid 15...BB7 - 1537 - 153
271ASNASNLYSLYS(chain B and (resid 7 through 13 or resid 15...BB7 - 1537 - 153
311ASNASNHISHIS(chain C and (resid 7 through 13 or resid 15...CC7 - 137 - 13
321TRPTRPALAALA(chain C and (resid 7 through 13 or resid 15...CC15 - 9815 - 98
331TYRTYRTYRTYR(chain C and (resid 7 through 13 or resid 15...CC100100
341LEULEUGLUGLU(chain C and (resid 7 through 13 or resid 15...CC6 - 1566 - 156
351LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 7 through 13 or resid 15...CC153153
361LEULEUGLUGLU(chain C and (resid 7 through 13 or resid 15...CC6 - 1566 - 156
371LEULEUGLUGLU(chain C and (resid 7 through 13 or resid 15...CC6 - 1566 - 156
381LEULEUGLUGLU(chain C and (resid 7 through 13 or resid 15...CC6 - 1566 - 156
391LEULEUGLUGLU(chain C and (resid 7 through 13 or resid 15...CC6 - 1566 - 156
112DCDCDGDGchain DDD1 - 211 - 21
212DCDCDGDGchain FFF1 - 211 - 21
113DCDCDGDGchain EEE1 - 211 - 21
213DCDCDCDC(chain G and ((resid 1 and (name O5 or name...GG11
223DCDCDGDG(chain G and ((resid 1 and (name O5 or name...GG1 - 211 - 21
233DCDCDGDG(chain G and ((resid 1 and (name O5 or name...GG1 - 211 - 21
243DCDCDGDG(chain G and ((resid 1 and (name O5 or name...GG1 - 211 - 21
253DCDCDGDG(chain G and ((resid 1 and (name O5 or name...GG1 - 211 - 21
263DCDCDGDG(chain G and ((resid 1 and (name O5 or name...GG1 - 211 - 21
273DCDCDGDG(chain G and ((resid 1 and (name O5 or name...GG1 - 211 - 21
283DCDCDGDG(chain G and ((resid 1 and (name O5 or name...GG1 - 211 - 21
293DCDCDGDG(chain G and ((resid 1 and (name O5 or name...GG1 - 211 - 21
2103DCDCDGDG(chain G and ((resid 1 and (name O5 or name...GG1 - 211 - 21
2113DCDCDGDG(chain G and ((resid 1 and (name O5 or name...GG1 - 211 - 21
2123DCDCDGDG(chain G and ((resid 1 and (name O5 or name...GG1 - 211 - 21
2133DCDCDGDG(chain G and ((resid 1 and (name O5 or name...GG1 - 211 - 21
2143DCDCDGDG(chain G and ((resid 1 and (name O5 or name...GG1 - 211 - 21
2153DCDCDGDG(chain G and ((resid 1 and (name O5 or name...GG1 - 211 - 21

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Q protein / Transcription antitermination factor Q21


分子量: 18668.789 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phage 21 (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9XJQ6
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*AP*GP*CP*AP*AP*AP*TP*GP*AP*GP*CP*AP*AP*G)-3') / Q21-binding element DNA / nontemplate strand


分子量: 6480.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Phage 21 (ファージ)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*TP*GP*CP*TP*CP*AP*TP*TP*TP*GP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*G)-3') / Q21-binding element DNA / template strand


分子量: 6404.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Phage 21 (ファージ)
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% PEG 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.837→50 Å / Num. obs: 25517 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 0.864 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.85-2.95.90.91912470.6460.4091.0090.99499.8
2.9-2.955.80.78212060.680.3520.860.93598.9
2.95-3.015.50.63212600.7740.2910.6980.98697.8
3.01-3.075.80.5712220.7970.2560.6270.95599.2
3.07-3.146.30.47412740.9120.2030.5170.965100
3.14-3.216.40.34212490.9560.1460.3730.92299.4
3.21-3.296.40.23912420.9470.1060.2620.959100
3.29-3.386.40.21212570.9520.0960.2330.94299.4
3.38-3.486.50.1612630.9540.0690.1750.879100
3.48-3.596.50.14612700.9340.0620.160.92899.7
3.59-3.726.50.12112500.9320.0520.1320.83599.8
3.72-3.876.60.10912880.9660.0450.1180.79100
3.87-4.046.70.08912740.9720.0360.0960.78499.8
4.04-4.266.70.07612690.9810.0310.0820.76799.8
4.26-4.526.60.06412830.9790.0270.0690.82499.8
4.52-4.876.40.05512890.9850.0240.060.75299.9
4.87-5.365.80.04813060.9860.0210.0530.77999.7
5.36-6.146.20.04713030.9860.020.0510.7699.8
6.14-7.736.90.04313370.9960.0170.0470.76699.7
7.73-506.50.03414280.9670.0150.0380.84999.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6P1B

6p1b


解像度: 2.837→47.808 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2749 1999 8.73 %
Rwork0.2314 --
obs0.2353 22885 89.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 207.24 Å2 / Biso mean: 62.5374 Å2 / Biso min: 6.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.837→47.808 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3603 1719 32 0 5354
Biso mean--54.82 --
残基数----534
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2020X-RAY DIFFRACTION13.457TORSIONAL
12B2020X-RAY DIFFRACTION13.457TORSIONAL
13C2020X-RAY DIFFRACTION13.457TORSIONAL
21D414X-RAY DIFFRACTION13.457TORSIONAL
22F414X-RAY DIFFRACTION13.457TORSIONAL
31E412X-RAY DIFFRACTION13.457TORSIONAL
32G412X-RAY DIFFRACTION13.457TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8372-2.90820.3611650.297568775243
2.9082-2.98680.3157800.295682990950
2.9868-3.07470.33511060.29541116122269
3.0747-3.17390.33761470.30111534168192
3.1739-3.28730.29241530.27491587174098
3.2873-3.41890.34281540.24361617177199
3.4189-3.57440.26751590.230916511810100
3.5744-3.76280.28411580.222216551813100
3.7628-3.99850.25911590.220416521811100
3.9985-4.3070.2591600.207716791839100
4.307-4.74010.23481610.194116821843100
4.7401-5.42520.21221590.20116671826100
5.4252-6.83190.27771660.241917191885100
6.8319-47.81490.28461720.23411811198399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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