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- PDB-6npr: Crystal structure of H-2Dd with C84-C139 disulfide in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6npr
タイトルCrystal structure of H-2Dd with C84-C139 disulfide in complex with gp120 derived peptide P18-I10
要素
  • ARG-GLY-PRO-GLY-ARG-ALA-PHE-VAL-THR-ILE
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / major histocompatibility complex (主要組織適合遺伝子複合体) / antigen presentation (抗原提示)
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / TAP1 binding / TAP2 binding / Alpha-defensins / positive regulation of antibody-dependent cellular cytotoxicity / regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of TRAIL production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex ...Synthesis and processing of ENV and VPU / evasion of host immune response / TAP1 binding / TAP2 binding / Alpha-defensins / positive regulation of antibody-dependent cellular cytotoxicity / regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of TRAIL production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / positive regulation of natural killer cell mediated immunity / positive regulation of natural killer cell cytokine production / natural killer cell tolerance induction / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of natural killer cell activation / cis-Golgi network membrane / positive regulation of natural killer cell activation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / Dectin-2 family / positive regulation of natural killer cell proliferation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / positive regulation of immunoglobulin production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / positive regulation of interleukin-4 production / MHC class I protein binding / Binding and entry of HIV virion / endoplasmic reticulum exit site / beta-2-microglobulin binding / TAP binding / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / negative regulation of T cell proliferation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of establishment of T cell polarity / detection of bacterium / virus-mediated perturbation of host defense response / T cell receptor binding / host cell endosome membrane / 14-3-3 protein binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / actin filament organization / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide binding / Assembly Of The HIV Virion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / Budding and maturation of HIV virion / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / specific granule lumen / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / positive regulation of T cell activation / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of type II interferon production
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 ...Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain / Envelope glycoprotein gp160 / Β2-ミクログロブリン
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Toor, J. / McShan, A.C. / Tripathi, S.M. / Sgourakis, N.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)1R35GM125034-01 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI143997 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Molecular determinants of chaperone interactions on MHC-I for folding and antigen repertoire selection.
著者: McShan, A.C. / Devlin, C.A. / Overall, S.A. / Park, J. / Toor, J.S. / Moschidi, D. / Flores-Solis, D. / Choi, H. / Tripathi, S. / Procko, E. / Sgourakis, N.G.
履歴
登録2019年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
P: ARG-GLY-PRO-GLY-ARG-ALA-PHE-VAL-THR-ILE
R: ARG-GLY-PRO-GLY-ARG-ALA-PHE-VAL-THR-ILE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0916
ポリマ－90,0916
非ポリマー00
水3,225179
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
R: ARG-GLY-PRO-GLY-ARG-ALA-PHE-VAL-THR-ILE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0453
ポリマ－45,0453
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19190 Å2
手法PISA
2
C: H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
P: ARG-GLY-PRO-GLY-ARG-ALA-PHE-VAL-THR-ILE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0453
ポリマ－45,0453
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.990, 105.330, 117.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain / H-2D(D)


分子量: 32090.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01900
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド ARG-GLY-PRO-GLY-ARG-ALA-PHE-VAL-THR-ILE


