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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6oh4 | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of the mouse CMP-sialic acid transporter in complex with CMP, by hanging drop vapor diffusion | ||||||
要素 | CMP-sialic acid transporter | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / drug/metabolite transporter / nucleotide-sugar / sialic acid / glycosylation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CMP-N-acetylneuraminate transmembrane transporter activity / CMP-N-acetylneuraminate transmembrane transport / Transport of nucleotide sugars / Sialic acid metabolism / antiporter activity / Golgi membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.38 Å | ||||||
データ登録者 | Ahuja, S. / Whorton, M.R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Structural basis for mammalian nucleotide sugar transport. 著者: Ahuja, S. / Whorton, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6oh4.cif.gz | 124.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6oh4.ent.gz | 96.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6oh4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6oh4_validation.pdf.gz | 814.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6oh4_full_validation.pdf.gz | 824.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6oh4_validation.xml.gz | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6oh4_validation.cif.gz | 28.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/6oh4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/6oh4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 15 - 317 / Label seq-ID: 15 - 317
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詳細 | The authors state that there are no biologically relevant macromolecular assemblies in this structure. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37494.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Slc35a1 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): SMD1168H / 参照: UniProt: Q61420 #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.78 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25.6-26.8% PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, and 0.1 M magnesium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03313 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03313 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.38→49 Å / Num. obs: 11456 / % possible obs: 67.3 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.38→3.5 Å / Num. unique obs: 51 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.38→49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.761 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.691 / SU B: 53.451 / SU ML: 0.765 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.79 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 143.981 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.38→49 Å
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拘束条件 |
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