分子量: 1075.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P04578*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.94 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris (5.5) and 25%PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 63 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→78.362 Å / Num. obs: 34489 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.37→2.46 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 3576 / CC1/2: 0.88 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QO3

1qo3


解像度: 2.37→78.362 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2509 1719 4.99 %
Rwork0.1781 --
obs0.1817 34437 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→78.362 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6303 0 0 179 6482
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086483
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9788797
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.7873821
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052890
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061154
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3701-2.43980.30571310.20452699X-RAY DIFFRACTION100
2.4398-2.51860.31051280.2012687X-RAY DIFFRACTION100
2.5186-2.60860.29091400.2022690X-RAY DIFFRACTION100
2.6086-2.7130.29351700.20342666X-RAY DIFFRACTION100
2.713-2.83650.27271410.19932702X-RAY DIFFRACTION100
2.8365-2.98610.26221350.1912701X-RAY DIFFRACTION100
2.9861-3.17320.30431560.18862692X-RAY DIFFRACTION100
3.1732-3.41820.25251430.18142694X-RAY DIFFRACTION100
3.4182-3.76220.23441300.17032755X-RAY DIFFRACTION100
3.7622-4.30650.22741350.15062750X-RAY DIFFRACTION100
4.3065-5.42560.22731560.14842769X-RAY DIFFRACTION100
5.4256-78.40470.21171540.19592913X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8755-0.9483-1.9513.6416-2.2145.6645-0.0792-0.0014-0.0003-0.0817-0.18570.0240.33130.0360.22680.1423-0.03420.03710.2302-0.00410.226413.98682.715425.4685
24.45850.47070.0941.4489-0.73532.46890.3264-0.3808-0.64670.22320.0317-0.40960.7019-0.3149-0.33730.5503-0.0507-0.10140.25950.08340.473410.7043-5.362533.4625
31.0938-0.1573-0.51642.0396-1.32214.9232-0.0244-0.0130.08490.03780.10740.1147-0.0964-0.1605-0.09340.12580.00860.0380.20790.00750.2389.743812.191523.0055
42.3328-0.78540.84082.435-2.33882.78380.237-0.12370.46370.22430.38820.372-0.5626-1.0526-0.68980.3280.00270.16890.32920.03510.38464.259321.54623.4508
52.6143-0.0210.85270.13150.05580.8853-0.0961-0.8622-0.0990.11490.10370.00340.1507-0.06160.05090.5312-0.08660.01710.29250.00610.32626.7223.903640.1584
65.31790.8407-1.50962.671-1.10761.2629-0.0884-0.04340.26140.0250.0607-0.0655-0.13420.06570.05490.275-0.0243-0.02880.279-0.00680.176147.09626.299830.6305
77.5218-1.6849-3.74715.90871.46088.6604-0.4142-0.97130.25820.63630.07170.11080.0420.36460.38910.5154-0.05460.02830.2796-0.0410.292646.41415.916441.8379
84.7756-6.3783.13469.6734-4.04664.00170.11040.36640.2948-0.0026-0.3201-0.46720.05410.00860.19150.2059-0.02240.01870.34870.01990.230530.59023.517616.4443
93.1109-1.41410.00374.0940.89660.3425-0.0392-0.544-0.88190.76050.2457-0.25721.25890.2834-0.28160.73450.1318-0.1740.380.01370.363140.9324-13.530632.145
103.56-0.23581.10460.91730.4092.59690.1367-0.197-0.37870.0573-0.04310.19040.33770.09270.02560.29230.0650.01330.3183-0.02660.203131.8321-5.272523.7482
113.833-0.65823.98124.4593-4.21917.45150.71280.665-0.5455-0.606-0.43340.530.28840.3668-0.33040.20990.00970.00510.2234-0.01340.196426.8297-5.859514.4452
125.4255-5.2837-5.9896.29445.09998.0148-0.51030.754-0.86380.1705-0.28030.91071.1019-0.02310.73140.5218-0.0591-0.00140.3937-0.12020.337929.2565-15.950517.9319
131.5127-0.44210.1864.0122-4.34294.7220.1401-0.1301-0.1363-0.1715-0.1047-0.41390.1536-0.0065-0.16220.2335-0.0492-0.00740.2268-0.00310.185621.62846.585422.6779
147.6695-4.58321.59492.9116-0.92073.3668-0.0983-0.054-0.30620.29290.2855-0.0480.5549-0.0876-0.23650.3284-0.0084-0.00510.1865-0.06830.283228.7157-7.663924.2763
153.26452.519-2.32056.6006-3.10253.4804-0.5695-0.5459-0.15670.3214-0.471-0.47260.67221.68770.46880.6570.3905-0.22760.842-0.23180.34844.4275-18.590621.1317
163.9493-2.12982.11161.0941-1.42535.06390.79840.8143-0.3028-1.0501-0.69910.01050.89440.4585-0.13760.41450.05770.01150.27450.00880.189531.3872-4.355910.0643
172.9774-2.55773.01675.4931-2.20793.08330.19830.09290.61120.2387-0.3663-1.4670.36521.40620.3380.3793-0.0187-0.05660.4706-0.030.491242.0903-6.790219.3263
182.26830.51370.45764.43870.11652.0174-0.15410.30420.2402-0.51250.24110.1241-0.15560.0525-0.0910.2355-0.06560.01630.26830.04360.212539.42130.1065-2.5717
192.78491.1427-1.25992.9598-4.23376.1342-0.03530.3408-0.1109-0.5308-0.1876-0.61560.19240.52130.24350.2218-0.01840.03140.3464-0.060.269148.877223.0639-0.0882
201.4809-0.02350.39892.242-1.15941.3594-0.1107-0.17260.08080.34120.0572-0.037-0.1716-0.05390.02480.19920.0113-0.00730.2036-0.02810.169940.680723.335413.9163
213.098-0.90080.54537.3948-3.06452.41780.29630.01350.06611.0348-0.6947-0.9262-0.39970.63660.32750.2773-0.0985-0.03260.31080.02230.21150.052121.809917.0894
223.15611.5768-1.74651.741-0.23121.3377-0.1180.51210.993-0.08270.1262-0.0564-0.09260.0261-0.08740.4383-0.03540.05210.1770.00610.535237.546845.37185.3683
236.9805-1.4682-1.8312.7781-0.19083.1087-0.3169-0.1129-0.10480.18110.01580.256-0.0498-0.10310.25910.25330.00290.00690.1407-0.01380.2347.847536.3788.7125
246.63422.99260.17742.6286-0.96981.556-0.4871-0.08870.48580.08260.18490.4441-0.35110.16010.24470.43170.0874-0.00220.2826-0.09310.4177.817745.333512.7635
259.0037-6.07574.84078.457-6.36718.18630.0290.343-0.62490.15770.08350.4075-0.40780.1263-0.01930.2069-0.03090.01680.22420.01690.115220.964620.61642.9544
260.04680.22260.18911.14871.34042.0197-0.56170.25480.68790.0321-0.4781-0.2563-0.5433-0.1086-0.05950.07880.3619-0.24790.23950.40130.416510.523539.9538-9.4952
273.8558-2.34370.53962.38250.00190.18660.08720.64680.51460.1028-0.444-0.1353-0.14380.25640.34810.1777-0.0176-0.0350.2780.04340.238519.514629.2313-4.3159
286.2828-3.43384.42334.3367-3.43957.60240.3330.7047-0.1123-0.6963-0.18250.05850.15840.0882-0.11690.252-0.02750.00610.3375-0.00510.210421.110322.2351-11.2276
295.8639-0.58570.58386.0359-4.67753.72030.02510.22530.60410.01540.32050.1689-0.4848-0.4725-0.19870.2333-0.02940.0140.17050.01210.247531.144925.1155.0972
308.1527-3.14186.05471.5444-2.6524.9668-0.1650.60070.03170.37440.1780.1344-0.6829-0.17220.05020.26690.03450.04270.36310.04890.212122.174129.534-7.1678
312.80421.89842.11332.12832.10422.1289-0.07421.1695-0.4577-0.44820.11041.1022-0.0224-1.2346-0.17210.3879-0.0007-0.08850.56060.020.52914.732130.3265-14.943
325.7744-2.17491.17253.8753-1.79573.4270.3960.4959-0.1543-0.4252-0.28560.47910.3257-0.4605-0.10040.2148-0.036-0.02810.2991-0.02290.191313.609920.6917-4.8006
332.64782.3481-2.04063.1238-3.47424.2450.0995-0.31090.016-0.7242-0.7063-1.3757-0.19290.11950.61490.4021-0.07590.0540.2753-0.0280.441150.5424.37376.6956
341.1728-0.97470.97665.8975-3.33322.94260.5811-0.9199-0.4271-0.36220.84050.81651.4126-2.5426-1.40780.5032-0.1787-0.07120.81460.18650.69592.666311.071424.7682
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 37 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 56 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 57 through 137 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 138 through 162 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 163 through 193 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 194 through 262 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 263 through 275 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 12 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 13 through 20 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 21 through 31 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 32 through 42 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 43 through 52 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 53 through 62 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 63 through 72 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 73 through 78 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 79 through 91 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 92 through 100 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 2 through 56 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 57 through 84 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 85 through 137 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 138 through 162 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 163 through 185 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 186 through 253 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 254 through 275 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 1 through 12 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 13 through 20 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 21 through 31 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 32 through 52 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 53 through 62 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 63 through 72 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 73 through 78 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 79 through 100 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'P' and (resid 1 through 10 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'R' and (resid 1 through 10 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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